javadoc
[jalview.git] / THIRDPARTYLIBS
1 The Jalview Desktop relies on a number of third-party libraries.
2 These can be found in the lib directory, with additional compile
3 time dependencies in the utils directory.
4
5 A number of sources have also been adapted for incorporation into Jalview's source tree
6
7 ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2 includes sources originally developed by Scooter Morris and Nadezhda Doncheva for the Cytoscape StructureViz2 plugin. It is released under the Berkley license and we hereby acknowledge its original copyright is held by the UCSF Computer Graphics Laboratory
8  and the software was developed with support by the NIH National Center for Research Resources, grant P41-RR01081. 
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10 Licencing information for each library is given below:
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12 JGoogleAnalytics_0.3.jar        APL 2.0 License - http://code.google.com/p/jgoogleanalytics/
13 Jmol-12.1.13.jar        GPL/LGPLv2 http://sourceforge.net/projects/jmol/files/
14 activation.jar  
15 apache-mime4j-0.6.jar
16 axis.jar
17 castor-1.1-cycle-xml.jar
18 commons-codec-1.3.jar
19 commons-discovery.jar
20 commons-logging-1.1.1.jar
21 commons-logging.jar
22 httpclient-4.0.3.jar
23 httpcore-4.0.1.jar
24 httpmime-4.0.3.jar
25 jaxrpc.jar
26 jdas-1.0.4.jar : Apache License - built from http://code.google.com/p/jdas/ (29th Feb 2012)
27 jhall.jar
28 jswingreader-0.3.jar : Apache license - built from http://jswingreader.sourceforge.net/ svn/trunk v12
29 log4j-1.2.8.jar
30 mail.jar
31 miglayout-4.0-swing.jar BSD http://www.migcalendar.com/miglayout/versions/4.0/license.txt
32 min-jaba-client.jar
33 regex.jar
34 saaj.jar
35 spring-core-3.0.5.RELEASE.jar : Apache License: jdas runtime dependencies retrieved via maven
36 spring-web-3.0.5.RELEASE.jar : Apache License: jdas runtime dependencies retrieved via maven
37 vamsas-client.jar
38 wsdl4j.jar
39 xercesImpl.jar
40 xml-apis.jar
41 json_simple-1.1.jar : Apache 2.0 license : downloaded from https://code.google.com/p/json-simple/downloads/list (will move to 1.1.1 version when jalview is mavenised and osgi-ised)
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43 Additional dependencies
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45 examples/javascript/deployJava.js : http://java.com/js/deployJava.js
46 examples/javascript/jquery*.js : BSD license
47 examples/javascript/jshashtable-2.1.js : Apache License
48
49 Tools not bundled with Jalview source
50 jbake (http://jbake.org MIT license) was used to build the JalviewLite examples pages found in the examples directory.
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