sources/pairwise/README

   1 Wed Dec  5 14:33:35 GMT 2001
   2 JDB
   3
   4 This program takes a FASTA file, and produces a OC input file as
   5 output. The FASTA file should be an alignment. The code finds the begining
   6 and end of the sequence in each alignment, the number of residues for
   7 in each sequence, and then does an all against all pairwise identity
   8 calculation. This is the number of identical residues divided by the
   9 number of residues in the longest sequence, shared gaps are ignored. A
  10 percentage is returned.
  11
  12 BUGS
  13 Very little error checking is done on the filling of the structures with
  14 FASTA data.
  15 It seems quite slow to do the pairwise comparisons.