src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.analysis.*;
  26 import jalview.commands.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.schemes.*;
  29 import jalview.util.UrlLink;
  30 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  31
  32 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  33         ActionListener, ItemListener
  34 {
  35   Menu groupMenu = new Menu();
  36
  37   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  38
  39   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  40
  41   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  42
  43   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  44
  45   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  46
  47   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  48
  49   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  50
  51   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  52
  53   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  54
  55   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  56
  57   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  58
  59   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  60
  61   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  62
  63   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  64
  65   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  66
  67   final AlignmentPanel ap;
  68
  69   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  70
  71   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  72
  73   Menu colourMenu = new Menu();
  74
  75   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  76
  77   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  78
  79   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  80
  81   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
  82
  83   Menu editMenu = new Menu("Edit");
  84
  85   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");
  86
  87   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");
  88
  89   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");
  90
  91   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");
  92
  93   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");
  94
  95   Menu outputmenu = new Menu();
  96
  97   Menu seqMenu = new Menu();
  98
  99   MenuItem pdb = new MenuItem();
 100
 101   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 102
 103   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 104
 105   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");
 106
 107   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");
 108
 109   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");
 110
 111   Sequence seq;
 112
 113   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 114
 115   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 116   /**
 117    * index of sequence to be revealed
 118    */
 119   int revealSeq_index=-1;
 120   Menu menu1 = new Menu();
 121
 122   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 123   {
 124     // /////////////////////////////////////////////////////////
 125     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 126     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 127     //
 128     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 129     // ////////////////////////////////////////////////////////
 130
 131     this.ap = apanel;
 132     this.seq = seq;
 133
 134     try
 135     {
 136       jbInit();
 137     } catch (Exception e)
 138     {
 139       e.printStackTrace();
 140     }
 141
 142     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 143     {
 144       MenuItem item = new MenuItem(
 145               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 146
 147       item.addActionListener(this);
 148       outputmenu.add(item);
 149     }
 150
 151     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 152
 153     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 154     {
 155       editGroupName.setLabel("Name: "+sg.getName());
 156       showText.setState(sg.getDisplayText());
 157       showColourText.setState(sg.getColourText());
 158       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 159       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 160       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 161       {
 162         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 163       }
 164
 165     }
 166     else
 167     {
 168       remove(hideSeqs);
 169       remove(groupMenu);
 170     }
 171
 172     if (links != null && links.size() > 0)
 173     {
 174       Menu linkMenu = new Menu("Link");
 175       String link;
 176       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 177       {
 178         link = links.elementAt(i).toString();
 179         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 180         if (!urlLink.isValid())
 181         {
 182           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 183           continue;
 184         }
 185         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 186         // link.indexOf("|"));
 187         final String label = urlLink.getLabel();
 188         if (seq!=null && urlLink.isDynamic())
 189         {
 190
 191           // collect matching db-refs
 192           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 193                   seq.getDBRef(), new String[]
 194                   { target });
 195           // collect id string too
 196           String id = seq.getName();
 197           String descr = seq.getDescription();
 198           if (descr != null && descr.length() < 1)
 199           {
 200             descr = null;
 201           }
 202           if (dbr != null)
 203           {
 204             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 205             {
 206               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 207               {
 208                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 209                 // string with this link
 210                 id = null;
 211               }
 212               // create Bare ID link for this RUL
 213               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 214                       true);
 215               if (urls != null)
 216               {
 217                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 218                 {
 219                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 220                 }
 221               }
 222             }
 223           }
 224           if (id != null)
