sources/seg/genwin.h

   1
   2 /*****************************************************************************/
   3 /***   (genwin.h)                                                          ***/
   4 /*****************************************************************************/
   5
   6 /*--------------------------------------------------------------(includes)---*/
   7
   8 #include <stdio.h>
   9 #include <stdlib.h>
  10 #include <fcntl.h>
  11 #include <ctype.h>
  12 #include <math.h>
  13
  14 /*--------------------------------------------------------------(typedefs)---*/
  15
  16 typedef int Bool;
  17
  18 /*---------------------------------------------------------------(defines)---*/
  19 #ifndef TRUE
  20 #define TRUE 1
  21 #define FALSE 0
  22 #endif
  23 /*---------------------------------------------------------------(structs)---*/
  24
  25 struct Database
  26   {
  27    char *filename;
  28    FILE *fp;
  29    char *indexname;
  30    long int filepos;
  31   };
  32
  33 struct Sequence
  34   {
  35    struct Database *db;
  36
  37    char *id;
  38    char *name;
  39    char *organism;
  40    char *header;
  41
  42    char *seq;
  43    int start;                     /* for windows */
  44    int length;
  45    struct Alphabet *alphabet;
  46
  47    struct Sequence *parent;       /* for windows */
  48    struct Sequence *root;         /* for subwindows */
  49    struct Sequence **children;    /* only the floaters? */
  50
  51    Bool bogus;
  52    Bool punctuation;
  53    Bool rubberwin;             /* for windows */
  54    Bool floatwin;              /* for subwindows */
  55    Bool seedwin;
  56
  57    int *state;
  58    double entropy;
  59    int *composition;
  60    Bool *comptst;
  61    int  *compindex;
  62
  63    char *classvec;               /* from ClaVec[aa] */
  64    struct Alphabet *clalphabet;
  65    double *scorevec;             /* from ScoVec[aa] or ScoFun(pos) */
  66    double score;                 /* from ScoFun(win) */
  67                           /* union, for integer scores? */
  68    struct PerScoreVec *foo;
  69    int *bar;
  70   };
  71
  72 struct Configuration
  73   {
  74    char *iseq;
  75    int ilength;
  76
  77    int printper;
  78   };
  79
  80 struct Matrix
  81   {
  82    struct Sequence *parent;
  83
  84    char **seq;
  85    int start;
  86    int period;
  87    int length;
  88
  89    int **rowcomp;
  90    int **colcomp;
  91   };
  92
  93 /*------------------------------------------------------(alphabet structs)---*/
  94
  95 struct Alphabet
  96   {
  97    char *name;
  98    int size;
  99
 100    int *index[128];
 101    char *chars;       /*  [size]  */
 102    char **charnames;  /*  [size]  */
 103
 104    Bool caseinvariant;
 105   };
 106
 107 struct TransVector
 108   {
 109    struct Alphabet *from;
 110    struct Alphabet *to;
 111
 112    int *index;     /*  [from->size]  */
 113   };
 114
 115 struct ScoreVector
 116   {
 117    struct Alphabet *from;
 118
 119    double *score;   /*  [from->size]  */
 120    char *units;
 121   };
 122
 123 struct ScoreMatrix
 124   {
 125    struct Alphabet *from1;
 126    struct Alphabet *from2;
 127
 128    double **score;  /*  [from1->size][from2->size]  */
 129    char *units;
 130   };
 131
 132 /*---------------------------------------------------------(bogus structs)---*/
 133
 134 struct PerScoreVec
 135   {
 136    int hits;
 137    int tot;
 138    double pct;
 139    double std;
 140    double prob;
 141   };
 142
 143 /*----------------------------------------------------------------(protos)---*/
 144
 145 extern struct Database *opendbase();
 146 extern closedbase();
 147
 148 extern struct Sequence *openseq(), *firstseq(), *nextseq();
 149 extern closeseq();
 150
 151 extern struct Sequence *openwin(), *nextwin();
 152 extern shiftwin(), closewin();
 153
 154 extern compon(), stateon(), enton();
 155 extern double entropy();
 156
 157 extern struct Matrix *openmat();
 158 extern closemat();
 159
 160 extern upper(), lower(), findchar();
 161
 162 /*----------------------------------------------------------------(macros)---*/
 163
 164 /***   #define bogus(A) (aaindex[A]>=20)   ***/
 165
 166 /*---------------------------------------------------------------(globals)---*/
 167
 168 extern int aaindex[];
 169 extern char aachar[];
 170
 171 /*---------------------------------------------------------------------------*/