src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  25 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  26 import jalview.analysis.Conservation;
  27 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  28 import jalview.commands.EditCommand;
  29 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  32 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  33 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  34 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  35 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  36 import jalview.datamodel.SequenceI;
  37 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  38 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  39 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  40 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  41 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;
  42 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  43 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  44 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  45 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  46 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  47 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  48 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  49 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  50 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  51 import jalview.util.MessageManager;
  52 import jalview.util.UrlLink;
  53
  54 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  55 import java.awt.Frame;
  56 import java.awt.Menu;
  57 import java.awt.MenuItem;
  58 import java.awt.event.ActionEvent;
  59 import java.awt.event.ActionListener;
  60 import java.awt.event.ItemEvent;
  61 import java.awt.event.ItemListener;
  62 import java.util.Arrays;
  63 import java.util.Collections;
  64 import java.util.LinkedHashMap;
  65 import java.util.List;
  66 import java.util.Map;
  67 import java.util.TreeMap;
  68 import java.util.Vector;
  69
  70 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  71         ActionListener, ItemListener
  72 {
  73   Menu groupMenu = new Menu();
  74
  75   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  76
  77   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  78
  79   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  80
  81   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  82
  83   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  84
  85   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  86
  87   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  88
  89   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  90
  91   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  92
  93   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  94
  95   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  96
  97   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  98
  99   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
 100
 101   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
 102
 103   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
 104
 105   final AlignmentPanel ap;
 106
 107   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
 108
 109   MenuItem createGroupMenuItem = new MenuItem();
 110
 111   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
 112
 113   Menu colourMenu = new Menu();
 114
 115   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
 116
 117   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
 118
 119   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
 120
 121   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
 122
 123   Menu seqShowAnnotationsMenu = new Menu(
 124           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 125
 126   Menu seqHideAnnotationsMenu = new Menu(
 127           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 128
 129   MenuItem seqAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 130           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 131
 132   Menu groupShowAnnotationsMenu = new Menu(
 133           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 134
 135   Menu groupHideAnnotationsMenu = new Menu(
 136           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 137
 138   MenuItem groupAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 139           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 140
 141   Menu editMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.edit"));
 142
 143   MenuItem copy = new MenuItem(MessageManager.getString("action.copy"));
 144
 145   MenuItem cut = new MenuItem(MessageManager.getString("action.cut"));
 146
 147   MenuItem toUpper = new MenuItem(
 148           MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
 149
 150   MenuItem toLower = new MenuItem(
 151           MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
 152
 153   MenuItem toggleCase = new MenuItem(
 154           MessageManager.getString("label.toggle_case"));
 155
 156   Menu outputmenu = new Menu();
 157
 158   Menu seqMenu = new Menu();
 159
 160   MenuItem pdb = new MenuItem();
 161
 162   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 163
 164   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 165
 166   MenuItem sequenceName = new MenuItem(
 167           MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
 168
 169   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem(
 170           MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
 171
 172   MenuItem editSequence = new MenuItem(
 173           MessageManager.getString("label.edit_sequence"));
 174
 175   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem(
 176           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 177
 178   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem(
 179           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 180
 181   MenuItem makeReferenceSeq = new MenuItem();
 182
 183   SequenceI seq;
 184
 185   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 186
 187   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 188
 189   /**
 190    * index of sequence to be revealed
 191    */
 192   int revealSeq_index = -1;
 193
 194   Menu menu1 = new Menu();
 195
 196   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final SequenceI seq,
 197           Vector<String> links)
 198   {
 199     // /////////////////////////////////////////////////////////
 200     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 201     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 202     //
 203     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 204     // ////////////////////////////////////////////////////////
 205
 206     this.ap = apanel;
 207     this.seq = seq;
 208
 209     try
 210     {
 211       jbInit();
 212     } catch (Exception e)
 213     {
 214       e.printStackTrace();
 215     }
 216
 217     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 218     {
 219       MenuItem item = new MenuItem(
 220               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 221
 222       item.addActionListener(this);
 223       outputmenu.add(item);
 224     }
 225
 226     buildAnnotationSubmenus();
 227
 228     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 229     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 230     {
 231       editGroupName.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 232               "label.name_param", new Object[] { sg.getName() }));
 233       showText.setState(sg.getDisplayText());
 234       showColourText.setState(sg.getColourText());
 235       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 236       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 237       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 238       {
 239         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 240         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 241       }
 242       else