 225           {
 226             // create Bare ID link for this RUL
 227             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 228             if (urls != null)
 229             {
 230               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 231               {
 232                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 233               }
 234             }
 235             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 236           }
 237           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 238           // URL links
 239           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 240           {
 241             // create link for this URL from description only if regex matches
 242             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 243             if (urls != null)
 244             {
 245               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 246               {
 247                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 248               }
 249             }
 250           }
 251         }
 252         else
 253         {
 254           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 255         }
 256         /*
 257          * final String url;
 258          *
 259          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 260          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 261          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 262          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 263          *
 264          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 265          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 266          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 267          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 268          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 269          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 270          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 271          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 272          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 273          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 274          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 275          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 276          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 277          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 278          */
 279       }
 280       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 281       {
 282         if (seq != null)
 283         {
 284           seqMenu.add(linkMenu);
 285         }
 286         else
 287         {
 288           add(linkMenu);
 289         }
 290       }
 291     }
 292     // TODO: add group link menu entry here
 293     if (seq != null)
 294     {
 295       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 296       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());
 297     }
 298     else
 299     {
 300       remove(seqMenu);
 301     }
 302
 303     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 304     {
 305       remove(revealAll);
 306       remove(revealSeq);
 307     } else {
 308       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 309
 310       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 311               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 312       {
 313         revealSeq_index=index;
 314       } else {
 315         remove(revealSeq);
 316       }
 317     }
 318   }
 319
 320   /**
 321    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 322    *
 323    * @param linkMenu
 324    * @param target
 325    *          - menu label string
 326    * @param url
 327    *          - url to open
 328    */
 329   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 330           final String url)
 331   {
 332     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 333   }
 334
 335   /**
 336    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 337    *
 338    * @param linkMenu
 339    * @param target
 340    *          - URL target window
 341    * @param label
 342    *          - menu label string
 343    * @param url
 344    *          - url to open
 345    */
 346   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 347           final String label, final String url)
 348   {
 349     MenuItem item = new MenuItem(label);
 350     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 351     {
 352       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 353       {
 354         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 355       }
 356     });
 357     linkMenu.add(item);
 358   }
 359
 360   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 361   {
 362     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 363     {
 364       abovePIDColour_itemStateChanged();
 365     }
 366     else if (evt.getSource() == showColourText)
 367     {
 368       showColourText_itemStateChanged();
 369     }
 370     else if (evt.getSource() == showText)
 371     {
 372       showText_itemStateChanged();
 373     }
 374     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 375     {
 376       showBoxes_itemStateChanged();
 377     }
 378     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 379     {
 380       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 381     }
 382   }
 383
 384   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 385   {
 386     Object source = evt.getSource();
 387     if (source == clustalColour)
 388     {
 389       clustalColour_actionPerformed();
 390     }
 391     else if (source == zappoColour)
 392     {
 393       zappoColour_actionPerformed();
 394     }
 395     else if (source == taylorColour)
 396     {
 397       taylorColour_actionPerformed();
 398     }
 399     else if (source == hydrophobicityColour)
 400     {
 401       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 402     }
 403     else if (source == helixColour)
 404     {
 405       helixColour_actionPerformed();
 406     }
 407     else if (source == strandColour)
 408     {
 409       strandColour_actionPerformed();
 410     }
 411     else if (source == turnColour)
 412     {
 413       turnColour_actionPerformed();
 414     }
 415     else if (source == buriedColour)
 416     {
 417       buriedColour_actionPerformed();
 418     }
 419     else if (source == nucleotideMenuItem)
 420     {
 421       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 422     }
 423
 424     else if (source == userDefinedColour)
