JPRED-2 Add sources of all binaries (except alscript) to Git
[jpred.git] / sources / pairwise / Pairwise / Makefile.old
1 # This Makefile is for the Pairwise extension to perl.
2 #
3 # It was generated automatically by MakeMaker version
4 # 6.03 (Revision: 1.63) from the contents of
5 # Makefile.PL. Don't edit this file, edit Makefile.PL instead.
6 #
7 #       ANY CHANGES MADE HERE WILL BE LOST!
8 #
9 #   MakeMaker ARGV: ()
10 #
11 #   MakeMaker Parameters:
12
13 #     ABSTRACT_FROM => q[Pairwise.pm]
14 #     AUTHOR => q[Jonathan Barber <jon@compbio.dundee.ac.uk>]
15 #     DEFINE => q[]
16 #     INC => q[-I.]
17 #     LIBS => [q[]]
18 #     NAME => q[Pairwise]
19 #     PREREQ_PM => {  }
20 #     VERSION_FROM => q[Pairwise.pm]
21
22 # --- MakeMaker post_initialize section:
23
24
25 # --- MakeMaker const_config section:
26
27 # These definitions are from config.sh (via /usr/lib/perl/5.8.0/Config.pm)
28
29 # They may have been overridden via Makefile.PL or on the command line
30 AR = ar
31 CC = cc
32 CCCDLFLAGS = -fPIC
33 CCDLFLAGS = -rdynamic
34 DLEXT = so
35 DLSRC = dl_dlopen.xs
36 LD = cc
37 LDDLFLAGS = -shared -L/usr/local/lib
38 LDFLAGS =  -L/usr/local/lib
39 LIBC = /lib/libc-2.3.1.so
40 LIB_EXT = .a
41 OBJ_EXT = .o
42 OSNAME = linux
43 OSVERS = 2.4.19
44 RANLIB = :
45 SO = so
46 EXE_EXT = 
47 FULL_AR = /usr/bin/ar
48
49
50 # --- MakeMaker constants section:
51 AR_STATIC_ARGS = cr
52 NAME = Pairwise
53 DISTNAME = Pairwise
54 NAME_SYM = Pairwise
55 VERSION = 0.01
56 VERSION_SYM = 0_01
57 XS_VERSION = 0.01
58 INST_ARCHLIB = blib/arch
59 INST_SCRIPT = blib/script
60 INST_BIN = blib/bin
61 INST_LIB = blib/lib
62 INSTALLDIRS = site
63 PREFIX = /usr
64 SITEPREFIX = $(PREFIX)/local
65 VENDORPREFIX = $(PREFIX)
66 INSTALLPRIVLIB = $(PREFIX)/share/perl/5.8.0
67 INSTALLSITELIB = $(SITEPREFIX)/share/perl/5.8.0
68 INSTALLVENDORLIB = $(VENDORPREFIX)/share/perl5
69 INSTALLARCHLIB = $(PREFIX)/lib/perl/5.8.0
70 INSTALLSITEARCH = $(SITEPREFIX)/lib/perl/5.8.0
71 INSTALLVENDORARCH = $(VENDORPREFIX)/lib/perl5
72 INSTALLBIN = $(PREFIX)/bin
73 INSTALLSITEBIN = $(SITEPREFIX)/bin
74 INSTALLVENDORBIN = $(VENDORPREFIX)/bin
75 INSTALLSCRIPT = $(PREFIX)/bin
76 PERL_LIB = /usr/share/perl/5.8.0
77 PERL_ARCHLIB = /usr/lib/perl/5.8.0
78 SITELIBEXP = /usr/local/share/perl/5.8.0
79 SITEARCHEXP = /usr/local/lib/perl/5.8.0
80 LIBPERL_A = libperl.a
81 FIRST_MAKEFILE = Makefile
82 MAKE_APERL_FILE = Makefile.aperl
83 PERLMAINCC = $(CC)
84 PERL_INC = /usr/lib/perl/5.8.0/CORE
85 PERL = /usr/bin/perl
86 FULLPERL = /usr/bin/perl
87 PERLRUN = $(PERL)
88 FULLPERLRUN = $(FULLPERL)
89 PERLRUNINST = $(PERLRUN) "-I$(INST_ARCHLIB)" "-I$(INST_LIB)"
90 FULLPERLRUNINST = $(FULLPERLRUN) "-I$(INST_ARCHLIB)" "-I$(INST_LIB)"
91 ABSPERL = $(PERL)
92 ABSPERLRUN = $(ABSPERL)
93 ABSPERLRUNINST = $(ABSPERLRUN) "-I$(INST_ARCHLIB)" "-I$(INST_LIB)"
94 FULL_AR = /usr/bin/ar
95 PERL_CORE = 0
96 NOOP = $(SHELL) -c true
97 NOECHO = @
98
99 VERSION_MACRO = VERSION
100 DEFINE_VERSION = -D$(VERSION_MACRO)=\"$(VERSION)\"
101 XS_VERSION_MACRO = XS_VERSION
102 XS_DEFINE_VERSION = -D$(XS_VERSION_MACRO)=\"$(XS_VERSION)\"
103 PERL_MALLOC_DEF = -DPERL_EXTMALLOC_DEF -Dmalloc=Perl_malloc -Dfree=Perl_mfree -Drealloc=Perl_realloc -Dcalloc=Perl_calloc
104
105 MAKEMAKER = /usr/share/perl/5.8.0/ExtUtils/MakeMaker.pm
106 MM_VERSION = 6.03
107
108 # FULLEXT = Pathname for extension directory (eg Foo/Bar/Oracle).