 243       {
 244         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 245         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);
 246       }
 247
 248     }
 249     else
 250     {
 251       remove(hideSeqs);
 252       remove(groupMenu);
 253     }
 254
 255     if (links != null && links.size() > 0)
 256     {
 257       Menu linkMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.link"));
 258       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 259       {
 260         String link = links.elementAt(i);
 261         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 262         if (!urlLink.isValid())
 263         {
 264           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 265           continue;
 266         }
 267         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 268         // link.indexOf("|"));
 269         final String label = urlLink.getLabel();
 270         if (seq != null && urlLink.isDynamic())
 271         {
 272
 273           // collect matching db-refs
 274           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 275                   seq.getDBRefs(), new String[] { target });
 276           // collect id string too
 277           String id = seq.getName();
 278           String descr = seq.getDescription();
 279           if (descr != null && descr.length() < 1)
 280           {
 281             descr = null;
 282           }
 283           if (dbr != null)
 284           {
 285             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 286             {
 287               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 288               {
 289                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 290                 // string with this link
 291                 id = null;
 292               }
 293               // create Bare ID link for this RUL
 294               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 295                       true);
 296               if (urls != null)
 297               {
 298                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 299                 {
 300                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 301                 }
 302               }
 303             }
 304           }
 305           if (id != null)
 306           {
 307             // create Bare ID link for this RUL
 308             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 309             if (urls != null)
 310             {
 311               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 312               {
 313                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 314               }
 315             }
 316             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 317           }
 318           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 319           // URL links
 320           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 321           {
 322             // create link for this URL from description only if regex matches
 323             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 324             if (urls != null)
 325             {
 326               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 327               {
 328                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 329               }
 330             }
 331           }
 332         }
 333         else
 334         {
 335           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 336         }
 337         /*
 338          * final String url;
 339          *
 340          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 341          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 342          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 343          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 344          *
 345          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 346          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 347          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 348          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 349          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 350          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 351          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 352          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 353          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 354          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 355          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 356          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 357          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 358          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 359          */
 360       }
 361       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 362       {
 363         if (seq != null)
 364         {
 365           seqMenu.add(linkMenu);
 366         }
 367         else
 368         {
 369           add(linkMenu);
 370         }
 371       }
 372     }
 373     // TODO: add group link menu entry here
 374     if (seq != null)
 375     {
 376       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 377       if (seq == ap.av.getAlignment().getSeqrep())
 378       {
 379         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 380                 .getString("action.unmark_as_reference"));// Unmark
 381                                                           // representative");
 382       }
 383       else
 384       {
 385         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 386                 .getString("action.set_as_reference")); // );
 387       }
 388       repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 389               "label.represent_group_with", new Object[] { seq.getName() }));
 390     }
 391     else
 392     {
 393       remove(seqMenu);
 394     }
 395
 396     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 397     {
 398       remove(revealAll);
 399       remove(revealSeq);
 400     }
 401     else
 402     {
 403       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 404
 405       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 406               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 407       {
 408         revealSeq_index = index;
 409       }
 410       else
 411       {
 412         remove(revealSeq);
 413       }
 414     }
 415   }
 416
 417   /**
 418    * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 419    * 'reference annotations' that may be added to the alignment.
 420    */
 421   private void buildAnnotationSubmenus()
 422   {
 423     /*
 424      * First for the currently selected sequence (if there is one):
 425      */
 426     final List<SequenceI> selectedSequence = (seq == null ? Collections
 427             .<SequenceI> emptyList() : Arrays.asList(seq));
 428     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 429             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 430     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 431             selectedSequence);
 432
 433     /*
 434      * and repeat for the current selection group (if there is one):
 435      */
 436     final List<SequenceI> selectedGroup = (ap.av.getSelectionGroup() == null ? Collections
 437             .<SequenceI> emptyList() : ap.av.getSelectionGroup()
 438             .getSequences());
 439     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 440             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 441     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 442             selectedGroup);
 443   }
 444
 445   /**
 446    * Determine whether or not to enable 'add reference annotations' menu item.
 447    * It is enable if there are any annotations, on any of the selected
 448    * sequences, which are not yet on the alignment (visible or not).
