src/MCview/PDBfile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package MCview;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24
  25 import javax.xml.parsers.ParserConfigurationException;
  26
  27 import org.xml.sax.SAXException;
  28
  29 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  30 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  31 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionPermissionDenied;
  32
  33 import jalview.datamodel.*;
  34 import jalview.io.FileParse;
  35 import jalview.io.RnamlFile;
  36 import jalview.ws.jws1.Annotate3D;
  37
  38 public class PDBfile extends jalview.io.AlignFile
  39 {
  40   public Vector chains;
  41
  42   public String id;
  43
  44   /**
  45    * set to true to add chain alignment annotation as visible annotation.
  46    */
  47   boolean VisibleChainAnnotation = false;
  48
  49   public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException, ExceptionFileFormatOrSyntax, ParserConfigurationException, SAXException, ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed, InterruptedException
  50   {
  51     super(inFile, inType);
  52   }
  53
  54   public PDBfile(FileParse source) throws IOException, ExceptionFileFormatOrSyntax, ParserConfigurationException, SAXException, ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed, InterruptedException
  55   {
  56     super(source);
  57   }
  58
  59   public String print()
  60   {
  61     return null;
  62   }
  63
  64   public void parse() throws IOException, ExceptionFileFormatOrSyntax, ParserConfigurationException, SAXException, ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed, InterruptedException
  65   {
  66     // TODO set the filename sensibly - try using data source name.
  67     id = safeName(getDataName());
  68
  69       chains = new Vector();
  70
  71       PDBChain tmpchain;
  72       String line=null;
  73       boolean modelFlag = false;
  74       boolean terFlag = false;
  75       String lastID = "";
  76
  77       int index = 0;
  78       String atomnam = null;
  79       try
  80       {
  81       while ((line = nextLine()) != null)
  82       {
  83         if (line.indexOf("HEADER") == 0)
  84         {
  85           if (line.length() > 62)
  86           {
  87             String tid;
  88             if (line.length() > 67)
  89             {
  90               tid = line.substring(62, 67).trim();
  91             }
  92             else
  93             {
  94               tid = line.substring(62).trim();
  95             }
  96             if (tid.length() > 0)
  97             {
  98               id = tid;
  99             }
 100             continue;
 101           }
 102         }
 103         // Were we to do anything with SEQRES - we start it here
 104         if (line.indexOf("SEQRES") == 0)
 105         {
 106         }
 107
 108         if (line.indexOf("MODEL") == 0)
 109         {
 110           modelFlag = true;
 111         }
 112
 113         if (line.indexOf("TER") == 0)
 114         {
 115           terFlag = true;
 116         }
 117
 118         if (modelFlag && line.indexOf("ENDMDL") == 0)
 119         {
 120           break;
 121         }
 122         if (line.indexOf("ATOM") == 0
 123                 || (line.indexOf("HETATM") == 0 && !terFlag))
 124         {
 125           terFlag = false;
 126
 127           // Jalview is only interested in CA bonds????
 128           atomnam = line.substring(12, 15).trim();
 129           if (!atomnam.equals("CA") && !atomnam.equals("P"))
 130           {
 131             continue;
 132           }
 133
 134           Atom tmpatom = new Atom(line);
 135           tmpchain = findChain(tmpatom.chain);
 136           if (tmpchain != null)
 137           {
 138             if (tmpatom.resNumIns.trim().equals(lastID))
 139             {
 140               // phosphorylated protein - seen both CA and P..