109 # BASEEXT = Basename part of FULLEXT. May be just equal FULLEXT. (eg Oracle)
110 # PARENT_NAME = NAME without BASEEXT and no trailing :: (eg Foo::Bar)
111 # DLBASE  = Basename part of dynamic library. May be just equal BASEEXT.
112 FULLEXT = Pairwise
113 BASEEXT = Pairwise
114 PARENT_NAME = 
115 DLBASE = $(BASEEXT)
116 VERSION_FROM = Pairwise.pm
117 INC = -I.
118 DEFINE = 
119 OBJECT = $(BASEEXT)$(OBJ_EXT)
120 LDFROM = $(OBJECT)
121 LINKTYPE = dynamic
122
123 # Handy lists of source code files:
124 XS_FILES= Pairwise.xs
125 C_FILES = Pairwise.c
126 O_FILES = Pairwise.o
127 H_FILES = ppport.h
128 MAN1PODS = 
129 MAN3PODS = Pairwise.pm
130 INST_MAN1DIR = blib/man1
131 MAN1EXT = 1p
132 INSTALLMAN1DIR = $(PREFIX)/share/man/man1
133 INSTALLSITEMAN1DIR = $(SITEPREFIX)/man/man1
134 INSTALLVENDORMAN1DIR = $(VENDORPREFIX)/share/man/man1
135 INST_MAN3DIR = blib/man3
136 MAN3EXT = 3pm
137 INSTALLMAN3DIR = $(PREFIX)/share/man/man3
138 INSTALLSITEMAN3DIR = $(SITEPREFIX)/man/man3
139 INSTALLVENDORMAN3DIR = $(VENDORPREFIX)/share/man/man3
140 PERM_RW = 644
141 PERM_RWX = 755
142
143 # work around a famous dec-osf make(1) feature(?):
144 makemakerdflt: all
145
146 .SUFFIXES: .xs .c .C .cpp .i .s .cxx .cc $(OBJ_EXT)
147
148 # Nick wanted to get rid of .PRECIOUS. I don't remember why. I seem to recall, that
149 # some make implementations will delete the Makefile when we rebuild it. Because
150 # we call false(1) when we rebuild it. So make(1) is not completely wrong when it
151 # does so. Our milage may vary.
152 # .PRECIOUS: Makefile    # seems to be not necessary anymore
153
154 .PHONY: all config static dynamic test linkext manifest
155
156 # Where is the Config information that we are using/depend on
157 CONFIGDEP = $(PERL_ARCHLIB)/Config.pm $(PERL_INC)/config.h
158
159 # Where to put things:
160 INST_LIBDIR      = $(INST_LIB)
161 INST_ARCHLIBDIR  = $(INST_ARCHLIB)
162
163 INST_AUTODIR     = $(INST_LIB)/auto/$(FULLEXT)
164 INST_ARCHAUTODIR = $(INST_ARCHLIB)/auto/$(FULLEXT)
165
166 INST_STATIC  = $(INST_ARCHAUTODIR)/$(BASEEXT)$(LIB_EXT)
167 INST_DYNAMIC = $(INST_ARCHAUTODIR)/$(DLBASE).$(DLEXT)
168 INST_BOOT    = $(INST_ARCHAUTODIR)/$(BASEEXT).bs
169
170 EXPORT_LIST = 
171
172 PERL_ARCHIVE = 
173
174 PERL_ARCHIVE_AFTER = 
175
176 TO_INST_PM = Pairwise.pm \
177         foo.pl
178
179 PM_TO_BLIB = foo.pl \
180         blib/lib/foo.pl \
181         Pairwise.pm \
182         blib/lib/Pairwise.pm
183
184
185 # --- MakeMaker tool_autosplit section:
186 # Usage: $(AUTOSPLITFILE) FileToSplit AutoDirToSplitInto
187 AUTOSPLITFILE = $(PERLRUN) -e 'use AutoSplit;  autosplit($$ARGV[0], $$ARGV[1], 0, 1, 1) ;'
188
189
190
191 # --- MakeMaker tool_xsubpp section:
192
193 XSUBPPDIR = /usr/share/perl/5.8.0/ExtUtils
194 XSUBPP = $(XSUBPPDIR)/xsubpp
195 XSPROTOARG = 
196 XSUBPPDEPS = $(XSUBPPDIR)/typemap typemap $(XSUBPP)
197 XSUBPPARGS = -typemap $(XSUBPPDIR)/typemap -typemap typemap
198 XSUBPP_EXTRA_ARGS = 
199
200
201 # --- MakeMaker tools_other section:
202
203 SHELL = /bin/sh
204 CHMOD = chmod
205 CP = cp
206 LD = cc
207 MV = mv
208 NOOP = $(SHELL) -c true
209 RM_F = rm -f
210 RM_RF = rm -rf
211 TEST_F = test -f
212 TOUCH = touch
213 UMASK_NULL = umask 0
214 DEV_NULL = > /dev/null 2>&1
215
216 # The following is a portable way to say mkdir -p
217 # To see which directories are created, change the if 0 to if 1