 449    *
 450    * @param menu
 451    * @param forSequences
 452    */
 453   private void configureReferenceAnnotationsMenu(MenuItem menuItem,
 454           List<SequenceI> forSequences)
 455   {
 456     menuItem.setEnabled(false);
 457
 458     /*
 459      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
 460      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
 461      */
 462     Map<String, String> tipEntries = new TreeMap<String, String>();
 463     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>>();
 464     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
 465     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences,
 466             tipEntries, candidates, al);
 467     if (!candidates.isEmpty())
 468     {
 469       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
 470       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
 471
 472       /*
 473        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
 474        * configure its action.
 475        */
 476       menuItem.setEnabled(true);
 477
 478       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 479       {
 480         @Override
 481         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 482         {
 483           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
 484         }
 485       });
 486     }
 487   }
 488
 489   /**
 490    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
 491    *
 492    * @param candidates
 493    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
 494    *          of annotations to add to each sequence
 495    */
 496   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
 497           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
 498   {
 499     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
 500     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
 501     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
 502             selectionGroup);
 503     refresh();
 504   }
 505
 506   /**
 507    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 508    *
 509    * @param linkMenu
 510    * @param target
 511    *          - menu label string
 512    * @param url
 513    *          - url to open
 514    */
 515   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 516           final String url)
 517   {
 518     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 519   }
 520
 521   /**
 522    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 523    *
 524    * @param linkMenu
 525    * @param target
 526    *          - URL target window
 527    * @param label
 528    *          - menu label string
 529    * @param url
 530    *          - url to open
 531    */
 532   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 533           final String label, final String url)
 534   {
 535     MenuItem item = new MenuItem(label);
 536     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 537     {
 538       @Override
 539       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 540       {
 541         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 542       }
 543     });
 544     linkMenu.add(item);
 545   }
 546
 547   @Override
 548   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 549   {
 550     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 551     {
 552       abovePIDColour_itemStateChanged();
 553     }
 554     else if (evt.getSource() == showColourText)
 555     {
 556       showColourText_itemStateChanged();
 557     }
 558     else if (evt.getSource() == showText)
 559     {
 560       showText_itemStateChanged();
 561     }
 562     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 563     {
 564       showBoxes_itemStateChanged();
 565     }
 566     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 567     {
 568       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 569     }
 570   }
 571
 572   @Override
 573   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 574   {
 575     Object source = evt.getSource();
 576     if (source == clustalColour)
 577     {
 578       clustalColour_actionPerformed();
 579     }
 580     else if (source == zappoColour)
 581     {
 582       zappoColour_actionPerformed();
 583     }
 584     else if (source == taylorColour)
 585     {
 586       taylorColour_actionPerformed();
 587     }
 588     else if (source == hydrophobicityColour)
 589     {
 590       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 591     }
 592     else if (source == helixColour)
 593     {
 594       helixColour_actionPerformed();
 595     }
 596     else if (source == strandColour)
 597     {
 598       strandColour_actionPerformed();
 599     }
 600     else if (source == turnColour)
 601     {
 602       turnColour_actionPerformed();
 603     }
 604     else if (source == buriedColour)
 605     {
 606       buriedColour_actionPerformed();
 607     }
 608     else if (source == nucleotideMenuItem)
 609     {
 610       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 611     }
 612
 613     else if (source == userDefinedColour)
 614     {
 615       userDefinedColour_actionPerformed();
 616     }
 617     else if (source == PIDColour)
 618     {
 619       PIDColour_actionPerformed();
 620     }
 621     else if (source == BLOSUM62Colour)
 622     {
 623       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 624     }
 625     else if (source == noColourmenuItem)
 626     {
 627       noColourmenuItem_actionPerformed();
 628     }
 629     else if (source == conservationMenuItem)
 630     {
 631       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 632     }
 633     else if (source == unGroupMenuItem)
 634     {
 635       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 636     }
 637
 638     else if (source == createGroupMenuItem)
 639     {
 640       createGroupMenuItem_actionPerformed();
 641     }
 642
 643     else if (source == sequenceName)
 644     {
 645       editName();
 646     }
 647     else if (source == makeReferenceSeq)
 648     {
 649       makeReferenceSeq_actionPerformed();
 650     }
 651     else if (source == sequenceDetails)
 652     {
 653       showSequenceDetails();
 654     }
 655     else if (source == selSeqDetails)
 656     {
 657       showSequenceSelectionDetails();
 658     }
 659     else if (source == pdb)
 660     {
 661       addPDB();
 662     }
 663     else if (source == hideSeqs)
 664     {
 665       hideSequences(false);
 666     }
 667     else if (source == repGroup)
 668     {
 669       hideSequences(true);
 670     }
 671     else if (source == revealSeq)
