src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  *\r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  *\r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but\r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty\r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR\r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  *\r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.appletgui;\r
  19 \r
  20 import jalview.analysis.AAFrequency;\r
  21 import jalview.analysis.AlignmentSorter;\r
  22 import jalview.analysis.Conservation;\r
  23 import jalview.api.SequenceStructureBinding;\r
  24 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  25 import jalview.commands.CommandI;\r
  26 import jalview.commands.EditCommand;\r
  27 import jalview.commands.OrderCommand;\r
  28 import jalview.commands.RemoveGapColCommand;\r
  29 import jalview.commands.RemoveGapsCommand;\r
  30 import jalview.commands.SlideSequencesCommand;\r
  31 import jalview.commands.TrimRegionCommand;\r
  32 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  33 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  34 import jalview.datamodel.AlignmentOrder;\r
  35 import jalview.datamodel.ColumnSelection;\r
  36 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
  37 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  38 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;\r
  39 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  40 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  41 import jalview.io.AnnotationFile;\r
  42 import jalview.io.AppletFormatAdapter;\r
  43 import jalview.io.FeaturesFile;\r
  44 import jalview.io.TCoffeeScoreFile;\r
  45 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;\r
  46 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;\r
  47 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;\r
  48 import jalview.schemes.ColourSchemeI;\r
  49 import jalview.schemes.HelixColourScheme;\r
  50 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;\r
  51 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;\r
  52 import jalview.schemes.PIDColourScheme;\r
  53 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;\r
  54 import jalview.schemes.RNAHelicesColourChooser;\r
  55 import jalview.schemes.RNAInteractionColourScheme;\r
  56 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  57 import jalview.schemes.StrandColourScheme;\r
  58 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;\r
  59 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;\r
  60 import jalview.schemes.TurnColourScheme;\r
  61 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;\r
  62 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
  63 \r
  64 import java.awt.BorderLayout;\r
  65 import java.awt.Canvas;\r
  66 import java.awt.CheckboxMenuItem;\r
  67 import java.awt.Color;\r
  68 import java.awt.Font;\r
  69 import java.awt.FontMetrics;\r
  70 import java.awt.Frame;\r
  71 import java.awt.Graphics;\r
  72 import java.awt.Label;\r
  73 import java.awt.Menu;\r
  74 import java.awt.MenuBar;\r
  75 import java.awt.MenuItem;\r
  76 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  77 import java.awt.event.ActionListener;\r
  78 import java.awt.event.FocusEvent;\r
  79 import java.awt.event.FocusListener;\r
  80 import java.awt.event.ItemEvent;\r
  81 import java.awt.event.ItemListener;\r
  82 import java.awt.event.KeyEvent;\r
  83 import java.awt.event.KeyListener;\r
  84 import java.awt.event.WindowAdapter;\r
  85 import java.awt.event.WindowEvent;\r
  86 import java.io.IOException;\r
  87 import java.io.InputStreamReader;\r
  88 import java.net.URL;\r
  89 import java.net.URLEncoder;\r
  90 import java.util.Enumeration;\r
  91 import java.util.Hashtable;\r
  92 import java.util.List;\r
  93 import java.util.StringTokenizer;\r
  94 import java.util.Vector;\r
  95 \r
  96 import javax.xml.parsers.ParserConfigurationException;\r
  97 \r
  98 import org.xml.sax.SAXException;\r
  99 \r
 100 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;\r
 101 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;\r
 102 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionPermissionDenied;\r
 103 \r
 104 public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemListener, KeyListener\r
 105 {\r
 106   public AlignmentPanel alignPanel;\r
 107 \r
 108   public AlignViewport viewport;\r
 109 \r
 110   int DEFAULT_WIDTH = 700;\r
 111 \r
 112   int DEFAULT_HEIGHT = 500;\r
 113 \r
 114   String jalviewServletURL;\r
 115 \r
 116 \r
 117   public AlignFrame(AlignmentI al, jalview.bin.JalviewLite applet, String title, boolean embedded)\r
 118   {\r
 119     if (applet != null)\r
 120     {\r
 121       jalviewServletURL = applet.getParameter("APPLICATION_URL");\r
 122     }\r
 123 \r
 124     try\r
 125     {\r
 126       jbInit();\r
 127     } catch (Exception ex)\r
 128     {\r
 129       ex.printStackTrace();\r
 130     }\r
 131 \r
 132     viewport = new AlignViewport(al, applet);\r
 133     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
 134 \r
 135     viewport.updateConservation(alignPanel);\r
 136     viewport.updateConsensus(alignPanel);\r
 137 \r
 138     annotationPanelMenuItem.setState(viewport.showAnnotation);\r
 139     displayNonconservedMenuItem.setState(viewport.getShowUnconserved());\r
 140     followMouseOverFlag.setState(viewport.getFollowHighlight());\r
 141     showGroupConsensus.setState(viewport.isShowGroupConsensus());\r
 142     showGroupConservation.setState(viewport.isShowGroupConservation());\r
 143     showConsensusHistogram.setState(viewport.isShowConsensusHistogram());\r
 144     showSequenceLogo.setState(viewport.isShowSequenceLogo());\r
 145 \r
 146     seqLimits.setState(viewport.showJVSuffix);\r
 147 \r
 148     if (applet != null)\r
 149     {\r
 150       String param = applet.getParameter("sortBy");\r
 151       if (param != null)\r
 152       {\r
 153         if (param.equalsIgnoreCase("Id"))\r
 154         {\r
 155           sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
 156         }\r
 157         else if (param.equalsIgnoreCase("Pairwise Identity"))\r
 158         {\r
 159           sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
 160         }\r
 161         else if (param.equalsIgnoreCase("Length"))\r
 162         {\r
 163           sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
 164         }\r
 165       }\r
 166 \r
 167       param = applet.getParameter("wrap");\r
 168       if (param != null)\r
 169       {\r
 170         if (param.equalsIgnoreCase("true"))\r
 171         {\r
 172           wrapMenuItem.setState(true);\r
 173           wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 174         }\r
 175       }\r
 176       param = applet.getParameter("centrecolumnlabels");\r
 177       if (param != null)\r
 178       {\r
 179         centreColumnLabelFlag.setState(true);\r
 180         centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 181       }\r
 182       try\r
 183       {\r
 184         param = applet.getParameter("windowWidth");\r
 185         if (param != null)\r
 186         {\r
 187           int width = Integer.parseInt(param);\r
 188           DEFAULT_WIDTH = width;\r
 189         }\r
 190         param = applet.getParameter("windowHeight");\r
 191         if (param != null)\r
 192         {\r
 193           int height = Integer.parseInt(param);\r
 194           DEFAULT_HEIGHT = height;\r
 195         }\r
 196       } catch (Exception ex)\r
 197       {\r
 198       }\r
 199 \r
 200     }\r
 201     if (viewport.getAlignment().isNucleotide())\r
 202     {\r
 203       viewport.updateStrucConsensus(alignPanel);\r
 204       if (viewport.getAlignment().hasRNAStructure())\r
 205       {\r
 206         RNAHelixColour.setEnabled(true);\r
 207       }\r
 208       else {\r
 209         RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 210       }\r
 211     } else {\r
 212       RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 213       purinePyrimidineColour.setEnabled(false);\r
 214     }\r
 215     \r
 216     // Some JVMS send keyevents to Top frame or lowest panel,\r
 217     // Havent worked out why yet. So add to both this frame and seqCanvas for\r
 218     // now\r
 219     this.addKeyListener(this);\r
 220     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(this);\r
 221     alignPanel.idPanel.idCanvas.addKeyListener(this);\r
 222     alignPanel.scalePanel.addKeyListener(this);\r
 223     alignPanel.annotationPanel.addKeyListener(this);\r
 224     alignPanel.annotationPanelHolder.addKeyListener(this);\r
 225     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.addKeyListener(this);\r
 226     alignPanel.alabels.addKeyListener(this);\r
 227     createAlignFrameWindow(embedded, title);\r
 228 \r
 229     validate();\r
 230     alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
 231     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 232   }\r
 233 \r
 234   public AlignViewport getAlignViewport()\r
 235   {\r
 236     return viewport;\r