218 MKPATH = $(PERLRUN) "-MExtUtils::Command" -e mkpath
219
220 # This helps us to minimize the effect of the .exists files A yet
221 # better solution would be to have a stable file in the perl
222 # distribution with a timestamp of zero. But this solution doesn't
223 # need any changes to the core distribution and works with older perls
224 EQUALIZE_TIMESTAMP = $(PERLRUN) "-MExtUtils::Command" -e eqtime
225
226 # Here we warn users that an old packlist file was found somewhere,
227 # and that they should call some uninstall routine
228 WARN_IF_OLD_PACKLIST = $(PERL) -we 'exit unless -f $$ARGV[0];' \
229 -e 'print "WARNING: I have found an old package in\n";' \
230 -e 'print "\t$$ARGV[0].\n";' \
231 -e 'print "Please make sure the two installations are not conflicting\n";'
232
233 UNINST=0
234 VERBINST=0
235
236 MOD_INSTALL = $(PERL) "-I$(INST_LIB)" "-I$(PERL_LIB)" "-MExtUtils::Install" \
237 -e "install({@ARGV},'$(VERBINST)',0,'$(UNINST)');"
238
239 DOC_INSTALL = $(PERL) -e '$$\="\n\n";' \
240 -e 'print "=head2 ", scalar(localtime), ": C<", shift, ">", " L<", $$arg=shift, "|", $$arg, ">";' \
241 -e 'print "=over 4";' \
242 -e 'while (defined($$key = shift) and defined($$val = shift)){print "=item *";print "C<$$key: $$val>";}' \
243 -e 'print "=back";'
244
245 UNINSTALL =   $(PERLRUN) "-MExtUtils::Install" \
246 -e 'uninstall($$ARGV[0],1,1); print "\nUninstall is deprecated. Please check the";' \
247 -e 'print " packlist above carefully.\n  There may be errors. Remove the";' \
248 -e 'print " appropriate files manually.\n  Sorry for the inconveniences.\n"'
249
250
251 # --- MakeMaker dist section:
252 ZIPFLAGS = -r
253 TO_UNIX = @$(NOOP)
254 TAR = tar
255 POSTOP = @$(NOOP)
256 ZIP = zip
257 DIST_DEFAULT = tardist
258 CI = ci -u
259 SHAR = shar
260 COMPRESS = gzip --best
261 DIST_CP = best
262 PREOP = @$(NOOP)
263 TARFLAGS = cvf
264 DISTVNAME = $(DISTNAME)-$(VERSION)
265 SUFFIX = .gz
266 RCS_LABEL = rcs -Nv$(VERSION_SYM): -q
267
268
269 # --- MakeMaker macro section:
270
271
272 # --- MakeMaker depend section:
273
274
275 # --- MakeMaker cflags section:
276
277 CCFLAGS = -D_REENTRANT -D_GNU_SOURCE -DDEBIAN -fno-strict-aliasing -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64
278 OPTIMIZE = -O3
279 PERLTYPE = 
280 MPOLLUTE = 
281
282
283 # --- MakeMaker const_loadlibs section:
284
285 # Pairwise might depend on some other libraries:
286 # See ExtUtils::Liblist for details
287 #
288 LD_RUN_PATH = 
289
290
291 # --- MakeMaker const_cccmd section:
292 CCCMD = $(CC) -c $(PASTHRU_INC) $(INC) \
293         $(CCFLAGS) $(OPTIMIZE) \
294         $(PERLTYPE) $(MPOLLUTE) $(DEFINE_VERSION) \
295         $(XS_DEFINE_VERSION)
296
297 # --- MakeMaker post_constants section:
298
299
300 # --- MakeMaker pasthru section:
301
302 PASTHRU = LIB="$(LIB)"\
303         LIBPERL_A="$(LIBPERL_A)"\
304         LINKTYPE="$(LINKTYPE)"\
305         PREFIX="$(PREFIX)"\
306         OPTIMIZE="$(OPTIMIZE)"\
307         PASTHRU_DEFINE="$(PASTHRU_DEFINE)"\
308         PASTHRU_INC="$(PASTHRU_INC)"
309
310
311 # --- MakeMaker c_o section:
312
313 .c.i:
314         cc -E -c $(PASTHRU_INC) $(INC) \
315         $(CCFLAGS) $(OPTIMIZE) \
316         $(PERLTYPE) $(MPOLLUTE) $(DEFINE_VERSION) \
317         $(XS_DEFINE_VERSION) $(CCCDLFLAGS) "-I$(PERL_INC)" $(PASTHRU_DEFINE) $(DEFINE) $*.c > $*.i
318
319 .c.s:
