sources/pairwise/pairwise.c

   1 /* Pairwise identity program.
   2  *
   3  * $Id
   4  *
   5  * Reads in a gapped alignment sequences in a FASTA file format.
   6  * Assume gaps are represented by '-' characters.
   7  *
   8  * For each pair calculates the sequence percentage identity, see comments
   9  * for pairwise() for details.
  10  *
  11  * Output is in the format for OC to read in, i.e. the number of sequences,
  12  * followed by the sequence ID's, followed by the pairwise comparisons.
  13  *
  14  * Thu Dec  5 14:38:43 GMT 2002 Jon
  15  * Added checking for eqilength sequences
  16  *
  17  * Thu Jul 24 12:14:04 BST 2003 Jon
  18  * Moved FASTA reading into read_fasta function
  19  * Checked into CVS
  20  *
  21  * */
  22
  23 #include <stdio.h>
  24 #include <stdlib.h>
  25 #include "pairwise.h"
  26
  27 int
  28 main (int argc, char **argv) {
  29         FILE *fh;
  30         struct fasta **seqs;
  31         char **output;
  32         int i = 0;
  33
  34         /* Read in the FASTA file */
  35         if (argc == 2)
  36                 fh = xfopen(argv[1], "r");
  37         else
  38                 fh = stdin;
  39
  40         seqs = read_fasta(fh);
  41         fclose(fh);
  42
  43         check_length(seqs);
  44         output = do_pairwise(seqs);
  45
  46         for (i = 0; seqs[i] != NULL; i++)
  47                 free_fasta(seqs[i]);
  48         free(seqs);
  49
  50         for (i = 0; output[i] != NULL; i++) {
  51                 printf("%s\n", output[i]);
  52                 /*free(output[i]);*/
  53         }
  54         /*free(output);*/
  55
  56         return EXIT_SUCCESS;
  57 }