 237   }\r
 238 \r
 239   public SeqCanvas getSeqcanvas()\r
 240   {\r
 241     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas;\r
 242   }\r
 243 \r
 244   /**\r
 245    * Load a features file onto the alignment\r
 246    *\r
 247    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 248    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 249    */\r
 250 \r
 251   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type)\r
 252   {\r
 253     return parseFeaturesFile(file, type, true);\r
 254   }\r
 255 \r
 256   /**\r
 257    * Load a features file onto the alignment\r
 258    *\r
 259    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 260    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 261    * @param autoenabledisplay when true, display features flag will be automatically enabled if features are loaded\r
 262    * @return true if data parsed as a features file\r
 263    */\r
 264   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type, boolean autoenabledisplay)\r
 265   {\r
 266     // TODO: test if importing a features file onto an alignment which already has features with links overwrites the original links.\r
 267 \r
 268     Hashtable featureLinks = new Hashtable();\r
 269     boolean featuresFile = false;\r
 270     try\r
 271     {\r
 272       featuresFile = new jalview.io.FeaturesFile(file, type)\r
 273               .parse(viewport.getAlignment(),\r
 274                       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours,\r
 275                       featureLinks, true, viewport.applet.getDefaultParameter("relaxedidmatch", false));\r
 276     } catch (Exception ex)\r
 277     {\r
 278       ex.printStackTrace();\r
 279     }\r
 280 \r
 281     if (featuresFile)\r
 282     {\r
 283       if (featureLinks.size() > 0)\r
 284       {\r
 285         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureLinks = featureLinks;\r
 286       }\r
 287       if (autoenabledisplay)\r
 288       {\r
 289         viewport.showSequenceFeatures = true;\r
 290         sequenceFeatures.setState(true);\r
 291       }\r
 292       if (viewport.featureSettings != null)\r
 293       {\r
 294         viewport.featureSettings.refreshTable();\r
 295       }\r
 296       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 297       statusBar.setText("Successfully added features to alignment.");\r
 298     }\r
 299     return featuresFile;\r
 300   }\r
 301 \r
 302   @Override\r
 303   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 304   {\r
 305     if (viewport.cursorMode\r
 306             && ((evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0 && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9) || (evt\r
 307                     .getKeyCode() >= KeyEvent.VK_NUMPAD0 && evt\r
 308                     .getKeyCode() <= KeyEvent.VK_NUMPAD9))\r
 309             && Character.isDigit(evt.getKeyChar()))\r
 310       alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 311 \r
 312     switch (evt.getKeyCode())\r
 313     {\r
 314     case 27: // escape key\r
 315       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 316 \r
 317       alignPanel.alabels.cancelDrag();\r
 318       break;\r
 319     case KeyEvent.VK_X:\r
 320       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 321       {\r
 322         cut_actionPerformed();\r
 323       }\r
 324       break;\r
 325     case KeyEvent.VK_C:\r
 326       if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 327       {\r
 328         alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();\r
 329       }\r
 330       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 331       {\r
 332         copy_actionPerformed();\r
 333       }\r
 334       break;\r
 335     case KeyEvent.VK_V:\r
 336       if (evt.isControlDown())\r
 337       {\r
 338         paste(evt.isShiftDown());\r
 339       }\r
 340       break;\r
 341     case KeyEvent.VK_A:\r
 342       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 343       {\r
 344         selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 345       }\r
 346       break;\r
 347     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 348       if (viewport.cursorMode)\r
 349       {\r
 350         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);\r
 351       }\r
 352       else\r
 353       {\r
 354         moveSelectedSequences(false);\r
 355       }\r
 356       break;\r
 357 \r
 358     case KeyEvent.VK_UP:\r
 359       if (viewport.cursorMode)\r
 360       {\r
 361         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);\r
 362       }\r
 363       else\r
 364       {\r
 365         moveSelectedSequences(true);\r
 366       }\r
 367       break;\r
 368 \r
 369     case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 370       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 371         slideSequences(false, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 372       else\r
 373         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-1, 0);\r
 374       break;\r
 375 \r
 376     case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 377       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 378         slideSequences(true, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 379       else\r
 380         alignPanel.seqPanel.moveCursor(1, 0);\r
 381       break;\r
 382 \r
 383     case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 384       if (viewport.cursorMode)\r
 385       {\r
 386         alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 387                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 388       }\r
 389       break;\r
 390 \r
 391     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 392     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 393       if (viewport.cursorMode)\r
 394       {\r
 395         alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 396                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 397       }\r
 398       else\r
 399       {\r
 400         cut_actionPerformed();\r
 401         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 402       }\r
 403       break;\r
 404 \r
 405     case KeyEvent.VK_S:\r
 406       if (viewport.cursorMode)\r
 407       {\r
 408         alignPanel.seqPanel.setCursorRow();\r
 409       }\r
 410       break;\r
 411     case KeyEvent.VK_P:\r
 412       if (viewport.cursorMode)\r
 413       {\r
 414         alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();\r
 415       }\r
 416       break;\r
 417 \r
 418     case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 419     case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 420       if (viewport.cursorMode)\r
 421       {\r
 422         alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 423       }\r
 424       break;\r
 425 \r
 426     case KeyEvent.VK_Q:\r
 427       if (viewport.cursorMode)\r
 428       {\r
 429         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 430       }\r
 431       break;\r
 432     case KeyEvent.VK_M:\r
 433       if (viewport.cursorMode)\r
 434       {\r
 435         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 436       }\r
 437       break;\r
 438 \r
 439     case KeyEvent.VK_F2:\r
 440       viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;\r
 441       statusBar.setText("Keyboard editing mode is "\r
 442               + (viewport.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 443       if (viewport.cursorMode)\r
 444       {\r
 445         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;\r
 446         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;\r
 447       }\r
 448       break;\r
 449 \r
 450     case KeyEvent.VK_F:\r
 451       if (evt.isControlDown())\r
 452       {\r
 453         findMenuItem_actionPerformed();\r
 454       }\r
 455       break;\r
 456 \r
 457     case KeyEvent.VK_H:\r
 458     {\r
 459       boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 460       boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
 461       toggleHiddenRegions(toggleSeqs, toggleCols);\r
 462       break;\r
 463     }\r
 464 \r
 465     case KeyEvent.VK_PAGE_UP:\r
 466       if (viewport.wrapAlignment)\r
 467       {\r
 468         alignPanel.scrollUp(true);\r
 469       }\r
 470       else\r
 471       {\r
 472         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 473                 - viewport.endSeq + viewport.startSeq);\r
 474       }\r
 475       break;\r
 476 \r
 477     case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:\r
 478       if (viewport.wrapAlignment)\r
 479       {\r
 480         alignPanel.scrollUp(false);\r
 481       }\r
 482       else\r
 483       {\r
 484         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 485                 + viewport.endSeq - viewport.startSeq);\r
 486       }\r
 487       break;\r
 488 \r
 489     case KeyEvent.VK_Z:\r
 490       if (evt.isControlDown())\r
 491       {\r
 492         undoMenuItem_actionPerformed();\r
 493       }\r