320         $(CCCMD) -S $(CCCDLFLAGS) "-I$(PERL_INC)" $(PASTHRU_DEFINE) $(DEFINE) $*.c
321
322 .c$(OBJ_EXT):
323         $(CCCMD) $(CCCDLFLAGS) "-I$(PERL_INC)" $(PASTHRU_DEFINE) $(DEFINE) $*.c
324
325 .C$(OBJ_EXT):
326         $(CCCMD) $(CCCDLFLAGS) "-I$(PERL_INC)" $(PASTHRU_DEFINE) $(DEFINE) $*.C
327
328 .cpp$(OBJ_EXT):
329         $(CCCMD) $(CCCDLFLAGS) "-I$(PERL_INC)" $(PASTHRU_DEFINE) $(DEFINE) $*.cpp
330
331 .cxx$(OBJ_EXT):
332         $(CCCMD) $(CCCDLFLAGS) "-I$(PERL_INC)" $(PASTHRU_DEFINE) $(DEFINE) $*.cxx
333
334 .cc$(OBJ_EXT):
335         $(CCCMD) $(CCCDLFLAGS) "-I$(PERL_INC)" $(PASTHRU_DEFINE) $(DEFINE) $*.cc
336
337
338 # --- MakeMaker xs_c section:
339
340 .xs.c:
341         $(PERLRUN) $(XSUBPP) $(XSPROTOARG) $(XSUBPPARGS) $(XSUBPP_EXTRA_ARGS) $*.xs > $*.xsc && $(MV) $*.xsc $*.c
342
343
344 # --- MakeMaker xs_o section:
345
346 .xs$(OBJ_EXT):
347         $(PERLRUN) $(XSUBPP) $(XSPROTOARG) $(XSUBPPARGS) $*.xs > $*.xsc && $(MV) $*.xsc $*.c
348         $(CCCMD) $(CCCDLFLAGS) "-I$(PERL_INC)" $(PASTHRU_DEFINE) $(DEFINE) $*.c
349
350
351 # --- MakeMaker top_targets section:
352
353 all :: pure_all manifypods
354         @$(NOOP)
355
356 pure_all :: config pm_to_blib subdirs linkext
357         @$(NOOP)
358
359 subdirs :: $(MYEXTLIB)
360         @$(NOOP)
361
362 config :: Makefile $(INST_LIBDIR)/.exists
363         @$(NOOP)
364
365 config :: $(INST_ARCHAUTODIR)/.exists
366         @$(NOOP)
367
368 config :: $(INST_AUTODIR)/.exists
369         @$(NOOP)
370
371 $(INST_AUTODIR)/.exists :: /usr/lib/perl/5.8.0/CORE/perl.h
372         @$(MKPATH) $(INST_AUTODIR)
373         @$(EQUALIZE_TIMESTAMP) /usr/lib/perl/5.8.0/CORE/perl.h $(INST_AUTODIR)/.exists
374
375         -@$(CHMOD) $(PERM_RWX) $(INST_AUTODIR)
376
377 $(INST_LIBDIR)/.exists :: /usr/lib/perl/5.8.0/CORE/perl.h
378         @$(MKPATH) $(INST_LIBDIR)
379         @$(EQUALIZE_TIMESTAMP) /usr/lib/perl/5.8.0/CORE/perl.h $(INST_LIBDIR)/.exists
380
381         -@$(CHMOD) $(PERM_RWX) $(INST_LIBDIR)
382
383 $(INST_ARCHAUTODIR)/.exists :: /usr/lib/perl/5.8.0/CORE/perl.h
384         @$(MKPATH) $(INST_ARCHAUTODIR)
385         @$(EQUALIZE_TIMESTAMP) /usr/lib/perl/5.8.0/CORE/perl.h $(INST_ARCHAUTODIR)/.exists
386
387         -@$(CHMOD) $(PERM_RWX) $(INST_ARCHAUTODIR)
388
389 config :: $(INST_MAN3DIR)/.exists
390         @$(NOOP)
391
392
393 $(INST_MAN3DIR)/.exists :: /usr/lib/perl/5.8.0/CORE/perl.h
394         @$(MKPATH) $(INST_MAN3DIR)
395         @$(EQUALIZE_TIMESTAMP) /usr/lib/perl/5.8.0/CORE/perl.h $(INST_MAN3DIR)/.exists
396
397         -@$(CHMOD) $(PERM_RWX) $(INST_MAN3DIR)
398
399 $(O_FILES): $(H_FILES)
400
401 help:
402         perldoc ExtUtils::MakeMaker
403
404
405 # --- MakeMaker linkext section:
406
407 linkext :: $(LINKTYPE)
408         @$(NOOP)
409
410
411 # --- MakeMaker dlsyms section:
412
413
414 # --- MakeMaker dynamic section:
415
416 ## $(INST_PM) has been moved to the all: target.
417 ## It remains here for awhile to allow for old usage: "make dynamic"
418 #dynamic :: Makefile $(INST_DYNAMIC) $(INST_BOOT) $(INST_PM)
419 dynamic :: Makefile $(INST_DYNAMIC) $(INST_BOOT)
420         @$(NOOP)
421
422
423 # --- MakeMaker dynamic_bs section:
424
425 BOOTSTRAP = Pairwise.bs
426
427 # As Mkbootstrap might not write a file (if none is required)
428 # we use touch to prevent make continually trying to remake it.
429 # The DynaLoader only reads a non-empty file.
