server/compbio/controllers/JobController.java

   1 package compbio.controllers;
   2
   3 import java.io.IOException;
   4 import java.text.SimpleDateFormat;
   5 import java.util.Calendar;
   6 import java.util.Date;
   7 import java.util.List;
   8 import java.util.Map;
   9
  10 import org.apache.log4j.Logger;
  11 import org.springframework.stereotype.Controller;
  12 import org.springframework.web.bind.annotation.RequestMapping;
  13 import org.springframework.web.bind.annotation.RequestMethod;
  14 import org.springframework.web.bind.annotation.RequestParam;
  15
  16 import compbio.statistic.CassandraRequester;
  17 import compbio.cassandra.DataBase;
  18 import compbio.cassandra.readers.JobReader;
  19 import compbio.engine.archive.ArchivedJob;
  20
  21 /**
  22  * @author Alexander Sherstnev
  23  * @author Natasha Sherstneva
  24  * @version 1.0 Dec 2013
  25  */
  26 @Controller
  27 public class JobController extends BasicController {
  28         private static Logger log = Logger.getLogger(JobController.class);
  29
  30         /**
  31          * form a query page for job execution time statistics. The servlet should
  32          * be available for users and admins only. By defaults the report time range
  33          * is from the earliest day with jobs to today ("Query for all dates" is
  34          * ticked). If the user removes the tick the time range is from today - 3
  35          * days to today. Currently, the input model is empty.
  36          *
  37          * @param model
  38          *            MVC model
  39          * @return link to the JSP query page
  40          */
  41         @RequestMapping(value = "/stat/exectime/query", method = RequestMethod.GET)
  42         public String initFormExecTime(Map<String, Object> model) {
  43                 model.put("username", getPrincipalName());
  44                 Calendar cal = Calendar.getInstance();
  45                 String date2 = cal.get(Calendar.YEAR) + "/" + (cal.get(Calendar.MONTH) + 1) + "/" + cal.get(Calendar.DATE);
  46                 cal.add(Calendar.DATE, -3);
  47                 String date1 = cal.get(Calendar.YEAR) + "/" + (cal.get(Calendar.MONTH) + 1) + "/" + cal.get(Calendar.DATE);
  48
  49                 model.put("date1", date1);
  50                 model.put("date2", date2);
  51                 return "query/JobTimeExecution";
  52         }
  53
  54         /**
  55          * form a query page for a job. The servlet should no be visible to users at
  56          * all.
  57          *
  58          * @param model
  59          *            MVC model
  60          * @return link to the JSP query page
  61          */
  62         @RequestMapping(value = "/job/query", method = RequestMethod.GET)
  63         public String initFindForm(Map<String, Object> model) {
  64                 model.put("username", getPrincipalName());
  65                 CassandraRequester cr = new CassandraRequester();
  66                 model.put("value", cr.getExample("jobid"));
  67                 return "query/JobLog";
  68         }
  69
  70         /**
  71          * form a report page for a job execution time statistics.
  72          *
  73          * @param model
  74          *            MVC model
  75          * @return link to the JSP query page
  76          */
  77         @RequestMapping(value = "/stat/exectime/results", method = RequestMethod.GET)
  78         public String findExecTimeData(@RequestParam("date1") String date1, @RequestParam("date2") String date2,
  79                         @RequestParam(value = "option", required = false) String option, Map<String, Object> model) {
  80                 model.put("username", getPrincipalName());
  81                 final long startTime = System.currentTimeMillis();
  82
  83                 CassandraRequester sp = new CassandraRequester();
  84                 if (option.equals("AllDates,off")) {
  85                         Calendar cal = Calendar.getInstance();
  86                         date1 = DateFormatYYMMDD(sp.earliestDate());
  87                         date2 = cal.get(Calendar.YEAR) + "/" + (cal.get(Calendar.MONTH) + 1) + "/" + cal.get(Calendar.DAY_OF_MONTH);
  88                 }
  89                 model.put("date1", date1);
  90                 model.put("date2", date2);
  91                 model.put("option", option);
  92                 List<DataBase> res = sp.extractExecutionTime(date1, date2);
  93                 model.put("result", res);
  94                 String csvline = "";
  95                 if (0 < res.size()) {
  96                         csvline = "\'Date\',\'Total\',\'0-30 sec\',\'30-60 sec\',\'1-2 min\',\'2-10 min\',\'more 10 min\'%0A";
  97                         for (DataBase entry : res) {
  98                                 List<Integer> counts = entry.getTimeRez();
  99                                 int total = 0;
 100                                 for (int i = 0; i < counts.size(); ++i) {
 101                                         total += counts.get(i);
 102                                 }
 103                                 csvline += "\'" + entry.getDate() + "\',\'" + total;
 104                                 for (int i = 0; i < counts.size(); ++i) {
 105                                         csvline += "\',\'" + counts.get(i);
 106                                 }
 107                                 csvline += "\'%0A";
 108                         }
 109                 }
 110                 model.put("csvfile", csvline);
 111                 model.put("ndays", res.size() - 1);
 112                 final long endTime = System.currentTimeMillis();
 113                 model.put("timeExecution", (endTime - startTime));
 114                 return "/reportTimeExecution";
 115         }
 116
 117         /**
 118          * form a query page for a job. The servlet should no be visible to users at
 119          * all.
 120          *
 121          * @param model
 122          *            MVC model
 123          * @return link to the JSP query page
 124          */
 125         @RequestMapping(value = "/job/results", method = RequestMethod.GET)
 126         public String findJob(@RequestParam("IdJob") String jobid, Map<String, Object> model) {
 127                 model.put("username", getPrincipalName());
 128                 final long startTime = System.currentTimeMillis();
 129                 JobReader reader = new JobReader();
 130                 model.put("result", reader.readJobLog(jobid));
 131                 final long endTime = System.currentTimeMillis();
 132                 model.put("timeExecution", (endTime - startTime));
 133                 model.put("IdJob", jobid);
 134
 135                 ArchivedJob aj = new ArchivedJob(jobid);
 136                 try {
 137                         model.put("jobarchive", aj.prepareJobArchiveToWeb());
 138                 } catch (IOException e) {
 139                         log.error("JobController.prepareJobArchiveToWeb: IO exception with job archive file");
 140                         log.error(e.getLocalizedMessage(), e.getCause());
 141                 }
 142                 return "reportJobLog";
 143         }
 144
 145         /**
 146          * convert date from the standard long representation (milliseconds from 1
 147          * Jan 1970) to yyyy/mm/dd
 148          *
 149          * @param indate
 150          *            date in milliseconds from 1 Jan 1970
 151          * @return date in the form of yyyy/mm/dd
 152          */
 153         private String DateFormatYYMMDD(long indate) {
 154                 SimpleDateFormat datformat = new SimpleDateFormat("yyyy/MM/dd");
 155                 String dateString = datformat.format(new Date(indate));
 156                 return dateString;
 157         }
 158
 159 }