 494       break;\r
 495 \r
 496     case KeyEvent.VK_Y:\r
 497       if (evt.isControlDown())\r
 498       {\r
 499         redoMenuItem_actionPerformed();\r
 500       }\r
 501       break;\r
 502 \r
 503     case KeyEvent.VK_L:\r
 504       if (evt.isControlDown())\r
 505       {\r
 506         trimAlignment(true);\r
 507       }\r
 508       break;\r
 509 \r
 510     case KeyEvent.VK_R:\r
 511       if (evt.isControlDown())\r
 512       {\r
 513         trimAlignment(false);\r
 514       }\r
 515       break;\r
 516 \r
 517     case KeyEvent.VK_E:\r
 518       if (evt.isControlDown())\r
 519       {\r
 520         if (evt.isShiftDown())\r
 521         {\r
 522           this.removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 523         }\r
 524         else\r
 525         {\r
 526           removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 527         }\r
 528       }\r
 529       break;\r
 530     case KeyEvent.VK_I:\r
 531       if (evt.isControlDown())\r
 532       {\r
 533         if (evt.isAltDown())\r
 534         {\r
 535           invertColSel_actionPerformed();\r
 536         }\r
 537         else\r
 538         {\r
 539           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 540         }\r
 541       }\r
 542       break;\r
 543 \r
 544     case KeyEvent.VK_U:\r
 545       if (evt.isControlDown())\r
 546       {\r
 547         this.deleteGroups_actionPerformed();\r
 548       }\r
 549       break;\r
 550 \r
 551     case KeyEvent.VK_T:\r
 552       if (evt.isControlDown())\r
 553       {\r
 554         newView(null);\r
 555       }\r
 556       break;\r
 557 \r
 558     }\r
 559     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 560   }\r
 561 \r
 562   /**\r
 563    * called by key handler and the hide all/show all menu items\r
 564    *\r
 565    * @param toggleSeqs\r
 566    * @param toggleCols\r
 567    */\r
 568   private void toggleHiddenRegions(boolean toggleSeqs, boolean toggleCols)\r
 569   {\r
 570     boolean hide = false;\r
 571     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 572     if (!toggleSeqs && !toggleCols)\r
 573     {\r
 574       // Hide everything by the current selection - this is a hack - we do the\r
 575       // invert and then hide\r
 576       // first check that there will be visible columns after the invert.\r
 577       if ((viewport.getColumnSelection() != null && viewport.getColumnSelection().getSelected() != null && viewport.getColumnSelection()\r
 578               .getSelected().size() > 0)\r
 579               || (sg != null && sg.getSize() > 0 && sg.getStartRes() <= sg\r
 580                       .getEndRes()))\r
 581       {\r
 582         // now invert the sequence set, if required - empty selection implies\r
 583         // that no hiding is required.\r
 584         if (sg != null)\r
 585         {\r
 586           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 587           sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 588           toggleSeqs = true;\r
 589 \r
 590         }\r
 591         viewport.expandColSelection(sg, true);\r
 592         // finally invert the column selection and get the new sequence\r
 593         // selection and indicate it should be hidden.\r
 594         invertColSel_actionPerformed();\r
 595         toggleCols = true;\r
 596       }\r
 597     }\r
 598 \r
 599     if (toggleSeqs)\r
 600     {\r
 601       if (sg != null && sg.getSize() != viewport.getAlignment().getHeight())\r
 602       {\r
 603         hide = true;\r
 604         viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 605       }\r
 606       else if (!(toggleCols && viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0))\r
 607       {\r
 608         viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 609       }\r
 610     }\r
 611 \r
 612     if (toggleCols)\r
 613     {\r
 614       if (viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
 615       {\r
 616         viewport.hideSelectedColumns();\r
 617         if (!toggleSeqs)\r
 618         {\r
 619           viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 620         }\r
 621       }\r
 622       else if (!hide)\r
 623       {\r
 624         viewport.showAllHiddenColumns();\r
 625       }\r
 626     }\r
 627   }\r
 628 \r
 629   @Override\r
 630   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 631   {\r
 632   }\r
 633 \r
 634   @Override\r
 635   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 636   {\r
 637   }\r
 638 \r
 639   @Override\r
 640   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 641   {\r
 642     if (evt.getSource() == displayNonconservedMenuItem)\r
 643     {\r
 644       displayNonconservedMenuItem_actionPerformed();\r
 645     }\r
 646     else if (evt.getSource() == colourTextMenuItem)\r
 647     {\r
 648       colourTextMenuItem_actionPerformed();\r
 649     }\r
 650     else if (evt.getSource() == wrapMenuItem)\r
 651     {\r
 652       wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 653     }\r
 654     else if (evt.getSource() == scaleAbove)\r
 655     {\r
 656       viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.getState());\r
 657     }\r
 658     else if (evt.getSource() == scaleLeft)\r
 659     {\r
 660       viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.getState());\r
 661     }\r
 662     else if (evt.getSource() == scaleRight)\r
 663     {\r
 664       viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.getState());\r
 665     }\r
 666     else if (evt.getSource() == seqLimits)\r
 667     {\r
 668       seqLimits_itemStateChanged();\r
 669     }\r
 670     else if (evt.getSource() == viewBoxesMenuItem)\r
 671     {\r
 672       viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.getState());\r
 673     }\r
 674     else if (evt.getSource() == viewTextMenuItem)\r
 675     {\r
 676       viewport.setShowText(viewTextMenuItem.getState());\r
 677     }\r
 678     else if (evt.getSource() == renderGapsMenuItem)\r
 679     {\r
 680       viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.getState());\r
 681     }\r
 682     else if (evt.getSource() == annotationPanelMenuItem)\r
 683     {\r
 684       viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 685       alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 686     }\r
 687     else if (evt.getSource() == sequenceFeatures)\r
 688     {\r
 689       viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.getState());\r
 690       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 691     }\r
 692     else if (evt.getSource() == conservationMenuItem)\r
 693     {\r
 694       conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 695     }\r
 696     else if (evt.getSource() == abovePIDThreshold)\r
 697     {\r
 698       abovePIDThreshold_actionPerformed();\r
 699     }\r
 700     else if (evt.getSource() == applyToAllGroups)\r
 701     {\r
 702       viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.getState());\r
 703     }\r
 704     else if (evt.getSource() == autoCalculate)\r
 705     {\r
 706       viewport.autoCalculateConsensus = autoCalculate.getState();\r
 707     }\r
 708     else if (evt.getSource() == sortByTree)\r
 709     {\r
 710       viewport.sortByTree = sortByTree.getState();\r
 711     }\r
 712     else if (evt.getSource() == this.centreColumnLabelFlag)\r
 713     {\r
 714       centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 715     }\r
 716     else if (evt.getSource() == this.followMouseOverFlag)\r
 717     {\r
 718       mouseOverFlag_stateChanged();\r
 719     }\r
 720     else if (evt.getSource() == showGroupConsensus)\r
 721     {\r
 722       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 723     }\r
 724     else if (evt.getSource() == showGroupConservation)\r
 725     {\r
 726       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 727     }\r
 728     else if (evt.getSource() == showSequenceLogo)\r
 729     {\r
 730       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 731     }\r
 732     else if (evt.getSource() == showConsensusHistogram)\r
 733     {\r
 734       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 735     }\r
 736     else if (evt.getSource() == applyAutoAnnotationSettings)\r
 737     {\r
 738       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 739     }\r
 740     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 741   }\r
 742 \r
 743   private void mouseOverFlag_stateChanged()\r
 744   {\r
 745     viewport.followHighlight = followMouseOverFlag.getState();\r
 746     // TODO: could kick the scrollTo mechanism to reset view for current\r
 747     // searchresults.\r
 748   }\r
 749 \r
 750   private void centreColumnLabelFlag_stateChanged()\r
 751   {\r
 752     viewport.centreColumnLabels = centreColumnLabelFlag.getState();\r
 753     this.alignPanel.annotationPanel.repaint();\r
 754   }\r
 755 \r
 756   @Override\r
 757   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 758   {\r
 759     Object source = evt.getSource();\r
 760 \r
