src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java

   1 package jalview.analysis;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.util.*;\r
   5 import jalview.io.*;\r
   6 \r
   7 import java.util.*;\r
   8 \r
   9 /** Data structure to hold and manipulate a multiple sequence alignment\r
  10  */\r
  11 public class AlignmentSorter {\r
  12 \r
  13   private AlignmentSorter() {\r
  14   }\r
  15 \r
  16   public static void sortGroups(AlignmentI align) {\r
  17     Vector groups = align.getGroups();\r
  18     int    nGroup = groups.size();\r
  19 \r
  20     float[]  arr = new float [nGroup];\r
  21     Object[] s   = new Object[nGroup];\r
  22 \r
  23     for (int i=0; i < nGroup; i++) {\r
  24       arr[i] = ((SequenceGroup)groups.elementAt(i)).getSize();\r
  25       s[i]   = groups.elementAt(i);\r
  26     }\r
  27 \r
  28     QuickSort.sort(arr,s);\r
  29 \r
  30     Vector newg = new Vector(nGroup);\r
  31 \r
  32     for (int i=nGroup-1; i >= 0; i--) {\r
  33       newg.addElement(s[i]);\r
  34     }\r
  35 \r
  36     //    align.setGroups(newg);\r
  37   }\r
  38 \r
  39   /**    */\r
  40   public static void sortByPID(AlignmentI align, SequenceI s) {\r
  41     int nSeq = align.getHeight();\r
  42 \r
  43     float     scores[] = new float[nSeq];\r
  44     SequenceI seqs[]   = new SequenceI[nSeq];\r
  45 \r
  46     for (int i = 0; i < nSeq; i++) {\r
  47       scores[i] = Comparison.compare(align.getSequenceAt(i),s);\r
  48       seqs[i]   = align.getSequenceAt(i);\r
  49     }\r
  50 \r
  51     QuickSort.sort(scores,0,scores.length-1,seqs);\r
  52 \r
  53    setReverseOrder(align,seqs);\r
  54   }\r
  55 \r
  56   private static void setReverseOrder(AlignmentI align, SequenceI [] seqs) {\r
  57     int nSeq = seqs.length;\r
  58 \r
  59     int len = 0;\r
  60     if (nSeq%2 == 0) {\r
  61       len = nSeq/2;\r
  62     } else {\r
  63       len = (nSeq+1)/2;\r
  64     }\r
  65 \r
  66 // NOTE: DO NOT USE align.setSequenceAt() here - it will NOT work\r
  67     for (int i = 0; i < len; i++) {\r
  68       //SequenceI tmp = seqs[i];\r
  69       align.getSequences().setElementAt(seqs[nSeq-i-1],i);\r
  70       align.getSequences().setElementAt(seqs[i],nSeq-i-1);\r
  71     }\r
  72   }\r
  73 \r
  74   private static void setOrder(AlignmentI align, Vector tmp) {\r
  75     setOrder(align,vectorToArray(tmp));\r
  76   }\r
  77 \r
  78   private static void setOrder(AlignmentI align, SequenceI [] seqs) {\r
  79 // NOTE: DO NOT USE align.setSequenceAt() here - it will NOT work\r
  80     for (int i = 0; i < seqs.length; i++) {\r
  81       align.getSequences().setElementAt(seqs[i],i);\r
  82     }\r
  83   }\r
  84 \r
  85   /**    */\r
  86   public static void sortByID(AlignmentI align) {\r
  87     int nSeq = align.getHeight();\r
  88 \r
  89     String    ids[]   = new String[nSeq];\r
  90     SequenceI seqs[]  = new SequenceI[nSeq];\r
  91 \r
  92     for (int i = 0; i < nSeq; i++) {\r
  93       ids[i]  = align.getSequenceAt(i).getName();\r
  94       seqs[i] = align.getSequenceAt(i);\r
  95     }\r
  96 \r
  97     QuickSort.sort(ids,seqs);\r
  98 \r
  99     setReverseOrder(align,seqs);\r
 100   }\r
 101 \r
 102   public static void sortByGroup(AlignmentI align) {\r
 103     int    nSeq = align.getHeight();\r
 104     Vector groups = align.getGroups();\r
 105 \r
 106     Vector seqs = new Vector();\r
 107 \r
 108     for (int i=0; i < groups.size(); i++) {\r
 109       SequenceGroup sg = (SequenceGroup)groups.elementAt(i);\r
 110 \r
 111       for (int j = 0; j < sg.getSize(); j++) {\r
 112         seqs.addElement(sg.getSequenceAt(j));\r
 113       }\r
 114     }\r
 115 \r
 116     if (seqs.size() != nSeq) {\r
 117       System.err.println("ERROR: tmp.size() != nseq in sortByGroups");\r
 118       if (seqs.size() < nSeq) {\r
 119         addStrays(align,seqs);\r
 120       }\r
 121     }\r
 122 \r
 123     setOrder(align,seqs);\r
 124   }\r
 125 \r
 126   private static SequenceI [] vectorToArray(Vector tmp) {\r
 127     SequenceI[] seqs = new SequenceI[tmp.size()];\r
 128 \r
 129     for (int i=0; i < tmp.size(); i++) {\r
 130       seqs[i] = (SequenceI)tmp.elementAt(i);\r
 131     }\r
 132     return seqs;\r
 133   }\r
 134 \r
 135   public static void sortByTree(AlignmentI align, NJTree tree) {\r
 136     int    nSeq = align.getHeight();\r
 137 \r
 138     Vector tmp = new Vector();\r
 139 \r
 140     tmp = _sortByTree(tree.getTopNode(),tmp);\r
 141 \r
 142     if (tmp.size() != nSeq) {\r
 143       System.err.println("ERROR: tmp.size() != nseq in sortByTree");\r
 144       if (tmp.size() < nSeq) {\r
 145         addStrays(align,tmp);\r
 146       }\r
 147     }\r
 148 \r
 149     setOrder(align,tmp);\r
 150   }\r
 151 \r
 152   private static void addStrays(AlignmentI align, Vector seqs) {\r
 153     int    nSeq = align.getHeight();\r
 154     for (int i=0;i<nSeq;i++) {\r
 155       if (!seqs.contains(align.getSequenceAt(i))) {\r
 156         seqs.addElement(align.getSequenceAt(i));\r
 157       }\r
 158     }\r
 159     if (nSeq != seqs.size()) {\r
 160       System.err.println("ERROR: Size still not right even after addStrays");\r
 161     }\r
 162   }\r
 163 \r
 164   public static Vector _sortByTree(SequenceNode node, Vector tmp) {\r
 165     if (node == null) {return tmp;}\r
 166 \r
 167     SequenceNode left = (SequenceNode)node.left();\r
 168     SequenceNode right = (SequenceNode)node.right();\r
 169 \r
 170     if (left == null && right == null) {\r
 171       if (node.element() instanceof SequenceI) {\r
 172         tmp.addElement((SequenceI)node.element());\r
 173         return tmp;\r
 174       }\r
 175     } else {\r
 176       _sortByTree(left,tmp);\r
 177       _sortByTree(right,tmp);\r
 178     }\r
 179     return tmp;\r
 180   }\r
 181 }\r