430 $(BOOTSTRAP): Makefile  $(INST_ARCHAUTODIR)/.exists
431         @echo "Running Mkbootstrap for $(NAME) ($(BSLOADLIBS))"
432         @$(PERLRUN) \
433                 "-MExtUtils::Mkbootstrap" \
434                 -e "Mkbootstrap('$(BASEEXT)','$(BSLOADLIBS)');"
435         @$(TOUCH) $(BOOTSTRAP)
436         $(CHMOD) $(PERM_RW) $@
437
438 $(INST_BOOT): $(BOOTSTRAP) $(INST_ARCHAUTODIR)/.exists
439         @rm -rf $(INST_BOOT)
440         -cp $(BOOTSTRAP) $(INST_BOOT)
441         $(CHMOD) $(PERM_RW) $@
442
443
444 # --- MakeMaker dynamic_lib section:
445
446 # This section creates the dynamically loadable $(INST_DYNAMIC)
447 # from $(OBJECT) and possibly $(MYEXTLIB).
448 ARMAYBE = :
449 OTHERLDFLAGS = 
450 INST_DYNAMIC_DEP = 
451
452 $(INST_DYNAMIC): $(OBJECT) $(MYEXTLIB) $(BOOTSTRAP) $(INST_ARCHAUTODIR)/.exists $(EXPORT_LIST) $(PERL_ARCHIVE) $(PERL_ARCHIVE_AFTER) $(INST_DYNAMIC_DEP)
453         $(RM_F) $@
454         LD_RUN_PATH="$(LD_RUN_PATH)" $(LD)  $(LDDLFLAGS) $(LDFROM) $(OTHERLDFLAGS) -o $@ $(MYEXTLIB) $(PERL_ARCHIVE) $(LDLOADLIBS) $(PERL_ARCHIVE_AFTER) $(EXPORT_LIST)
455         $(CHMOD) $(PERM_RWX) $@
456
457
458 # --- MakeMaker static section:
459
460 ## $(INST_PM) has been moved to the all: target.
461 ## It remains here for awhile to allow for old usage: "make static"
462 #static :: Makefile $(INST_STATIC) $(INST_PM)
463 static :: Makefile $(INST_STATIC)
464         @$(NOOP)
465
466
467 # --- MakeMaker static_lib section:
468
469 $(INST_STATIC): $(OBJECT) $(MYEXTLIB) $(INST_ARCHAUTODIR)/.exists
470         $(RM_RF) $@
471         $(FULL_AR) $(AR_STATIC_ARGS) $@ $(OBJECT) && $(RANLIB) $@
472         $(CHMOD) $(PERM_RWX) $@
473         @echo "$(EXTRALIBS)" > $(INST_ARCHAUTODIR)/extralibs.ld
474
475
476
477 # --- MakeMaker manifypods section:
478 POD2MAN_EXE = /usr/bin/pod2man
479 POD2MAN = $(PERL) -we '%m=@ARGV;for (keys %m){' \
480 -e 'next if -e $$m{$$_} && -M $$m{$$_} < -M $$_ && -M $$m{$$_} < -M "Makefile";' \
481 -e 'print "Manifying $$m{$$_}\n";' \
482 -e 'system(q[$(PERLRUN) $(POD2MAN_EXE) ].qq[$$_>$$m{$$_}])==0 or warn "Couldn\047t install $$m{$$_}\n";' \
483 -e 'chmod(oct($(PERM_RW)), $$m{$$_}) or warn "chmod $(PERM_RW) $$m{$$_}: $$!\n";}'
484
485 manifypods : pure_all Pairwise.pm
486         @$(POD2MAN) \
487         Pairwise.pm \
488         $(INST_MAN3DIR)/Pairwise.$(MAN3EXT)
489
490 # --- MakeMaker processPL section:
491
492
493 # --- MakeMaker installbin section:
494
495
496 # --- MakeMaker subdirs section:
497
498 # none
499
500 # --- MakeMaker clean section:
501
502 # Delete temporary files but do not touch installed files. We don't delete
503 # the Makefile here so a later make realclean still has a makefile to use.