 761     if (source == inputText)\r
 762     {\r
 763       inputText_actionPerformed();\r
 764     }\r
 765     else if (source == loadTree)\r
 766     {\r
 767       loadTree_actionPerformed();\r
 768     }\r
 769     else if (source == loadApplication)\r
 770     {\r
 771       launchFullApplication();\r
 772     }\r
 773     else if (source == loadAnnotations)\r
 774     {\r
 775       loadAnnotations();\r
 776     }\r
 777     else if (source == outputAnnotations)\r
 778     {\r
 779       outputAnnotations(true);\r
 780     }\r
 781     else if (source == outputFeatures)\r
 782     {\r
 783       outputFeatures(true, "Jalview");\r
 784     }\r
 785     else if (source == closeMenuItem)\r
 786     {\r
 787       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 788     }\r
 789     else if (source == copy)\r
 790     {\r
 791       copy_actionPerformed();\r
 792     }\r
 793     else if (source == undoMenuItem)\r
 794     {\r
 795       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 796     }\r
 797     else if (source == redoMenuItem)\r
 798     {\r
 799       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 800     }\r
 801     else if (source == inputText)\r
 802     {\r
 803       inputText_actionPerformed();\r
 804     }\r
 805     else if (source == closeMenuItem)\r
 806     {\r
 807       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 808     }\r
 809     else if (source == undoMenuItem)\r
 810     {\r
 811       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 812     }\r
 813     else if (source == redoMenuItem)\r
 814     {\r
 815       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 816     }\r
 817     else if (source == copy)\r
 818     {\r
 819       copy_actionPerformed();\r
 820     }\r
 821     else if (source == pasteNew)\r
 822     {\r
 823       pasteNew_actionPerformed();\r
 824     }\r
 825     else if (source == pasteThis)\r
 826     {\r
 827       pasteThis_actionPerformed();\r
 828     }\r
 829     else if (source == cut)\r
 830     {\r
 831       cut_actionPerformed();\r
 832     }\r
 833     else if (source == delete)\r
 834     {\r
 835       delete_actionPerformed();\r
 836     }\r
 837     else if (source == grpsFromSelection)\r
 838     {\r
 839       makeGrpsFromSelection_actionPerformed();\r
 840     }\r
 841     else if (source == deleteGroups)\r
 842     {\r
 843       deleteGroups_actionPerformed();\r
 844     }\r
 845     else if (source == selectAllSequenceMenuItem)\r
 846     {\r
 847       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 848     }\r
 849     else if (source == deselectAllSequenceMenuItem)\r
 850     {\r
 851       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 852     }\r
 853     else if (source == invertSequenceMenuItem)\r
 854     {\r
 855       invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 856     }\r
 857     else if (source == invertColSel)\r
 858     {\r
 859       viewport.invertColumnSelection();\r
 860       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 861     }\r
 862     else if (source == remove2LeftMenuItem)\r
 863     {\r
 864       trimAlignment(true);\r
 865     }\r
 866     else if (source == remove2RightMenuItem)\r
 867     {\r
 868       trimAlignment(false);\r
 869     }\r
 870     else if (source == removeGappedColumnMenuItem)\r
 871     {\r
 872       removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 873     }\r
 874     else if (source == removeAllGapsMenuItem)\r
 875     {\r
 876       removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 877     }\r
 878     else if (source == findMenuItem)\r
 879     {\r
 880       findMenuItem_actionPerformed();\r
 881     }\r
 882     else if (source == font)\r
 883     {\r
 884       new FontChooser(alignPanel);\r
 885     }\r
 886     else if (source == newView)\r
 887     {\r
 888       newView(null);\r
 889     }\r
 890     else if (source == showColumns)\r
 891     {\r
 892       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 893       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 894     }\r
 895     else if (source == showSeqs)\r
 896     {\r
 897       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 898       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 899     }\r
 900     else if (source == hideColumns)\r
 901     {\r
 902       viewport.hideSelectedColumns();\r
 903       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 904     }\r
 905     else if (source == hideSequences\r
 906             && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 907     {\r
 908       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 909       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 910     }\r
 911     else if (source == hideAllButSelection)\r
 912     {\r
 913       toggleHiddenRegions(false, false);\r
 914       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 915     }\r
 916     else if (source == hideAllSelection)\r
 917     {\r
 918       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 919       viewport.expandColSelection(sg, false);\r
 920       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 921       viewport.hideSelectedColumns();\r
 922       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 923     }\r
 924     else if (source == showAllHidden)\r
 925     {\r
 926       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 927       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 928       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 929     }\r
 930     else if (source == showGroupConsensus)\r
 931     {\r
 932       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 933     }\r
 934     else if (source == showGroupConservation)\r
 935     {\r
 936       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 937     }\r
 938     else if (source == showSequenceLogo)\r
 939     {\r
 940       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 941     }\r
 942     else if (source == showConsensusHistogram)\r
 943     {\r
 944       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 945     }\r
 946     else if (source == applyAutoAnnotationSettings)\r
 947     {\r
 948       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 949     }\r
 950     else if (source == featureSettings)\r
 951     {\r
 952       new FeatureSettings(alignPanel);\r
 953     }\r
 954     else if (source == alProperties)\r
 955     {\r
 956       StringBuffer contents = new jalview.io.AlignmentProperties(\r
 957               viewport.getAlignment()).formatAsString();\r
 958       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
 959       cap.setText(contents.toString());\r
 960       Frame frame = new Frame();\r
 961       frame.add(cap);\r
 962       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Alignment Properties: "\r
 963               + getTitle(), 400, 250);\r
 964     }\r
 965     else if (source == overviewMenuItem)\r
 966     {\r
 967       overviewMenuItem_actionPerformed();\r
 968     }\r
 969     else if (source == noColourmenuItem)\r
 970     {\r
 971       changeColour(null);\r
 972     }\r
 973     else if (source == clustalColour)\r
 974     {\r
 975       abovePIDThreshold.setState(false);\r
 976       changeColour(new ClustalxColourScheme(viewport.getAlignment(),null));\r
 977     }\r
 978     else if (source == zappoColour)\r
 979     {\r
 980       changeColour(new ZappoColourScheme());\r
 981     }\r
 982     else if (source == taylorColour)\r
 983     {\r
 984       changeColour(new TaylorColourScheme());\r
 985     }\r
 986     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 987     {\r
 988       changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
 989     }\r
 990     else if (source == helixColour)\r
 991     {\r
 992       changeColour(new HelixColourScheme());\r
 993     }\r
 994     else if (source == strandColour)\r
 995     {\r
 996       changeColour(new StrandColourScheme());\r
 997     }\r
 998     else if (source == turnColour)\r
 999     {\r
1000       changeColour(new TurnColourScheme());\r
1001     }\r
1002     else if (source == buriedColour)\r
1003     {\r
1004       changeColour(new BuriedColourScheme());\r
1005     }\r
1006     else if (source == nucleotideColour)\r
1007     {\r
1008       changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
1009     }\r
1010     else if (source == purinePyrimidineColour)\r
1011     {\r
1012       changeColour(new PurinePyrimidineColourScheme());\r
1013     }\r
1014     else if (source == RNAInteractionColour)\r
1015     {\r
1016       changeColour(new RNAInteractionColourScheme());\r
1017     }\r
1018     else if (source == RNAHelixColour)\r
1019     {\r
1020       new RNAHelicesColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1021     }\r
1022     else if (source == modifyPID)\r
1023     {\r
1024       modifyPID_actionPerformed();\r
1025     }\r
1026     else if (source == modifyConservation)\r
1027     {\r
1028       modifyConservation_actionPerformed();\r
1029     }\r
1030     else if (source == userDefinedColour)\r
