Merge branch 'sourcepub' into develop
[jalview.git] / THIRDPARTYLIBS
1 The Jalview Desktop relies on a number of third-party libraries.
2 These can be found in the lib directory, with additional compile
3 time dependencies in the utils directory.
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5 A number of sources have also been adapted for incorporation into Jalview's source tree
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7 ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2 includes sources originally developed by Scooter Morris and Nadezhda Doncheva for the Cytoscape StructureViz2 plugin. It is released under the Berkley license and we hereby acknowledge its original copyright is held by the UCSF Computer Graphics Laboratory
8  and the software was developed with support by the NIH National Center for Research Resources, grant P41-RR01081. 
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10 Licencing information for each library is given below:
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12 JGoogleAnalytics_0.3.jar        APL 2.0 License - http://code.google.com/p/jgoogleanalytics/
13 Jmol-14.2.14_2015.06.11.jar     GPL/LGPLv2 http://sourceforge.net/projects/jmol/files/
14 VARNAv3-93.jar GPL licenced software by K�vin Darty, Alain Denise and Yann Ponty. http://varna.lri.fr
15 activation.jar  
16 apache-mime4j-0.6.jar
17 axis.jar
18 castor-1.1-cycle-xml.jar
19 commons-codec-1.3.jar
20 commons-discovery.jar
21 commons-logging-1.1.1.jar
22 commons-logging.jar
23 commons-net-3.3.jar
24 groovy-all-2.4.6-indy.jar       APL 2.0 License - downloaded and extracted from https://dl.bintray.com/groovy/maven/apache-groovy-binary-2.4.6.zip
25 httpclient-4.0.3.jar
26 httpcore-4.0.1.jar
27 httpmime-4.0.3.jar
28 jaxrpc.jar
29 jdas-1.0.4.jar : Apache License - built from http://code.google.com/p/jdas/ (29th Feb 2012)
30 jhall.jar
31 jswingreader-0.3.jar : Apache license - built from http://jswingreader.sourceforge.net/ svn/trunk v12
32 log4j-1.2.8.jar
33 mail.jar
34 miglayout-4.0-swing.jar BSD http://www.migcalendar.com/miglayout/versions/4.0/license.txt
35 min-jaba-client.jar
36 regex.jar
37 saaj.jar
38 spring-core-3.0.5.RELEASE.jar : Apache License: jdas runtime dependencies retrieved via maven
39 spring-web-3.0.5.RELEASE.jar : Apache License: jdas runtime dependencies retrieved via maven
40 vamsas-client.jar
41 wsdl4j.jar
42 xercesImpl.jar
43 xml-apis.jar
44 json_simple-1.1.jar : Apache 2.0 license : downloaded from https://code.google.com/p/json-simple/downloads/list (will move to 1.1.1 version when jalview is mavenised and osgi-ised)
45 jfreesvg-2.1.jar : GPL v3 licensed library from the JFree suite: http://www.jfree.org/jfreesvg/
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47 quaqua: v.8.0 (latest stable) by Randel S Hofer. LGPL and BSD Modified license: downloaded from http://www.randelshofer.ch/quaqua/ 
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49 lib/htsjdk-1.120-SNAPSHOT.jar: (currently not required for 2.10) built from maven master at https://github.com/samtools/htsjdk MIT License to Broad Institute
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51 lib/biojava-core-4.1.0.jar LGPLv2.1 - latest license at https://github.com/biojava/biojava/blob/master/LICENSE
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53 lib/biojava-ontology-4.1.0.jar LGPLv2.1 - latest license at https://github.com/biojava/biojava/blob/master/LICENSE
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56 Additional dependencies
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58 examples/javascript/deployJava.js : http://java.com/js/deployJava.js
59 examples/javascript/jquery*.js : BSD license
60 examples/javascript/jshashtable-2.1.js : Apache License
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