 425     {
 426       userDefinedColour_actionPerformed();
 427     }
 428     else if (source == PIDColour)
 429     {
 430       PIDColour_actionPerformed();
 431     }
 432     else if (source == BLOSUM62Colour)
 433     {
 434       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 435     }
 436     else if (source == noColourmenuItem)
 437     {
 438       noColourmenuItem_actionPerformed();
 439     }
 440     else if (source == conservationMenuItem)
 441     {
 442       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 443     }
 444     else if (source == unGroupMenuItem)
 445     {
 446       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 447     }
 448
 449     else if (source == sequenceName)
 450     {
 451       editName();
 452     }
 453     else if (source == pdb)
 454     {
 455       addPDB();
 456     }
 457     else if (source == hideSeqs)
 458     {
 459       hideSequences(false);
 460     }
 461     else if (source == repGroup)
 462     {
 463       hideSequences(true);
 464     }
 465     else if (source == revealSeq)
 466     {
 467       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 468     }
 469     else if (source == revealAll)
 470     {
 471       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 472     }
 473
 474     else if (source == editGroupName)
 475     {
 476       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 477               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 478               "Group Description", ap.alignFrame,
 479               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 480
 481       if (dialog.accept)
 482       {
 483         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 484         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 485       }
 486
 487     }
 488     else if (source == copy)
 489     {
 490       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 491     }
 492     else if (source == cut)
 493     {
 494       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 495     }
 496     else if (source == editSequence)
 497     {
 498       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 499
 500       if (sg != null)
 501       {
 502         if (seq == null)
 503           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 504
 505         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 506                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 507                 "Edit Sequence ", null,
 508
 509                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 510
 511         if (dialog.accept)
 512         {
 513           EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
 514                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 515                           ap.av.getGapCharacter()),
 516                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 517                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1, ap.av.getAlignment());
 518
 519           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 520
 521           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 522                   .getSequences());
 523         }
 524       }
 525     }
 526     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 527     {
 528       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 529       Vector regions = new Vector();
 530       if (sg != null)
 531       {
 532         int[][] startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(sg.getStartRes(),
 533                 sg.getEndRes() + 1);
 534
 535         String description;
 536         int caseChange;
 537
 538         if (source == toggleCase)
 539         {
 540           description = "Toggle Case";
 541           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 542         }
 543         else if (source == toUpper)
 544         {
 545           description = "To Upper Case";
 546           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 547         }
 548         else
 549         {
 550           description = "To Lower Case";
 551           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 552         }
 553
 554         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 555                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()), startEnd,
 556                 caseChange);
 557
 558         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 559
 560         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 561                 .getSequences());
 562
 563       }
 564     }
 565     else if (source == sequenceFeature)
 566     {
 567       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 568       if (sg == null)
 569       {
 570         return;
 571       }
 572
 573       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 574       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 575       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 576
 577       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 578       {
 579         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 580         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 581         if (start <= end)
 582         {
 583           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 584           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 585                   end, "Jalview");
 586           rsize++;
 587         }
 588       }
 589       rseqs = new SequenceI[rsize];
 590       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 591       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 592       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 593       features = tfeatures;
 594       seqs = rseqs;
 595
 596       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 597               features, true, ap))
 598       {
 599         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 600         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 601         ap.highlightSearchResults(null);
 602       }
 603     }
 604     else
 605     {
 606       outputText(evt);
 607     }
 608
 609   }
 610
 611   void outputText(ActionEvent e)
 612   {
 613     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 614
 615     Frame frame = new Frame();
 616     frame.add(cap);
 617     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 618             "Selection output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);
 619     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method now returns a full copy of sequence data