 672     {
 673       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 674     }
 675     else if (source == revealAll)
 676     {
 677       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 678     }
 679
 680     else if (source == editGroupName)
 681     {
 682       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 683               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 684               "Group Description", ap.alignFrame,
 685               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 686
 687       if (dialog.accept)
 688       {
 689         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 690         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 691       }
 692
 693     }
 694     else if (source == copy)
 695     {
 696       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 697     }
 698     else if (source == cut)
 699     {
 700       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 701     }
 702     else if (source == editSequence)
 703     {
 704       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 705
 706       if (sg != null)
 707       {
 708         if (seq == null)
 709         {
 710           seq = sg.getSequenceAt(0);
 711         }
 712
 713         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 714                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 715                 "Edit Sequence ", null,
 716
 717                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 718
 719         if (dialog.accept)
 720         {
 721           EditCommand editCommand = new EditCommand(
 722                   MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
 723                   Action.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 724                           ap.av.getGapCharacter()),
 725                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 726                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 727                   ap.av.getAlignment());
 728
 729           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 730
 731           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 732                   .getSequences());
 733         }
 734       }
 735     }
 736     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 737     {
 738       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 739       if (sg != null)
 740       {
 741         List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 742                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 743
 744         String description;
 745         int caseChange;
 746
 747         if (source == toggleCase)
 748         {
 749           description = "Toggle Case";
 750           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 751         }
 752         else if (source == toUpper)
 753         {
 754           description = "To Upper Case";
 755           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 756         }
 757         else
 758         {
 759           description = "To Lower Case";
 760           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 761         }
 762
 763         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 764                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 765                 startEnd, caseChange);
 766
 767         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 768
 769         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 770                 .getSequences());
 771
 772       }
 773     }
 774     else if (source == sequenceFeature)
 775     {
 776       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 777       if (sg == null)
 778       {
 779         return;
 780       }
 781
 782       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 783       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 784       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 785
 786       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 787       {
 788         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 789         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 790         if (start <= end)
 791         {
 792           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 793           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 794                   end, "Jalview");
 795           rsize++;
 796         }
 797       }
 798       rseqs = new SequenceI[rsize];
 799       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 800       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 801       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 802       features = tfeatures;
 803       seqs = rseqs;
 804
 805       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 806               features, true, ap))
 807       {
 808         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 809         ap.av.setShowSequenceFeatures(true);
 810         ;
 811         ap.highlightSearchResults(null);
 812       }
 813     }
 814     else
 815     {
 816       outputText(evt);
 817     }
 818
 819   }
 820
 821   void outputText(ActionEvent e)
 822   {
 823     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 824
 825     Frame frame = new Frame();
 826     frame.add(cap);
 827     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 828             "label.selection_output_command",
 829             new Object[] { e.getActionCommand() }), 600, 500);
 830     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 831     // now returns a full copy of sequence data
 832     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 833
 834     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 835             e.getActionCommand(), ap.av.getShowJVSuffix(), ap, true));
 836
 837   }
 838
 839   protected void showSequenceSelectionDetails()
 840   {
 841     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 842   }
 843
 844   protected void showSequenceDetails()
 845   {
 846     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[] { seq });
 847   }
 848
 849   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 850   {
 851
 852     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 853
 854     StringBuffer contents = new StringBuffer();
 855     for (SequenceI seq : sequences)
 856     {
 857       contents.append(MessageManager.formatMessage(
 858               "label.annotation_for_displayid",
 859               new Object[] { seq.getDisplayId(true) }));
 860       new SequenceAnnotationReport(null).createSequenceAnnotationReport(
