THIRDPARTYLIBS

   1 The Jalview Desktop relies on a number of third-party libraries.
   2 These can be found in the lib directory, with additional compile
   3 time dependencies in the utils directory.
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   5 A number of sources have also been adapted for incorporation into Jalview's source tree
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   7 ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2 includes sources originally developed by Scooter Morris and Nadezhda Doncheva for the Cytoscape StructureViz2 plugin. It is released under the Berkley license and we hereby acknowledge its original copyright is held by the UCSF Computer Graphics Laboratory
   8  and the software was developed with support by the NIH National Center for Research Resources, grant P41-RR01081.
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  10 Licencing information for each library is given below:
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  12 JGoogleAnalytics_0.3.jar        APL 2.0 License - http://code.google.com/p/jgoogleanalytics/
  13 Jmol-14.2.14_2015.06.11.jar     GPL/LGPLv2 http://sourceforge.net/projects/jmol/files/
  14 VARNAv3-93.jar GPL licenced software by K�vin Darty, Alain Denise and Yann Ponty. http://varna.lri.fr
  15 activation.jar
  16 apache-mime4j-0.6.jar
  17 axis.jar
  18 castor-1.1-cycle-xml.jar
  19 commons-codec-1.3.jar
  20 commons-discovery.jar
  21 commons-logging-1.1.1.jar
  22 commons-logging.jar
  23 commons-net-3.3.jar
  24 groovy-all-2.4.6-indy.jar       APL 2.0 License - downloaded and extracted from https://dl.bintray.com/groovy/maven/apache-groovy-binary-2.4.6.zip
  25 httpclient-4.0.3.jar
  26 httpcore-4.0.1.jar
  27 httpmime-4.0.3.jar
  28 jaxrpc.jar
  29 jdas-1.0.4.jar : Apache License - built from http://code.google.com/p/jdas/ (29th Feb 2012)
  30 jhall.jar
  31 jswingreader-0.3.jar : Apache license - built from http://jswingreader.sourceforge.net/ svn/trunk v12
  32 log4j-1.2.8.jar
  33 mail.jar
  34 miglayout-4.0-swing.jar BSD http://www.migcalendar.com/miglayout/versions/4.0/license.txt
  35 min-jaba-client.jar
  36 regex.jar
  37 saaj.jar
  38 spring-core-3.0.5.RELEASE.jar : Apache License: jdas runtime dependencies retrieved via maven
  39 spring-web-3.0.5.RELEASE.jar : Apache License: jdas runtime dependencies retrieved via maven
  40 vamsas-client.jar
  41 wsdl4j.jar
  42 xercesImpl.jar
  43 xml-apis.jar
  44 json_simple-1.1.jar : Apache 2.0 license : downloaded from https://code.google.com/p/json-simple/downloads/list (will move to 1.1.1 version when jalview is mavenised and osgi-ised)
  45 jfreesvg-2.1.jar : GPL v3 licensed library from the JFree suite: http://www.jfree.org/jfreesvg/
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  47 quaqua: v.8.0 (latest stable) by Randel S Hofer. LGPL and BSD Modified license: downloaded from http://www.randelshofer.ch/quaqua/
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  49 lib/htsjdk-1.120-SNAPSHOT.jar: (currently not required for 2.10) built from maven master at https://github.com/samtools/htsjdk MIT License to Broad Institute
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  51 lib/biojava-core-4.1.0.jar LGPLv2.1 - latest license at https://github.com/biojava/biojava/blob/master/LICENSE
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  53 lib/biojava-ontology-4.1.0.jar LGPLv2.1 - latest license at https://github.com/biojava/biojava/blob/master/LICENSE
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  56 Additional dependencies
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  58 examples/javascript/deployJava.js : http://java.com/js/deployJava.js
  59 examples/javascript/jquery*.js : BSD license
  60 examples/javascript/jshashtable-2.1.js : Apache License
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