 620     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 621
 622     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 623             e.getActionCommand(),
 624             new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),
 625             ap.av.showJVSuffix));
 626
 627   }
 628
 629   void editName()
 630   {
 631     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 632             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 633             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 634             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 635
 636     if (dialog.accept)
 637     {
 638       seq.setName(dialog.getName());
 639       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 640       ap.paintAlignment(false);
 641     }
 642   }
 643
 644   void addPDB()
 645   {
 646     if (seq.getPDBId() != null)
 647     {
 648       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 649
 650       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 651         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 652         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 653       else
 654         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 655         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 656
 657     }
 658     else
 659     {
 660       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 661       cap.setText("Paste your PDB file here.");
 662       cap.setPDBImport(seq);
 663       Frame frame = new Frame();
 664       frame.add(cap);
 665       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file for sequence "+seq.getName(), 400, 300);
 666     }
 667   }
 668
 669   private void jbInit() throws Exception
 670   {
 671     groupMenu.setLabel("Group");
 672     groupMenu.setLabel("Selection");
 673     sequenceFeature.addActionListener(this);
 674
 675     editGroupName.addActionListener(this);
 676     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");
 677     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 678
 679     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");
 680     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 681     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 682     abovePIDColour.addItemListener(this);
 683     colourMenu.setLabel("Group Colour");
 684     showBoxes.setLabel("Boxes");
 685     showBoxes.setState(true);
 686     showBoxes.addItemListener(this);
 687     sequenceName.addActionListener(this);
 688     displayNonconserved.setLabel("Show Nonconserved");
 689     displayNonconserved.setState(false);
 690     displayNonconserved.addItemListener(this);
 691     showText.setLabel("Text");
 692     showText.addItemListener(this);
 693     showColourText.setLabel("Colour Text");
 694     showColourText.addItemListener(this);
 695     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");
 696     seqMenu.setLabel("Sequence");
 697     pdb.setLabel("View PDB Structure");
 698     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");
 699     repGroup.setLabel("Represent Group with");
 700     revealAll.setLabel("Reveal All");
 701     revealSeq.setLabel("Reveal Sequences");
 702     menu1.setLabel("Group");
 703     add(groupMenu);
 704     this.add(seqMenu);
 705     this.add(hideSeqs);
 706     this.add(revealSeq);
 707     this.add(revealAll);
 708     groupMenu.add(editGroupName);
 709     groupMenu.add(editMenu);
 710     groupMenu.add(outputmenu);
 711     groupMenu.add(sequenceFeature);
 712     groupMenu.add(menu1);
 713
 714     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 715     colourMenu.add(clustalColour);
 716     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 717     colourMenu.add(PIDColour);
 718     colourMenu.add(zappoColour);
 719     colourMenu.add(taylorColour);
 720     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 721     colourMenu.add(helixColour);
 722     colourMenu.add(strandColour);
 723     colourMenu.add(turnColour);
 724     colourMenu.add(buriedColour);
 725     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 726     colourMenu.add(userDefinedColour);
 727     colourMenu.addSeparator();
 728     colourMenu.add(abovePIDColour);
 729     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 730
 731     noColourmenuItem.setLabel("None");
 732     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 733
 734     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 735     clustalColour.addActionListener(this);
 736     zappoColour.setLabel("Zappo");
 737     zappoColour.addActionListener(this);
 738     taylorColour.setLabel("Taylor");
 739     taylorColour.addActionListener(this);
 740     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 741     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 742     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 743     helixColour.addActionListener(this);
 744     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 745     strandColour.addActionListener(this);
 746     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 747     turnColour.addActionListener(this);
 748     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 749     buriedColour.addActionListener(this);
 750     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 751
 752     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 753     userDefinedColour.addActionListener(this);
 754     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 755     PIDColour.addActionListener(this);
 756     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 757     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 758     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 759
 760     editMenu.add(copy);
 761     copy.addActionListener(this);
 762     editMenu.add(cut);
 763     cut.addActionListener(this);
 764
 765     editMenu.add(editSequence);
 766     editSequence.addActionListener(this);
 767
 768     editMenu.add(toUpper);
 769     toUpper.addActionListener(this);
 770     editMenu.add(toLower);
 771     toLower.addActionListener(this);
 772     editMenu.add(toggleCase);
 773     seqMenu.add(sequenceName);
 774     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
 775     {
 776       seqMenu.add(pdb);
 777     }
 778     seqMenu.add(repGroup);
 779     menu1.add(unGroupMenuItem);
 780     menu1.add(colourMenu);
 781     menu1.add(showBoxes);
 782     menu1.add(showText);
 783     menu1.add(showColourText);
 784     menu1.add(displayNonconserved);
 785     toggleCase.addActionListener(this);
 786     pdb.addActionListener(this);
 787     hideSeqs.addActionListener(this);