 861               contents,
 862               seq,
 863               true,
 864               true,
 865               false,
 866               (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr
 867                       .getMinMax() : null);
 868       contents.append("</p>");
 869     }
 870     Frame frame = new Frame();
 871     frame.add(cap);
 872     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 873             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 874                     : "Selection"), 600, 500);
 875     cap.setText(MessageManager.formatMessage("label.html_content",
 876             new Object[] { contents.toString() }));
 877   }
 878
 879   void editName()
 880   {
 881     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 882             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 883             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 884             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 885
 886     if (dialog.accept)
 887     {
 888       seq.setName(dialog.getName());
 889       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 890       ap.paintAlignment(false);
 891     }
 892   }
 893
 894   void addPDB()
 895   {
 896     if (seq.getAllPDBEntries() != null)
 897     {
 898       PDBEntry entry = seq.getAllPDBEntries().firstElement();
 899
 900       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 901       {
 902         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new SequenceI[] { seq },
 903                 null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 904       }
 905       else
 906       {
 907         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new SequenceI[] { seq }, null,
 908                 ap, AppletFormatAdapter.URL);
 909       }
 910
 911     }
 912     else
 913     {
 914       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 915       cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_pdb_file"));
 916       cap.setPDBImport(seq);
 917       Frame frame = new Frame();
 918       frame.add(cap);
 919       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 920               "label.paste_pdb_file_for_sequence",
 921               new Object[] { seq.getName() }), 400, 300);
 922     }
 923   }
 924
 925   private void jbInit() throws Exception
 926   {
 927     groupMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.selection"));
 928     sequenceFeature.addActionListener(this);
 929
 930     editGroupName.addActionListener(this);
 931     unGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 932             .getString("action.remove_group"));
 933     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 934
 935     createGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 936             .getString("action.create_group"));
 937     createGroupMenuItem.addActionListener(this);
 938
 939     nucleotideMenuItem.setLabel(MessageManager
 940             .getString("label.nucleotide"));
 941     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 942     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 943     abovePIDColour.addItemListener(this);
 944     colourMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.group_colour"));
 945     showBoxes.setLabel(MessageManager.getString("action.boxes"));
 946     showBoxes.setState(true);
 947     showBoxes.addItemListener(this);
 948     sequenceName.addActionListener(this);
 949     sequenceDetails.addActionListener(this);
 950     selSeqDetails.addActionListener(this);
 951     displayNonconserved.setLabel(MessageManager
 952             .getString("label.show_non_conversed"));
 953     displayNonconserved.setState(false);
 954     displayNonconserved.addItemListener(this);
 955     showText.setLabel(MessageManager.getString("action.text"));
 956     showText.addItemListener(this);
 957     showColourText.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_text"));
 958     showColourText.addItemListener(this);
 959     outputmenu.setLabel(MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));
 960     seqMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.sequence"));
 961     pdb.setLabel(MessageManager.getString("label.view_pdb_structure"));
 962     hideSeqs.setLabel(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 963     repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 964             "label.represent_group_with", new Object[] { "" }));
 965     revealAll.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 966     revealSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 967     menu1.setLabel(MessageManager.getString("label.group:"));
 968     add(groupMenu);
 969     this.add(seqMenu);
 970     this.add(hideSeqs);
 971     this.add(revealSeq);
 972     this.add(revealAll);
 973     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 974     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
 975     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
 976     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
 977     groupMenu.add(editMenu);
 978     groupMenu.add(outputmenu);
 979     groupMenu.add(sequenceFeature);
 980     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
 981     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
 982     groupMenu.add(menu1);
 983
 984     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 985     colourMenu.add(clustalColour);
 986     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 987     colourMenu.add(PIDColour);
 988     colourMenu.add(zappoColour);
 989     colourMenu.add(taylorColour);
 990     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 991     colourMenu.add(helixColour);
 992     colourMenu.add(strandColour);
 993     colourMenu.add(turnColour);
 994     colourMenu.add(buriedColour);
 995     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 996     colourMenu.add(userDefinedColour);
 997     colourMenu.addSeparator();
 998     colourMenu.add(abovePIDColour);
 999     colourMenu.add(conservationMenuItem);
1000
1001     noColourmenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.none"));
1002     noColourmenuItem.addActionListener(this);
1003
1004     clustalColour.setLabel(MessageManager
1005             .getString("label.clustalx_colours"));
1006     clustalColour.addActionListener(this);
1007     zappoColour.setLabel(MessageManager.getString("label.zappo"));
1008     zappoColour.addActionListener(this);
1009     taylorColour.setLabel(MessageManager.getString("label.taylor"));
1010     taylorColour.addActionListener(this);