504
505 clean ::
506         -rm -rf Pairwise.c ./blib $(MAKE_APERL_FILE) $(INST_ARCHAUTODIR)/extralibs.all perlmain.c tmon.out mon.out so_locations pm_to_blib *$(OBJ_EXT) *$(LIB_EXT) perl.exe perl perl$(EXE_EXT) $(BOOTSTRAP) $(BASEEXT).bso $(BASEEXT).def lib$(BASEEXT).def $(BASEEXT).exp $(BASEEXT).x core core.*perl.*.? *perl.core
507         -mv Makefile Makefile.old $(DEV_NULL)
508
509
510 # --- MakeMaker realclean section:
511
512 # Delete temporary files (via clean) and also delete installed files
513 realclean purge ::  clean
514         rm -rf $(INST_AUTODIR) $(INST_ARCHAUTODIR)
515         rm -rf $(DISTVNAME)
516         rm -f $(INST_DYNAMIC) $(INST_BOOT)
517         rm -f $(INST_STATIC)
518         rm -f  blib/lib/foo.pl blib/lib/Pairwise.pm
519         rm -rf Makefile Makefile.old
520
521
522 # --- MakeMaker dist_basics section:
523 distclean :: realclean distcheck
524         $(NOECHO) $(NOOP)
525
526 distcheck :
527         $(PERLRUN) "-MExtUtils::Manifest=fullcheck" -e fullcheck
528
529 skipcheck :
530         $(PERLRUN) "-MExtUtils::Manifest=skipcheck" -e skipcheck
531
532 manifest :
533         $(PERLRUN) "-MExtUtils::Manifest=mkmanifest" -e mkmanifest
534
535 veryclean : realclean
536         $(RM_F) *~ *.orig */*~ */*.orig
537
538
539
540 # --- MakeMaker dist_core section:
541
542 dist : $(DIST_DEFAULT)
543         @$(PERL) -le 'print "Warning: Makefile possibly out of date with $$vf" if ' \
544             -e '-e ($$vf="$(VERSION_FROM)") and -M $$vf < -M "Makefile";'
545
546 tardist : $(DISTVNAME).tar$(SUFFIX)
547
548 zipdist : $(DISTVNAME).zip
549
550 $(DISTVNAME).tar$(SUFFIX) : distdir
551         $(PREOP)
552         $(TO_UNIX)
553         $(TAR) $(TARFLAGS) $(DISTVNAME).tar $(DISTVNAME)
554         $(RM_RF) $(DISTVNAME)
555         $(COMPRESS) $(DISTVNAME).tar
556         $(POSTOP)
557
558 $(DISTVNAME).zip : distdir
559         $(PREOP)
560         $(ZIP) $(ZIPFLAGS) $(DISTVNAME).zip $(DISTVNAME)
561         $(RM_RF) $(DISTVNAME)
562         $(POSTOP)
563
564 uutardist : $(DISTVNAME).tar$(SUFFIX)
565         uuencode $(DISTVNAME).tar$(SUFFIX) \
566                 $(DISTVNAME).tar$(SUFFIX) > \
567                 $(DISTVNAME).tar$(SUFFIX)_uu
568
569 shdist : distdir
570         $(PREOP)
571         $(SHAR) $(DISTVNAME) > $(DISTVNAME).shar
572         $(RM_RF) $(DISTVNAME)
573         $(POSTOP)
574
575
576 # --- MakeMaker dist_dir section:
577 distdir :
578         $(RM_RF) $(DISTVNAME)
579         $(PERLRUN) "-MExtUtils::Manifest=manicopy,maniread" \
580                 -e "manicopy(maniread(),'$(DISTVNAME)', '$(DIST_CP)');"
581
582
583
584 # --- MakeMaker dist_test section:
585
586 disttest : distdir
587         cd $(DISTVNAME) && $(ABSPERLRUN) Makefile.PL
588         cd $(DISTVNAME) && $(MAKE) $(PASTHRU)
589         cd $(DISTVNAME) && $(MAKE) test $(PASTHRU)
590
591
592 # --- MakeMaker dist_ci section:
593
594 ci :
595         $(PERLRUN) "-MExtUtils::Manifest=maniread" \
596                 -e "@all = keys %{ maniread() };" \
597                 -e 'print("Executing $(CI) @all\n"); system("$(CI) @all");' \
598                 -e 'print("Executing $(RCS_LABEL) ...\n"); system("$(RCS_LABEL) @all");'
599
600
601 # --- MakeMaker install section:
602
603 install :: all pure_install doc_install
604
605 install_perl :: all pure_perl_install doc_perl_install
606
607 install_site :: all pure_site_install doc_site_install
608
609 install_vendor :: all pure_vendor_install doc_vendor_install
610
611 pure_install :: pure_$(INSTALLDIRS)_install
612
613 doc_install :: doc_$(INSTALLDIRS)_install
614
615 pure__install : pure_site_install
616         @echo INSTALLDIRS not defined, defaulting to INSTALLDIRS=site
617
618 doc__install : doc_site_install
619         @echo INSTALLDIRS not defined, defaulting to INSTALLDIRS=site
620
621 pure_perl_install ::
622         @umask 022; $(MOD_INSTALL) \
623                 read $(PERL_ARCHLIB)/auto/$(FULLEXT)/.packlist \
624                 write $(INSTALLARCHLIB)/auto/$(FULLEXT)/.packlist \
625                 $(INST_LIB) $(INSTALLPRIVLIB) \
626                 $(INST_ARCHLIB) $(INSTALLARCHLIB) \
627                 $(INST_BIN) $(INSTALLBIN) \
628                 $(INST_SCRIPT) $(INSTALLSCRIPT) \
629                 $(INST_MAN1DIR) $(INSTALLMAN1DIR) \
630                 $(INST_MAN3DIR) $(INSTALLMAN3DIR)
631         @$(WARN_IF_OLD_PACKLIST) \
632                 $(SITEARCHEXP)/auto/$(FULLEXT)
633
634
635 pure_site_install ::
636         @umask 02; $(MOD_INSTALL) \
637                 read $(SITEARCHEXP)/auto/$(FULLEXT)/.packlist \
638                 write $(INSTALLSITEARCH)/auto/$(FULLEXT)/.packlist \