1031     {\r
1032       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
1033     }\r
1034     else if (source == PIDColour)\r
1035     {\r
1036       changeColour(new PIDColourScheme());\r
1037     }\r
1038     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
1039     {\r
1040       changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
1041     }\r
1042     else if (source == tcoffeeColour) {\r
1043         changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
1044     }\r
1045     else if (source == annotationColour)\r
1046     {\r
1047       new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1048     }\r
1049     else if (source == sortPairwiseMenuItem)\r
1050     {\r
1051       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
1052     }\r
1053     else if (source == sortIDMenuItem)\r
1054     {\r
1055       sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
1056     }\r
1057     else if (source == sortLengthMenuItem)\r
1058     {\r
1059       sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
1060     }\r
1061     else if (source == sortGroupMenuItem)\r
1062     {\r
1063       sortGroupMenuItem_actionPerformed();\r
1064     }\r
1065     else if (source == removeRedundancyMenuItem)\r
1066     {\r
1067       removeRedundancyMenuItem_actionPerformed();\r
1068     }\r
1069     else if (source == pairwiseAlignmentMenuItem)\r
1070     {\r
1071       pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed();\r
1072     }\r
1073     else if (source == PCAMenuItem)\r
1074     {\r
1075       PCAMenuItem_actionPerformed();\r
1076     }\r
1077     else if (source == averageDistanceTreeMenuItem)\r
1078     {\r
1079       averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1080     }\r
1081     else if (source == neighbourTreeMenuItem)\r
1082     {\r
1083       neighbourTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1084     }\r
1085     else if (source == njTreeBlosumMenuItem)\r
1086     {\r
1087       njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1088     }\r
1089     else if (source == avDistanceTreeBlosumMenuItem)\r
1090     {\r
1091       avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1092     }\r
1093     else if (source == documentation)\r
1094     {\r
1095       documentation_actionPerformed();\r
1096     }\r
1097     else if (source == about)\r
1098     {\r
1099       about_actionPerformed();\r
1100     }\r
1101 \r
1102   }\r
1103 \r
1104   public void inputText_actionPerformed()\r
1105   {\r
1106     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1107     Frame frame = new Frame();\r
1108     frame.add(cap);\r
1109     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Cut & Paste Input", 500, 500);\r
1110   }\r
1111 \r
1112   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1113   {\r
1114     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1115     Frame frame = new Frame();\r
1116     frame.add(cap);\r
1117     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
1118             "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);\r
1119     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
1120             e.getActionCommand(), viewport.getAlignment(),\r
1121             viewport.showJVSuffix));\r
1122   }\r
1123 \r
1124   public void loadAnnotations()\r
1125   {\r
1126     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1127     cap.setText("Paste your features / annotations / T-coffee score file here.");\r
1128     cap.setAnnotationImport();\r
1129     Frame frame = new Frame();\r
1130     frame.add(cap);\r
1131     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Annotations ", 400, 300);\r
1132 \r
1133   }\r
1134 \r
1135   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)\r
1136   {\r
1137     String annotation = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
1138             viewport.showAnnotation ? viewport.getAlignment()\r
1139                     .getAlignmentAnnotation() : null, viewport.getAlignment()\r
1140                     .getGroups(),\r
1141             ((Alignment) viewport.getAlignment()).alignmentProperties);\r
1142 \r
1143     if (displayTextbox)\r
1144     {\r
1145       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
1146       Frame frame = new Frame();\r
1147       frame.add(cap);\r
1148       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Annotations", 600, 500);\r
1149       cap.setText(annotation);\r
1150     }\r
1151 \r
1152     return annotation;\r
1153   }\r
1154 \r
1155   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
1156   {\r
1157     if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null && viewport.featuresDisplayed!=null)\r
1158     {\r
1159       FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();\r
1160       Hashtable fcols = new Hashtable();\r
1161       Enumeration en = viewport.featuresDisplayed.keys();\r
1162       while (en.hasMoreElements())\r
1163       {\r
1164         Object col = en.nextElement();\r
1165         fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));\r
1166       }\r
1167       return fcols;\r
1168     }\r
1169     return null;\r
1170   }\r
1171 \r
1172   public String outputFeatures(boolean displayTextbox, String format)\r
1173   {\r
1174     String features;\r
1175     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
1176     {\r
1177       features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
1178               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1179               getDisplayedFeatureCols());\r
1180     }\r
1181     else\r
1182     {\r
1183       features = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
1184               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1185               getDisplayedFeatureCols());\r
1186     }\r
1187 \r
1188     if (displayTextbox)\r
1189     {\r
1190       boolean frimport=false;\r
1191       if (features==null || features.equals("No Features Visible"))\r
1192       {\r
1193         features = "# No features visible - paste some and import them here.";\r
1194         frimport=true;\r
1195       }\r
1196 \r
1197       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(frimport, this);\r
1198       if (frimport)\r
1199       {\r
1200         cap.setAnnotationImport();\r
1201       }\r
1202       Frame frame = new Frame();\r
1203       frame.add(cap);\r
1204       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Features", 600, 500);\r
1205       cap.setText(features);\r
1206     } else {\r
1207       if (features==null)\r
1208         features = "";\r
1209     }\r
1210 \r
1211     return features;\r
1212   }\r
1213 \r
1214   void launchFullApplication()\r
1215   {\r
1216     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);\r
1217 \r
1218     url.append("?open="\r
1219             + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));\r
1220 \r
1221     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)\r
1222     {\r
1223       url.append("&features=");\r
1224       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("features")));\r
1225     }\r
1226 \r
1227     if (viewport.applet.getParameter("annotations") != null)\r
1228     {\r
1229       url.append("&annotations=");\r
1230       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("annotations")));\r
1231     }\r
1232 \r
1233     if (viewport.applet.getParameter("jnetfile") != null)\r
1234     {\r
1235       url.append("&annotations=");\r
1236       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("jnetfile")));\r
1237     }\r
1238 \r
1239     if (viewport.applet.getParameter("defaultColour") != null)\r
1240     {\r
1241       url.append("&colour="\r
1242               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1243                       .getParameter("defaultColour")));\r
1244     }\r
1245 \r
1246     if (viewport.applet.getParameter("userDefinedColour") != null)\r
1247     {\r
1248       url.append("&colour="\r
1249               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1250                       .getParameter("userDefinedColour")));\r
1251     }\r
1252     if (viewport.applet.getParameter("tree") != null)\r
1253     {\r
1254       url.append("&tree="\r
1255               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("tree")));\r
1256     }\r
1257     if (viewport.applet.getParameter("treeFile") != null)\r
1258     {\r
1259       url.append("&tree="\r
1260               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("treeFile")));\r
1261     }\r
1262 \r
1263     showURL(url.toString(), "FULL_APP");\r
1264   }\r
1265 \r
1266   String removeWhiteSpace(String colour)\r
1267   {\r
1268     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
1269     for (int i = 0; i < colour.length(); i++)\r
1270     {\r
1271       if (Character.isWhitespace(colour.charAt(i)))\r
1272       {\r
1273         sb.append("%20");\r
1274       }\r
1275       else\r
1276       {\r
1277         sb.append(colour.charAt(i));\r
1278       }\r
1279     }\r
1280 \r
1281     return sb.toString();\r