 788     repGroup.addActionListener(this);
 789     revealAll.addActionListener(this);
 790     revealSeq.addActionListener(this);
 791   }
 792
 793   void refresh()
 794   {
 795     ap.paintAlignment(true);
 796   }
 797
 798   protected void clustalColour_actionPerformed()
 799   {
 800     SequenceGroup sg = getGroup();
 801     sg.cs = new ClustalxColourScheme(
 802             sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 803             ap.av.getAlignment().getWidth());
 804     refresh();
 805   }
 806
 807   protected void zappoColour_actionPerformed()
 808   {
 809     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 810     refresh();
 811   }
 812
 813   protected void taylorColour_actionPerformed()
 814   {
 815     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 816     refresh();
 817   }
 818
 819   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 820   {
 821     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 822     refresh();
 823   }
 824
 825   protected void helixColour_actionPerformed()
 826   {
 827     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 828     refresh();
 829   }
 830
 831   protected void strandColour_actionPerformed()
 832   {
 833     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 834     refresh();
 835   }
 836
 837   protected void turnColour_actionPerformed()
 838   {
 839     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 840     refresh();
 841   }
 842
 843   protected void buriedColour_actionPerformed()
 844   {
 845     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 846     refresh();
 847   }
 848
 849   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 850   {
 851     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 852     refresh();
 853   }
 854
 855   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 856   {
 857     SequenceGroup sg = getGroup();
 858     if (sg.cs == null)
 859     {
 860       return;
 861     }
 862
 863     if (abovePIDColour.getState())
 864     {
 865       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
 866               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()), 0,
 867               ap.av.getAlignment().getWidth()));
 868       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 869               .getName());
 870
 871       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 872
 873       SliderPanel.showPIDSlider();
 874
 875     }
 876     else
 877     // remove PIDColouring
 878     {
 879       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 880     }
 881
 882     refresh();
 883
 884   }
 885
 886   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 887   {
 888     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 889   }
 890
 891   protected void PIDColour_actionPerformed()
 892   {
 893     SequenceGroup sg = getGroup();
 894     sg.cs = new PIDColourScheme();
 895     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
 896             sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()), 0,
 897             ap.av.getAlignment().getWidth()));
 898     refresh();
 899   }
 900
 901   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 902   {
 903     SequenceGroup sg = getGroup();
 904
 905     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 906
 907     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
 908             sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()), 0,
 909             ap.av.getAlignment().getWidth()));
 910
 911     refresh();
 912   }
 913
 914   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 915   {
 916     getGroup().cs = null;
 917     refresh();
 918   }
 919
 920   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 921   {
 922     SequenceGroup sg = getGroup();
 923     if (sg.cs == null)
 924     {
 925       return;
 926     }
 927
 928     if (conservationMenuItem.getState())
 929     {
 930
 931       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",
 932               ResidueProperties.propHash, 3,
 933               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()), 0,
 934               ap.av.getAlignment().getWidth(),
 935               false, ap.av.getConsPercGaps(),false));
 936       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
 937       SliderPanel.showConservationSlider();
 938     }
 939     else
 940     // remove ConservationColouring
 941     {
 942       sg.cs.setConservation(null);
 943     }
 944
 945     refresh();
 946   }
 947
 948   SequenceGroup getGroup()
 949   {
 950     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 951
 952     // this method won't add a new group if it already exists
 953     if (sg != null)
 954     {
 955       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
 956     }
 957
 958     return sg;
 959   }
 960
 961   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
 962   {
 963     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 964     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
 965     ap.av.setSelectionGroup(null);
 966     ap.paintAlignment(true);
 967   }
 968
 969   public void showColourText_itemStateChanged()
 970   {
 971     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
 972     refresh();
 973   }
 974
 975   public void showText_itemStateChanged()
 976   {
 977     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
 978     refresh();
 979   }
 980
 981   public void showNonconserved_itemStateChanged()
 982   {
 983     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
 984     refresh();
 985   }
 986
 987   public void showBoxes_itemStateChanged()
 988   {
 989     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
 990     refresh();
 991   }
 992
 993   void hideSequences(boolean representGroup)
 994   {
 995     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 996     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
 997     {
 998       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
 999       { seq });
1000       return;
1001     }
1002
1003     ap.av.setSelectionGroup(null);
1004
1005     if (representGroup)
1006     {
1007       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1008
1009       return;
1010     }
1011
1012     int gsize = sg.getSize();
1013     SequenceI[] hseqs;
1014
1015     hseqs = new SequenceI[gsize];
1016
1017     int index = 0;
1018     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1019     {
1020       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1021     }
1022
1023     ap.av.hideSequence(hseqs);
1024     ap.av.sendSelection();
1025   }
1026
1027 }