639                 $(INST_LIB) $(INSTALLSITELIB) \
640                 $(INST_ARCHLIB) $(INSTALLSITEARCH) \
641                 $(INST_BIN) $(INSTALLSITEBIN) \
642                 $(INST_SCRIPT) $(INSTALLSCRIPT) \
643                 $(INST_MAN1DIR) $(INSTALLSITEMAN1DIR) \
644                 $(INST_MAN3DIR) $(INSTALLSITEMAN3DIR)
645         @$(WARN_IF_OLD_PACKLIST) \
646                 $(PERL_ARCHLIB)/auto/$(FULLEXT)
647
648 pure_vendor_install ::
649         @umask 022; $(MOD_INSTALL) \
650                 $(INST_LIB) $(INSTALLVENDORLIB) \
651                 $(INST_ARCHLIB) $(INSTALLVENDORARCH) \
652                 $(INST_BIN) $(INSTALLVENDORBIN) \
653                 $(INST_SCRIPT) $(INSTALLSCRIPT) \
654                 $(INST_MAN1DIR) $(INSTALLVENDORMAN1DIR) \
655                 $(INST_MAN3DIR) $(INSTALLVENDORMAN3DIR)
656
657 doc_perl_install ::
658         @echo Appending installation info to $(INSTALLARCHLIB)/perllocal.pod
659         -@umask 022; $(MKPATH) $(INSTALLARCHLIB)
660         -@umask 022; $(DOC_INSTALL) \
661                 "Module" "$(NAME)" \
662                 "installed into" "$(INSTALLPRIVLIB)" \
663                 LINKTYPE "$(LINKTYPE)" \
664                 VERSION "$(VERSION)" \
665                 EXE_FILES "$(EXE_FILES)" \
666                 >> $(INSTALLARCHLIB)/perllocal.pod
667
668 doc_site_install ::
669         @echo Appending installation info to $(INSTALLSITEARCH)/perllocal.pod
670         -@umask 02; $(MKPATH) $(INSTALLSITEARCH)
671         -@umask 02; $(DOC_INSTALL) \
672                 "Module" "$(NAME)" \
673                 "installed into" "$(INSTALLSITELIB)" \
674                 LINKTYPE "$(LINKTYPE)" \
675                 VERSION "$(VERSION)" \
676                 EXE_FILES "$(EXE_FILES)" \
677                 >> $(INSTALLSITEARCH)/perllocal.pod
678
679 doc_vendor_install ::
680
681
682 uninstall :: uninstall_from_$(INSTALLDIRS)dirs
683
684 uninstall_from_perldirs ::
685         @$(UNINSTALL) $(PERL_ARCHLIB)/auto/$(FULLEXT)/.packlist
686
687 uninstall_from_sitedirs ::
688         @$(UNINSTALL) $(SITEARCHEXP)/auto/$(FULLEXT)/.packlist
689
690
691 # --- MakeMaker force section:
692 # Phony target to force checking subdirectories.
693 FORCE:
694         @$(NOOP)
695
696
697 # --- MakeMaker perldepend section:
698
699 PERL_HDRS = \
700         $(PERL_INC)/EXTERN.h            \
701         $(PERL_INC)/INTERN.h            \
702         $(PERL_INC)/XSUB.h              \
703         $(PERL_INC)/av.h                \
704         $(PERL_INC)/cc_runtime.h        \
705         $(PERL_INC)/config.h            \
706         $(PERL_INC)/cop.h               \
707         $(PERL_INC)/cv.h                \
708         $(PERL_INC)/dosish.h            \
709         $(PERL_INC)/embed.h             \
710         $(PERL_INC)/embedvar.h          \
711         $(PERL_INC)/fakethr.h           \
712         $(PERL_INC)/form.h              \
713         $(PERL_INC)/gv.h                \
714         $(PERL_INC)/handy.h             \
715         $(PERL_INC)/hv.h                \
716         $(PERL_INC)/intrpvar.h          \
717         $(PERL_INC)/iperlsys.h          \
718         $(PERL_INC)/keywords.h          \
719         $(PERL_INC)/mg.h                \
720         $(PERL_INC)/nostdio.h           \
721         $(PERL_INC)/op.h                \
722         $(PERL_INC)/opcode.h            \
723         $(PERL_INC)/opnames.h           \
724         $(PERL_INC)/patchlevel.h        \
725         $(PERL_INC)/perl.h              \
726         $(PERL_INC)/perlapi.h           \
727         $(PERL_INC)/perlio.h            \
728         $(PERL_INC)/perlsdio.h          \
729         $(PERL_INC)/perlsfio.h          \
730         $(PERL_INC)/perlvars.h          \
731         $(PERL_INC)/perly.h             \
732         $(PERL_INC)/pp.h                \
733         $(PERL_INC)/pp_proto.h          \
734         $(PERL_INC)/proto.h             \
735         $(PERL_INC)/regcomp.h           \
736         $(PERL_INC)/regexp.h            \
737         $(PERL_INC)/regnodes.h          \
738         $(PERL_INC)/scope.h             \
739         $(PERL_INC)/sv.h                \
740         $(PERL_INC)/thrdvar.h           \
741         $(PERL_INC)/thread.h            \
742         $(PERL_INC)/unixish.h           \
743         $(PERL_INC)/utf8.h              \
744         $(PERL_INC)/util.h              \
745         $(PERL_INC)/warnings.h
746
747 $(OBJECT) : $(PERL_HDRS)
748
749 Pairwise.c : $(XSUBPPDEPS)
750
751
752 # --- MakeMaker makefile section:
753
754 $(OBJECT) : $(FIRST_MAKEFILE)
755
756 # We take a very conservative approach here, but it\'s worth it.