1282   }\r
1283 \r
1284   String appendProtocol(String url)\r
1285   {\r
1286     try\r
1287     {\r
1288       new URL(url);\r
1289       url = URLEncoder.encode(url);\r
1290     }\r
1291     /*\r
1292      * When we finally deprecate 1.1 compatibility, we can start to use\r
1293      * URLEncoder.encode(url,"UTF-8") and then we'll need this catch: catch\r
1294      * (UnsupportedEncodingException ex) { System.err.println("WARNING -\r
1295      * IMPLEMENTATION ERROR - UNSUPPORTED ENCODING EXCEPTION FOR "+url);\r
1296      * ex.printStackTrace(); }\r
1297      */\r
1298     catch (java.net.MalformedURLException ex)\r
1299     {\r
1300       url = viewport.applet.getCodeBase() + url;\r
1301     }\r
1302     return url;\r
1303   }\r
1304 \r
1305   public void closeMenuItem_actionPerformed()\r
1306   {\r
1307     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);\r
1308     if (alignPanel.seqPanel!=null && alignPanel.seqPanel.seqCanvas!=null)\r
1309     {\r
1310       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
1311     }\r
1312     if (alignPanel.idPanel!=null && alignPanel.idPanel.idCanvas!=null) {\r
1313       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
1314     }\r
1315 \r
1316     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)\r
1317     {\r
1318       System.exit(0);\r
1319     } else {\r
1320     }\r
1321     viewport = null;\r
1322     alignPanel = null;\r
1323     this.dispose();\r
1324   }\r
1325 \r
1326   /**\r
1327    * TODO: JAL-1104\r
1328    */\r
1329   void updateEditMenuBar()\r
1330   {\r
1331 \r
1332     if (viewport.historyList.size() > 0)\r
1333     {\r
1334       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
1335       CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.peek();\r
1336       undoMenuItem.setLabel("Undo " + command.getDescription());\r
1337     }\r
1338     else\r
1339     {\r
1340       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
1341       undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
1342     }\r
1343 \r
1344     if (viewport.redoList.size() > 0)\r
1345     {\r
1346       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
1347 \r
1348       CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.peek();\r
1349       redoMenuItem.setLabel("Redo " + command.getDescription());\r
1350     }\r
1351     else\r
1352     {\r
1353       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
1354       redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
1355     }\r
1356   }\r
1357 \r
1358   /**\r
1359    * TODO: JAL-1104\r
1360    */\r
1361   public void addHistoryItem(CommandI command)\r
1362   {\r
1363     if (command.getSize() > 0)\r
1364     {\r
1365       viewport.historyList.push(command);\r
1366       viewport.redoList.removeAllElements();\r
1367       updateEditMenuBar();\r
1368       viewport.updateHiddenColumns();\r
1369     }\r
1370   }\r
1371 \r
1372   /**\r
1373    * TODO: JAL-1104\r
1374    * DOCUMENT ME!\r
1375    *\r
1376    * @param e\r
1377    *          DOCUMENT ME!\r
1378    */\r
1379   protected void undoMenuItem_actionPerformed()\r
1380   {\r
1381     if (viewport.historyList.size() < 1)\r
1382     {\r
1383       return;\r
1384     }\r
1385 \r
1386     CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.pop();\r
1387     viewport.redoList.push(command);\r
1388     command.undoCommand(null);\r
1389 \r
1390     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1391     // JBPNote Test\r
1392     if (originalSource!=viewport) {\r
1393       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst undoing");\r
1394     }\r
1395     originalSource.updateHiddenColumns(); //    originalSource.hasHiddenColumns = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1396     updateEditMenuBar();\r
1397     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1398             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1399   }\r
1400 \r
1401   /**\r
1402    * TODO: JAL-1104\r
1403    * DOCUMENT ME!\r
1404    *\r
1405    * @param e\r
1406    *          DOCUMENT ME!\r
1407    */\r
1408   protected void redoMenuItem_actionPerformed()\r
1409   {\r
1410     if (viewport.redoList.size() < 1)\r
1411     {\r
1412       return;\r
1413     }\r
1414 \r
1415     CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.pop();\r
1416     viewport.historyList.push(command);\r
1417     command.doCommand(null);\r
1418 \r
1419     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1420     // JBPNote Test\r
1421     if (originalSource!=viewport) {\r
1422       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst re-doing");\r
1423     }\r
1424     originalSource.updateHiddenColumns(); //sethasHiddenColumns(); = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1425 \r
1426     updateEditMenuBar();\r
1427     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1428             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1429   }\r
1430 \r
1431   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
1432   {\r
1433     AlignViewport originalSource = null;\r
1434     // For sequence removal and addition, we need to fire\r
1435     // the property change event FROM the viewport where the\r
1436     // original alignment was altered\r
1437     AlignmentI al = null;\r
1438     if (command instanceof EditCommand)\r
1439     {\r
1440       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;\r
1441       al = editCommand.getAlignment();\r
1442       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
1443               .getSequenceSetId());\r
1444       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1445       {\r
1446         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1447         {\r
1448           if (al == ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.getAlignment())\r
1449           {\r
1450             originalSource = ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;\r
1451             break;\r
1452           }\r
1453         }\r
1454       }\r
1455     }\r
1456 \r
1457     if (originalSource == null)\r
1458     {\r
1459       // The original view is closed, we must validate\r
1460       // the current view against the closed view first\r
1461       if (al != null)\r
1462       {\r
1463         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.getAlignment());\r
1464       }\r
1465 \r
1466       originalSource = viewport;\r
1467     }\r
1468 \r
1469     return originalSource;\r
1470   }\r
1471 \r
1472   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
1473   {\r
1474     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1475     if (sg == null)\r
1476     {\r
1477       return;\r
1478     }\r
1479     viewport.getAlignment().moveSelectedSequencesByOne(sg, up ? null : viewport.getHiddenRepSequences(), up);\r
1480     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1481   }\r
1482 \r
1483   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
1484   {\r
1485     List<SequenceI>sg = new Vector<SequenceI>();\r
1486     if (viewport.cursorMode)\r
1487     {\r
1488       sg.add(viewport.getAlignment()\r
1489               .getSequenceAt(alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
1490     }\r
1491     else if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1492             && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport.getAlignment()\r
1493                     .getHeight())\r
1494     {\r
1495       sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
1496               viewport.getHiddenRepSequences());\r
1497     }\r
1498 \r
1499     if (sg.size() < 1)\r
1500     {\r
1501       return;\r
1502     }\r
1503 \r
1504     Vector<SequenceI> invertGroup = new Vector();\r
1505 \r
1506     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1507     {\r
1508       if (!sg.contains(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
1509         invertGroup.addElement(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
1510     }\r
1511 \r
1512     SequenceI[] seqs1 = sg.toArray(new SequenceI[sg.size()]);\r
1513 \r
1514     SequenceI[] seqs2 = invertGroup.toArray(new SequenceI[invertGroup.size()]);\r
1515     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
1516       seqs2[i] = invertGroup.elementAt(i);\r
1517 \r
1518     SlideSequencesCommand ssc;\r
1519     if (right)\r
1520       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs2, seqs1,\r
1521               size, viewport.getGapCharacter());\r
1522     else\r
1523       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs1, seqs2,\r
1524               size, viewport.getGapCharacter());\r
1525 \r
1526     int groupAdjustment = 0;\r
1527     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)\r
1528     {\r
1529       if (viewport.cursorMode)\r
1530         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);\r
1531       else\r
1532         groupAdjustment = size;\r
1533     }\r
1534     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)\r
1535     {\r
1536       if (viewport.cursorMode)\r