1011     hydrophobicityColour.setLabel(MessageManager
1012             .getString("label.hydrophobicity"));
1013     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
1014     helixColour
1015             .setLabel(MessageManager.getString("label.helix_propensity"));
1016     helixColour.addActionListener(this);
1017     strandColour.setLabel(MessageManager
1018             .getString("label.strand_propensity"));
1019     strandColour.addActionListener(this);
1020     turnColour.setLabel(MessageManager.getString("label.turn_propensity"));
1021     turnColour.addActionListener(this);
1022     buriedColour.setLabel(MessageManager.getString("label.buried_index"));
1023     buriedColour.addActionListener(this);
1024     abovePIDColour.setLabel(MessageManager
1025             .getString("label.above_identity_percentage"));
1026
1027     userDefinedColour.setLabel(MessageManager
1028             .getString("action.user_defined"));
1029     userDefinedColour.addActionListener(this);
1030     PIDColour.setLabel(MessageManager
1031             .getString("label.percentage_identity"));
1032     PIDColour.addActionListener(this);
1033     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
1034     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
1035     conservationMenuItem.setLabel(MessageManager
1036             .getString("label.conservation"));
1037
1038     editMenu.add(copy);
1039     copy.addActionListener(this);
1040     editMenu.add(cut);
1041     cut.addActionListener(this);
1042
1043     editMenu.add(editSequence);
1044     editSequence.addActionListener(this);
1045
1046     editMenu.add(toUpper);
1047     toUpper.addActionListener(this);
1048     editMenu.add(toLower);
1049     toLower.addActionListener(this);
1050     editMenu.add(toggleCase);
1051     seqMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1052     seqMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1053     seqMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1054     seqMenu.add(sequenceName);
1055     seqMenu.add(makeReferenceSeq);
1056     // seqMenu.add(sequenceDetails);
1057
1058     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
1059     {
1060       seqMenu.add(pdb);
1061     }
1062     seqMenu.add(repGroup);
1063     menu1.add(editGroupName);
1064     menu1.add(colourMenu);
1065     menu1.add(showBoxes);
1066     menu1.add(showText);
1067     menu1.add(showColourText);
1068     menu1.add(displayNonconserved);
1069     toggleCase.addActionListener(this);
1070     pdb.addActionListener(this);
1071     hideSeqs.addActionListener(this);
1072     repGroup.addActionListener(this);
1073     revealAll.addActionListener(this);
1074     revealSeq.addActionListener(this);
1075     makeReferenceSeq.addActionListener(this);
1076   }
1077
1078   void refresh()
1079   {
1080     ap.paintAlignment(true);
1081   }
1082
1083   protected void clustalColour_actionPerformed()
1084   {
1085     SequenceGroup sg = getGroup();
1086     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences());
1087     refresh();
1088   }
1089
1090   protected void zappoColour_actionPerformed()
1091   {
1092     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
1093     refresh();
1094   }
1095
1096   protected void taylorColour_actionPerformed()
1097   {
1098     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
1099     refresh();
1100   }
1101
1102   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
1103   {
1104     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
1105     refresh();
1106   }
1107
1108   protected void helixColour_actionPerformed()
1109   {
1110     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
1111     refresh();
1112   }
1113
1114   protected void strandColour_actionPerformed()
1115   {
1116     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
1117     refresh();
1118   }
1119
1120   protected void turnColour_actionPerformed()
1121   {
1122     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
1123     refresh();
1124   }
1125
1126   protected void buriedColour_actionPerformed()
1127   {
1128     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
1129     refresh();
1130   }
1131
1132   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
1133   {
1134     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
1135     refresh();
1136   }
1137
1138   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
1139   {
1140     SequenceGroup sg = getGroup();
1141     if (sg.cs == null)
1142     {
1143       return;
1144     }
1145
1146     if (abovePIDColour.getState())
1147     {
1148       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1149               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1150       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1151               .getName());
1152
1153       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1154
1155       SliderPanel.showPIDSlider();
1156
1157     }
1158     else
1159     // remove PIDColouring
1160     {
1161       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1162     }
1163
1164     refresh();
1165
1166   }
1167
1168   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
1169   {
1170     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
1171   }
1172
1173   protected void PIDColour_actionPerformed()
1174   {
1175     SequenceGroup sg = getGroup();
1176     sg.cs = new PIDColourScheme();
1177     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1178             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1179     refresh();
1180   }
1181
1182   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
1183   {
1184     SequenceGroup sg = getGroup();
1185
1186     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
1187
1188     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1189             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1190
1191     refresh();
1192   }
1193
1194   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
1195   {
1196     getGroup().cs = null;
1197     refresh();
1198   }
1199
1200   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
1201   {
1202     SequenceGroup sg = getGroup();
1203     if (sg.cs == null)
1204     {
1205       return;
1206     }
1207
1208     if (conservationMenuItem.getState())
1209     {
1210
1211       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",
1212               ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(ap.av
1213                       .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment()
1214                       .getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(), false));
