sources/readseq/Stdfiles

   1 /* Stdfiles
   2         generate standard files to test readseq
   3 */
   4
   5 C
   6 #include <stdio.h>
   7 /* no sequence formats use chars > #126, ignore these */
   8 main(void)
   9 {
  10         int c;
  11         puts("> alphabet['!'..'~']");
  12         for (c = '!'; c <= '~'; c++) putc(c,stdout);
  13         putc('\n', stdout);
  14 }
  15
  16 link  -w  -t MPST -c 'MPS ' c.o  ¶
  17                 "{Libraries}"Interface.o  "{Libraries}"ToolLibs.o ¶
  18                 "{Libraries}"Runtime.o  "{CLibraries}"StdClib.o
  19 link.out > alphabet.orig
  20
  21
  22 C
  23 #include <stdio.h>
  24 main(void)
  25 {
  26 /* note: symbols "*" and "/" removed as terminators for various formats */
  27 const char *aminos              = "ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZ";
  28 const char *primenuc    = "ACGTU";
  29 const char *allsymbols  = "_.-?<>{}[]()!@#$%^&=+;:'|`~\"\\";
  30
  31         char *c, all[256];
  32         int     count;
  33
  34         strcpy(all, aminos);
  35         strcat(all, primenuc);
  36         strcat(all, allsymbols);
  37         puts("> nucleic/amino test");
  38         for (count=0; count<4; count++) {
  39                 for (c = all; *c!=0; c++) putc(*c, stdout);
  40                 putc('\n', stdout);
  41                 }
  42 }
  43
  44 link  -w  -t MPST -c 'MPS ' c.o  ¶
  45                 "{Libraries}"Interface.o  "{Libraries}"ToolLibs.o ¶
  46                 "{Libraries}"Runtime.o  "{CLibraries}"StdClib.o
  47 link.out > nucleic.std
  48
  49 #--------------------------
  50
  51 #standards (ship w/ readseq)
  52 #note: not all alphabet.orig chars are expected to be passed by
  53 #     readseq.  Numbers are dropped.
  54 readseq -p alphabet.orig > alphabet.std
  55 readseq -p -C  alphabet.std > upper.std
  56
  57 cat alphabet.orig
  58         > alphabet['!'..'~']
  59         !"#$%&'()*+,-./0123456789:;<=>?@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ[\]^_`abcdefghijklmnopqrstuvwxyz{|}~
  60
  61 cat alphabet.std
  62         >alphabet['!'..'~'], 83 bases, 9429 checksum.
  63         !"#$%&'()*+-./:;<=>?@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ[\]
  64         ^_`abcdefghijklmnopqrstuvwxyz{|}~
  65
  66 cat upper.std
  67         >alphabet['!'..'~'], 83 bases, 9429 checksum.
  68         !"#$%&'()*+-./:;<=>?@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ[\]
  69         ^_`ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ{|}~
  70
  71 cat nucleic.std
  72         > nucleic/amino test
  73         ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZACGTU_.-?<>{}[]()!@#$%^&=+;:'|`~"\
  74         ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZACGTU_.-?<>{}[]()!@#$%^&=+;:'|`~"\
  75         ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZACGTU_.-?<>{}[]()!@#$%^&=+;:'|`~"\
  76         ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZACGTU_.-?<>{}[]()!@#$%^&=+;:'|`~"\
  77
  78 readseq -p nucleic.std
  79         >nucleic/amino test, 228 bases, 5952 checksum.
  80         ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZACGTU_.-?<>{}[]()!@#$%^&=+;
  81         :'|`~"\ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZACGTU_.-?<>{}[]()!@#
  82         $%^&=+;:'|`~"\ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZACGTU_.-?<>{}
  83         []()!@#$%^&=+;:'|`~"\ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZACGTU_
  84         .-?<>{}[]()!@#$%^&=+;:'|`~"\
  85
  86
  87 #----------------------------------
  88
  89 #test for general read/write of all chars:
  90 readseq -p alphabet.std -otest.alpha
  91 diff test.alpha alphabet.std
  92
  93 #test for valid toupper, general read/write:
  94 readseq -p -C  alphabet.std -otest.upper
  95 diff test.upper upper.std
  96 #for vms, use "-C" to preserve case
  97 # readseq -p "-C"  alphabet.std -otest.upper
  98
  99 #test for multiple sequence file conversions
 100 # leave out gcg, raw;
 101 # test of long seq conversion ?
 102 # test of mail-header seq conversion ?
 103
 104 #test for valid format conversions
 105 readseq -v -p -f1 nucleic.std -otest.f1
 106 readseq -v -p -f2 test.f1 -otest.f2
 107 readseq -v -p -f3 test.f2 -otest.f3
 108 readseq -v -p -f4 test.f3 -otest.f4
 109 readseq -v -p -f5 test.f4 -otest.f5
 110 readseq -v -p -f6 test.f5 -otest.f6
 111 readseq -v -p -f7 test.f6 -otest.f7
 112 readseq -v -p -f8 test.f7 -otest.f8
 113 readseq -v -p -f1 test.f8 -otest.f1b
 114 diff test.f1 test.f1b
 115 compare test.f1 test.f1b
 116
 117 readseq -v -p -f13 test.f8 -otest.f13   # raw, drops name
 118 readseq -v -p -f9 test.f8 -otest.f9     # zuker, little used
 119 #readseq -v -p -f10 test.f9 -otest.f10  # olsen, input only (output=raw)
 120 readseq -v -p -f11 test.f8 -otest.f11   # phylip 3.2, output only
 121 readseq -v -p -f12 test.f8 -otest.f12   # phylip 3.3, output only
 122 readseq -v -p -f14 test.f8 -otest.f14   # phylip 3.4, output only
 123
 124
 125 #clean up
 126 rm test.Å
 127
 128
 129 #-----------------------------
 130 # some general tests
 131
 132 readseq -h
 133
 134 readseq