1537         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-size, 0);\r
1538       else\r
1539         groupAdjustment = -size;\r
1540     }\r
1541 \r
1542     if (groupAdjustment != 0)\r
1543     {\r
1544       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(\r
1545               viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);\r
1546       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(\r
1547               viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);\r
1548     }\r
1549 \r
1550     boolean appendHistoryItem = false;\r
1551     if (viewport.historyList != null && viewport.historyList.size() > 0\r
1552             && viewport.historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)\r
1553     {\r
1554       appendHistoryItem = ssc\r
1555               .appendSlideCommand((SlideSequencesCommand) viewport.historyList\r
1556                       .peek());\r
1557     }\r
1558 \r
1559     if (!appendHistoryItem)\r
1560       addHistoryItem(ssc);\r
1561 \r
1562     repaint();\r
1563   }\r
1564 \r
1565   static StringBuffer copiedSequences;\r
1566 \r
1567   static Vector copiedHiddenColumns;\r
1568 \r
1569   protected void copy_actionPerformed()\r
1570   {\r
1571     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
1572     {\r
1573       return;\r
1574     }\r
1575 \r
1576     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1577     copiedSequences = new StringBuffer();\r
1578     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
1579     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1580     {\r
1581       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1582       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
1583       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
1584     }\r
1585 \r
1586     int index = 0, startRes, endRes;\r
1587     char ch;\r
1588 \r
1589     if (viewport.hasHiddenColumns() && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1590     {\r
1591       copiedHiddenColumns = new Vector();\r
1592       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1593       for (int i = 0; i < viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1594               .size(); i++)\r
1595       {\r
1596         int[] region = (int[]) viewport.getColumnSelection()\r
1597                 .getHiddenColumns().elementAt(i);\r
1598 \r
1599         copiedHiddenColumns.addElement(new int[]\r
1600         { region[0] - hiddenOffset, region[1] - hiddenOffset });\r
1601       }\r
1602     }\r
1603     else\r
1604     {\r
1605       copiedHiddenColumns = null;\r
1606     }\r
1607 \r
1608     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1609     {\r
1610       SequenceI seq = null;\r
1611 \r
1612       while (seq == null)\r
1613       {\r
1614         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
1615         {\r
1616           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
1617           index++;\r
1618 \r
1619           break;\r
1620         }\r
1621         else\r
1622         {\r
1623           index++;\r
1624         }\r
1625       }\r
1626 \r
1627       // FIND START RES\r
1628       // Returns residue following index if gap\r
1629       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
1630 \r
1631       // FIND END RES\r
1632       // Need to find the residue preceeding index if gap\r
1633       endRes = 0;\r
1634 \r
1635       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
1636       {\r
1637         ch = seq.getCharAt(j);\r
1638         if (!jalview.util.Comparison.isGap((ch)))\r
1639         {\r
1640           endRes++;\r
1641         }\r
1642       }\r
1643 \r
1644       if (endRes > 0)\r
1645       {\r
1646         endRes += seq.getStart() - 1;\r
1647       }\r
1648 \r
1649       copiedSequences.append(seq.getName()\r
1650               + "\t"\r
1651               + startRes\r
1652               + "\t"\r
1653               + endRes\r
1654               + "\t"\r
1655               + seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),\r
1656                       sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
1657     }\r
1658 \r
1659   }\r
1660 \r
1661   protected void pasteNew_actionPerformed()\r
1662   {\r
1663     paste(true);\r
1664   }\r
1665 \r
1666   protected void pasteThis_actionPerformed()\r
1667   {\r
1668     paste(false);\r
1669   }\r
1670 \r
1671   void paste(boolean newAlignment)\r
1672   {\r
1673     try\r
1674     {\r
1675 \r
1676       if (copiedSequences == null)\r
1677       {\r
1678         return;\r
1679       }\r
1680 \r
1681       StringTokenizer st = new StringTokenizer(copiedSequences.toString());\r
1682       Vector seqs = new Vector();\r
1683       while (st.hasMoreElements())\r
1684       {\r
1685         String name = st.nextToken();\r
1686         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1687         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1688         seqs.addElement(new Sequence(name, st.nextToken(), start, end));\r
1689       }\r
1690       SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
1691       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1692       {\r
1693         newSeqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1694       }\r
1695 \r
1696       if (newAlignment)\r
1697       {\r
1698         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
1699         if (getTitle().startsWith("Copied sequences"))\r
1700         {\r
1701           newtitle = getTitle();\r
1702         }\r
1703         else\r
1704         {\r
1705           newtitle = newtitle.concat("- from " + getTitle());\r
1706         }\r
1707         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs),\r
1708                 viewport.applet, newtitle, false);\r
1709         if (copiedHiddenColumns != null)\r
1710         {\r
1711           for (int i = 0; i < copiedHiddenColumns.size(); i++)\r
1712           {\r
1713             int[] region = (int[]) copiedHiddenColumns.elementAt(i);\r
1714             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);\r
1715           }\r
1716         }\r
1717 \r
1718         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, newtitle, DEFAULT_WIDTH,\r
1719                 DEFAULT_HEIGHT);\r
1720       }\r
1721       else\r
1722       {\r
1723         addSequences(newSeqs);\r
1724       }\r
1725 \r
1726     } catch (Exception ex)\r
1727     {\r
1728     } // could be anything being pasted in here\r
1729 \r
1730   }\r
1731 \r
1732   void addSequences(SequenceI[] seqs)\r
1733   {\r
1734     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
1735     {\r
1736       viewport.getAlignment().addSequence(seqs[i]);\r
1737     }\r
1738 \r
1739     // !newAlignment\r
1740     addHistoryItem(new EditCommand("Add sequences", EditCommand.PASTE,\r
1741             seqs, 0, viewport.getAlignment().getWidth(), viewport.getAlignment()));\r
1742 \r
1743     viewport.setEndSeq(viewport.getAlignment().getHeight());\r
1744     viewport.getAlignment().getWidth();\r
1745     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1746             viewport.getAlignment().getSequences());\r
1747 \r
1748   }\r
1749 \r
1750   protected void cut_actionPerformed()\r
1751   {\r
1752     copy_actionPerformed();\r
1753     delete_actionPerformed();\r
1754   }\r
1755 \r
1756   protected void delete_actionPerformed()\r
1757   {\r
1758 \r
1759     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1760     if (sg == null)\r
1761     {\r
1762       return;\r
1763     }\r
1764 \r
1765     Vector seqs = new Vector();\r
1766     SequenceI seq;\r
1767     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1768     {\r
1769       seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1770       seqs.addElement(seq);\r
1771     }\r
1772 \r
1773     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
1774     if (sg.getSize() == viewport.getAlignment().getHeight())\r
1775     {\r
1776       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
1777               sg.getEndRes() + 1);\r
1778     }\r
1779 \r
1780     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];\r
1781     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1782     {\r
1783       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1784     }\r
1785 \r
1786     /*\r
1787      * //ADD HISTORY ITEM\r
1788      */\r
1789     addHistoryItem(new EditCommand("Cut Sequences", EditCommand.CUT, cut,\r
1790             sg.getStartRes(), sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,\r
1791             viewport.getAlignment()));\r
1792 \r
1793     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1794     viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
1795 \r
1796     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1797             .getSequences());\r
1798 \r
1799     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
1800     {\r
1801       this.setVisible(false);\r
1802     }\r
1803     viewport.sendSelection();\r
1804   }\r
1805 \r
1806   /**\r
1807    * group consensus toggled\r
1808    *\r
1809    */\r
