THIRDPARTYLIBS

   1 The Jalview Desktop relies on a number of third-party libraries.
   2 These can be found in the lib directory, with additional compile
   3 time dependencies in the utils directory.
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   5 A number of sources have also been adapted for incorporation into Jalview's source tree
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   7 ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2 includes sources originally developed by Scooter Morris and Nadezhda Doncheva for the Cytoscape StructureViz2 plugin. It is released under the Berkley license and we hereby acknowledge its original copyright is held by the UCSF Computer Graphics Laboratory
   8  and the software was developed with support by the NIH National Center for Research Resources, grant P41-RR01081.
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  10 Licencing information for each library is given below:
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  12 JGoogleAnalytics_0.3.jar        APL 2.0 License - http://code.google.com/p/jgoogleanalytics/
  13 Jmol-12.1.13.jar        GPL/LGPLv2 http://sourceforge.net/projects/jmol/files/
  14 activation.jar
  15 apache-mime4j-0.6.jar
  16 axis.jar
  17 castor-1.1-cycle-xml.jar
  18 commons-codec-1.3.jar
  19 commons-discovery.jar
  20 commons-logging-1.1.1.jar
  21 commons-logging.jar
  22 httpclient-4.0.3.jar
  23 httpcore-4.0.1.jar
  24 httpmime-4.0.3.jar
  25 jaxrpc.jar
  26 jdas-1.0.4.jar : Apache License - built from http://code.google.com/p/jdas/ (29th Feb 2012)
  27 jhall.jar
  28 jswingreader-0.3.jar : Apache license - built from http://jswingreader.sourceforge.net/ svn/trunk v12
  29 log4j-1.2.8.jar
  30 mail.jar
  31 miglayout-4.0-swing.jar BSD http://www.migcalendar.com/miglayout/versions/4.0/license.txt
  32 min-jaba-client.jar
  33 regex.jar
  34 saaj.jar
  35 spring-core-3.0.5.RELEASE.jar : Apache License: jdas runtime dependencies retrieved via maven
  36 spring-web-3.0.5.RELEASE.jar : Apache License: jdas runtime dependencies retrieved via maven
  37 vamsas-client.jar
  38 wsdl4j.jar
  39 xercesImpl.jar
  40 xml-apis.jar
  41 json_simple-1.1.jar : Apache 2.0 license : downloaded from https://code.google.com/p/json-simple/downloads/list (will move to 1.1.1 version when jalview is mavenised and osgi-ised)
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  43 Additional dependencies
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  45 examples/javascript/deployJava.js : http://java.com/js/deployJava.js
  46 examples/javascript/jquery*.js : BSD license
  47 examples/javascript/jshashtable-2.1.js : Apache License
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  49 Tools not bundled with Jalview source
  50 jbake (http://jbake.org MIT license) was used to build the JalviewLite examples pages found in the examples directory.
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