757 # We move Makefile to Makefile.old here to avoid gnu make looping.
758 Makefile : Makefile.PL $(CONFIGDEP)
759         @echo "Makefile out-of-date with respect to $?"
760         @echo "Cleaning current config before rebuilding Makefile..."
761         -@$(RM_F) Makefile.old
762         -@$(MV) Makefile Makefile.old
763         -$(MAKE) -f Makefile.old clean $(DEV_NULL) || $(NOOP)
764         $(PERLRUN) Makefile.PL 
765         @echo "==> Your Makefile has been rebuilt. <=="
766         @echo "==> Please rerun the make command.  <=="
767         false
768
769
770
771 # --- MakeMaker staticmake section:
772
773 # --- MakeMaker makeaperl section ---
774 MAP_TARGET    = perl
775 FULLPERL      = /usr/bin/perl
776
777 $(MAP_TARGET) :: static $(MAKE_APERL_FILE)
778         $(MAKE) -f $(MAKE_APERL_FILE) $@
779
780 $(MAKE_APERL_FILE) : $(FIRST_MAKEFILE)
781         @echo Writing \"$(MAKE_APERL_FILE)\" for this $(MAP_TARGET)
782         @$(PERLRUNINST) \
783                 Makefile.PL DIR= \
784                 MAKEFILE=$(MAKE_APERL_FILE) LINKTYPE=static \
785                 MAKEAPERL=1 NORECURS=1 CCCDLFLAGS=
786
787
788 # --- MakeMaker test section:
789
790 TEST_VERBOSE=0
791 TEST_TYPE=test_$(LINKTYPE)
792 TEST_FILE = test.pl
793 TEST_FILES = t/*.t
794 TESTDB_SW = -d
795
796 testdb :: testdb_$(LINKTYPE)
797
798 test :: $(TEST_TYPE)
799
800 test_dynamic :: pure_all
801         PERL_DL_NONLAZY=1 $(FULLPERLRUN) "-MExtUtils::Command::MM" "-e" "test_harness($(TEST_VERBOSE), '$(INST_LIB)', '$(INST_ARCHLIB)')" $(TEST_FILES)
802
803 testdb_dynamic :: pure_all
804         PERL_DL_NONLAZY=1 $(FULLPERLRUN) $(TESTDB_SW) "-I$(INST_LIB)" "-I$(INST_ARCHLIB)" $(TEST_FILE)
805
806 test_ : test_dynamic
807
808 test_static :: pure_all $(MAP_TARGET)
809         PERL_DL_NONLAZY=1 ./$(MAP_TARGET) "-MExtUtils::Command::MM" "-e" "test_harness($(TEST_VERBOSE), '$(INST_LIB)', '$(INST_ARCHLIB)')" $(TEST_FILES)
810
811 testdb_static :: pure_all $(MAP_TARGET)
812         PERL_DL_NONLAZY=1 ./$(MAP_TARGET) $(TESTDB_SW) "-I$(INST_LIB)" "-I$(INST_ARCHLIB)" $(TEST_FILE)
813
814
815
816 # --- MakeMaker ppd section:
817 # Creates a PPD (Perl Package Description) for a binary distribution.
818 ppd:
819         @$(PERL) -e "print qq{<SOFTPKG NAME=\"$(DISTNAME)\" VERSION=\"0,01,0,0\">\n\t<TITLE>$(DISTNAME)</TITLE>\n\t<ABSTRACT>Perl extension for doing pairwise comparisons of sequences</ABSTRACT>\n\t<AUTHOR>Jonathan Barber &lt;jon\@compbio.dundee.ac.uk&gt;</AUTHOR>\n}" > $(DISTNAME).ppd
820         @$(PERL) -e "print qq{\t<IMPLEMENTATION>\n}" >> $(DISTNAME).ppd
821         @$(PERL) -e "print qq{\t\t<OS NAME=\"$(OSNAME)\" />\n\t\t<ARCHITECTURE NAME=\"i386-linux-thread-multi\" />\n\t\t<CODEBASE HREF=\"\" />\n\t</IMPLEMENTATION>\n</SOFTPKG>\n}" >> $(DISTNAME).ppd
822
823 # --- MakeMaker pm_to_blib section:
824
825 pm_to_blib: $(TO_INST_PM)
826         @$(PERLRUNINST) "-MExtUtils::Install" \
827         -e "pm_to_blib({qw{foo.pl blib/lib/foo.pl Pairwise.pm blib/lib/Pairwise.pm}},'$(INST_LIB)/auto','$(PM_FILTER)')"
828         @$(TOUCH) $@
829
830 # --- MakeMaker selfdocument section:
831
832
833 # --- MakeMaker postamble section:
834
835
836 # End.