1215       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1216       SliderPanel.showConservationSlider();
1217     }
1218     else
1219     // remove ConservationColouring
1220     {
1221       sg.cs.setConservation(null);
1222     }
1223
1224     refresh();
1225   }
1226
1227   SequenceGroup getGroup()
1228   {
1229     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1230
1231     // this method won't add a new group if it already exists
1232     if (sg != null)
1233     {
1234       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1235     }
1236
1237     return sg;
1238   }
1239
1240   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1241   {
1242     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1243     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1244     ap.av.setSelectionGroup(null);
1245     ap.paintAlignment(true);
1246   }
1247
1248   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1249   {
1250     getGroup(); // implicitly create group
1251     refresh();
1252   }
1253
1254   public void showColourText_itemStateChanged()
1255   {
1256     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1257     refresh();
1258   }
1259
1260   public void showText_itemStateChanged()
1261   {
1262     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1263     refresh();
1264   }
1265
1266   public void makeReferenceSeq_actionPerformed()
1267   {
1268     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1269     {
1270       // initialise the display flags so the user sees something happen
1271       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1272       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1273       ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1274     }
1275     else
1276     {
1277       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == seq)
1278       {
1279         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1280       }
1281       else
1282       {
1283         ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1284       }
1285     }
1286     refresh();
1287   }
1288
1289   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1290   {
1291     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1292     refresh();
1293   }
1294
1295   public void showBoxes_itemStateChanged()
1296   {
1297     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1298     refresh();
1299   }
1300
1301   void hideSequences(boolean representGroup)
1302   {
1303     ap.av.hideSequences(seq, representGroup);
1304   }
1305
1306   /**
1307    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
1308    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
1309    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
1310    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
1311    * <p>
1312    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
1313    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
1314    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
1315    * composite type name, e.g.
1316    * <p>
1317    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
1318    *
1319    * @param seq
1320    */
1321   protected void buildAnnotationTypesMenus(Menu showMenu, Menu hideMenu,
1322           List<SequenceI> forSequences)
1323   {
1324     showMenu.removeAll();
1325     hideMenu.removeAll();
1326
1327     final List<String> all = Arrays.asList(new String[] { MessageManager
1328             .getString("label.all") });
1329     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true, true);
1330     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
1331             false);
1332     showMenu.addSeparator();
1333     hideMenu.addSeparator();
1334
1335     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
1336             .getAlignmentAnnotation();
1337
1338     /*
1339      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
1340      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
1341      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
1342      * alignment.
1343      */
1344     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1345     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1346     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes, hiddenTypes,
1347             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations), forSequences);
1348
1349     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
1350     {
1351       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
1352       {
1353         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, calcId, type,
1354                 false, true);
1355       }
1356     }
1357     // grey out 'show annotations' if none are hidden
1358     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
1359
1360     for (String calcId : shownTypes.keySet())
1361     {
1362       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
1363       {
1364         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, calcId, type,
1365                 false, false);
1366       }
1367     }
1368     // grey out 'hide annotations' if none are shown
1369     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
1370   }
1371
1372   /**
1373    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
1374    * menus.
1375    *
1376    * @param showOrHideMenu
1377    *          the menu to add to
1378    * @param forSequences
1379    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
1380    * @param calcId
1381    * @param types
1382    *          the label to add
1383    * @param allTypes
1384    *          if true this is a special label meaning 'All'
1385    * @param actionIsShow
1386    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
1387    *          type, else hide
1388    */
1389   protected void addAnnotationTypeToShowHide(Menu showOrHideMenu,
1390           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
1391           final List<String> types, final boolean allTypes,
1392           final boolean actionIsShow)
1393   {
1394     String label = types.toString(); // [a, b, c]
1395     label = label.substring(1, label.length() - 1);
1396     final MenuItem item = new MenuItem(label);
1397     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1398     {
1399       @Override
1400       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1401       {
1402         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(),
1403                 types, forSequences, allTypes, actionIsShow);
1404         refresh();
1405       }
1406     });
1407     showOrHideMenu.add(item);
1408   }
1409
1410 }