 141               continue;
 142             }
 143             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 144           }
 145           else
 146           {
 147             tmpchain = new PDBChain(id, tmpatom.chain);
 148             chains.addElement(tmpchain);
 149             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 150           }
 151           lastID = tmpatom.resNumIns.trim();
 152         }
 153         index++;
 154       }
 155
 156       makeResidueList();
 157       makeCaBondList();
 158
 159       if (id == null)
 160       {
 161         id = inFile.getName();
 162       }
 163       for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 164       {
 165         SequenceI dataset = ((PDBChain) chains.elementAt(i)).sequence;
 166         dataset.setName(id + "|" + dataset.getName());
 167         PDBEntry entry = new PDBEntry();
 168         entry.setId(id);
 169         if (inFile != null)
 170         {
 171           entry.setFile(inFile.getAbsolutePath());
 172         }
 173         else
 174         {
 175           // TODO: decide if we should dump the datasource to disk
 176           entry.setFile(getDataName());
 177         }
 178         dataset.addPDBId(entry);
 179         SequenceI chainseq = dataset.deriveSequence(); // PDBChain objects
 180         // maintain reference to
 181         // dataset
 182         seqs.addElement(chainseq);
 183        if(isRNA(chainseq)==true)
 184        {
 185            System.out.println("this is a PDB format and RNA sequence");
 186            Annotate3D an3d = new Annotate3D(id);
 187            System.out.println(id);
 188            //BufferedWriter r = an3d.getReader();
 189
 190            BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader("temp.rnaml"));
 191
 192            String str;
 193            while ((str = in.readLine()) != null) {
 194                      System.out.println(str);
 195                      System.out.println("toto");
 196
 197                      }
 198            String type = "File";
 199            RnamlFile rnaml =new RnamlFile("temp.rnaml",type);
 200            System.out.println("Create rnamfile object");
 201            //rnaml.parse("temp");
 202            this.annotations =rnaml.getAnnot();
 203
 204        }
 205
 206         AlignmentAnnotation[] chainannot = chainseq.getAnnotation();
 207
 208         if (chainannot != null)
 209         {
 210           for (int ai = 0; ai < chainannot.length; ai++)
 211           {
 212
 213             chainannot[ai].visible = VisibleChainAnnotation;
 214             annotations.addElement(chainannot[ai]);
 215           }
 216         }
 217       }
 218     } catch (OutOfMemoryError er)
 219     {
 220       System.out.println("OUT OF MEMORY LOADING PDB FILE");
 221       throw new IOException("Out of memory loading PDB File");
 222     }
 223     catch (NumberFormatException ex)
 224     {
 225       if (line!=null) {
 226         System.err.println("Couldn't read number from line:");
 227         System.err.println(line);
 228       }
 229     }
 230   }
 231
 232   /**
 233    * make a friendly ID string.
 234    *
 235    * @param dataName
 236    * @return truncated dataName to after last '/'
 237    */
 238   private String safeName(String dataName)
 239   {
 240     int p = 0;
 241     while ((p = dataName.indexOf("/")) > -1 && p < dataName.length())
 242     {
 243       dataName = dataName.substring(p + 1);
 244     }
 245     return dataName;
 246   }
 247
 248   public void makeResidueList()
 249   {
 250     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 251     {
 252       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();
 253     }
 254   }
 255
 256   public void makeCaBondList()
 257   {
 258     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 259     {
 260       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();
 261     }
 262   }
 263
 264   public PDBChain findChain(String id)
 265   {
 266     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 267     {
 268       if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id))
 269       {
 270         return (PDBChain) chains.elementAt(i);
 271       }
 272     }
 273
 274     return null;
 275   }
 276
 277   public void setChargeColours()
 278   {
 279     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 280     {
 281       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();
 282     }
 283   }
 284
 285   public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)
 286   {
 287     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 288     {
 289       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(cs);
 290     }
 291   }
 292
 293   public void setChainColours()
 294   {
 295     for (int i = 0; i < chains.size(); i++)
 296     {
 297       ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(Color.getHSBColor(
 298               1.0f / (float) i, .4f, 1.0f));
 299     }
 300   }
 301   public boolean isRNA(SequenceI seqs)
 302   {
 303           for (int i=0;i<seqs.getLength();i++){
 304                   if((seqs.getCharAt(i)!='A') &&(seqs.getCharAt(i)!='C')&&(seqs.getCharAt(i)!='G')&&(seqs.getCharAt(i)!='U'))
 305                   {
 306                           return false;
 307                   }
 308           }
 309
 310                   return true;
 311
 312
 313   }
 314 }