1810   protected void showGroupConsensus_actionPerformed()\r
1811   {\r
1812     viewport.setShowGroupConsensus(showGroupConsensus.getState());\r
1813     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1814 \r
1815   }\r
1816 \r
1817   /**\r
1818    * group conservation toggled.\r
1819    */\r
1820   protected void showGroupConservation_actionPerformed()\r
1821   {\r
1822     viewport.setShowGroupConservation(showGroupConservation.getState());\r
1823     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1824   }\r
1825 \r
1826   /*\r
1827    * (non-Javadoc)\r
1828    *\r
1829    * @see\r
1830    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusHistogram_actionPerformed(java.awt\r
1831    * .event.ActionEvent)\r
1832    */\r
1833   protected void showConsensusHistogram_actionPerformed()\r
1834   {\r
1835     viewport.setShowConsensusHistogram(showConsensusHistogram.getState());\r
1836     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1837   }\r
1838   /*\r
1839    * (non-Javadoc)\r
1840    *\r
1841    * @see\r
1842    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusProfile_actionPerformed(java.awt\r
1843    * .event.ActionEvent)\r
1844    */\r
1845   protected void showSequenceLogo_actionPerformed()\r
1846   {\r
1847     viewport.setShowSequenceLogo(showSequenceLogo.getState());\r
1848     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1849   }\r
1850 \r
1851   protected void applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed()\r
1852   {\r
1853     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1854   }\r
1855 \r
1856   protected void makeGrpsFromSelection_actionPerformed()\r
1857   {\r
1858     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1859     {\r
1860       SequenceGroup[] gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(\r
1861               viewport.getSequenceSelection(),\r
1862               viewport.getAlignmentView(true).getSequenceStrings(\r
1863                       viewport.getGapCharacter()),\r
1864               viewport.getAlignment().getGroups());\r
1865       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1866       viewport.sequenceColours = null;\r
1867       viewport.setSelectionGroup(null);\r
1868       // set view properties for each group\r
1869       for (int g = 0; g < gps.length; g++)\r
1870       {\r
1871         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());\r
1872         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());\r
1873         viewport.getAlignment().addGroup(gps[g]);\r
1874         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),\r
1875                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));\r
1876         col = col.brighter();\r
1877         for (SequenceI sq : gps[g].getSequences(null))\r
1878           viewport.setSequenceColour(\r
1879                 sq, col)\r
1880           ;\r
1881       }\r
1882       PaintRefresher.Refresh(this, viewport.getSequenceSetId());\r
1883       alignPanel.updateAnnotation();\r
1884       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1885     }\r
1886   }\r
1887 \r
1888   protected void deleteGroups_actionPerformed()\r
1889   {\r
1890     viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1891     viewport.sequenceColours = null;\r
1892     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1893 \r
1894     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1895   }\r
1896 \r
1897   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1898   {\r
1899     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1900     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1901     {\r
1902       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1903     }\r
1904     sg.setEndRes(viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
1905     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
1906     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1907     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1908     viewport.sendSelection();\r
1909   }\r
1910 \r
1911   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1912   {\r
1913     if (viewport.cursorMode)\r
1914     {\r
1915       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;\r
1916       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;\r
1917     }\r
1918     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1919     viewport.getColumnSelection().clear();\r
1920     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1921     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
1922     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1923     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1924     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1925     viewport.sendSelection();\r
1926   }\r
1927 \r
1928   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1929   {\r
1930     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1931     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1932     {\r
1933       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1934     }\r
1935 \r
1936     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1937     viewport.sendSelection();\r
1938   }\r
1939 \r
1940   public void invertColSel_actionPerformed()\r
1941   {\r
1942     viewport.invertColumnSelection();\r
1943     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1944     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1945     viewport.sendSelection();\r
1946   }\r
1947 \r
1948   void trimAlignment(boolean trimLeft)\r
1949   {\r
1950     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
1951     int column;\r
1952 \r
1953     if (colSel.size() > 0)\r
1954     {\r
1955       if (trimLeft)\r
1956       {\r
1957         column = colSel.getMin();\r
1958       }\r
1959       else\r
1960       {\r
1961         column = colSel.getMax();\r
1962       }\r
1963 \r
1964       SequenceI[] seqs;\r
1965       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1966       {\r
1967         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
1968                 viewport.getHiddenRepSequences());\r
1969       }\r
1970       else\r
1971       {\r
1972         seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
1973       }\r
1974 \r
1975       TrimRegionCommand trimRegion;\r
1976       if (trimLeft)\r
1977       {\r
1978         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",\r
1979                 TrimRegionCommand.TRIM_LEFT, seqs, column,\r
1980                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
1981                 viewport.getSelectionGroup());\r
1982         viewport.setStartRes(0);\r
1983       }\r
1984       else\r
1985       {\r
1986         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",\r
1987                 TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT, seqs, column,\r
1988                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
1989                 viewport.getSelectionGroup());\r
1990       }\r
1991 \r
1992       statusBar.setText("Removed " + trimRegion.getSize() + " columns.");\r
1993 \r
1994       addHistoryItem(trimRegion);\r
1995 \r
1996 \r
1997 \r
1998       for (SequenceGroup sg:viewport.getAlignment().getGroups())\r
1999       {\r
2000         if ((trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
2001                 || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
2002         {\r
2003           viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
2004         }\r
2005       }\r
2006 \r
2007       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
2008               .getAlignment().getSequences());\r
2009     }\r
2010   }\r
2011 \r
2012   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed()\r
2013   {\r
2014     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2015 \r
2016     SequenceI[] seqs;\r
2017     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2018     {\r
2019       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2020               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2021       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2022       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2023     }\r
2024     else\r
2025     {\r
2026       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2027     }\r
2028 \r
2029     RemoveGapColCommand removeGapCols = new RemoveGapColCommand(\r
2030             "Remove Gapped Columns", seqs, start, end, viewport.getAlignment());\r
2031 \r
2032     addHistoryItem(removeGapCols);\r
2033 \r
2034     statusBar.setText("Removed " + removeGapCols.getSize()\r
2035             + " empty columns.");\r
2036 \r
2037     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2038     // of first sequence\r
2039     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2040     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2041     // ShiftList shifts;\r
2042     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());\r
2043     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();\r
2044     // if (viewport.hasHiddenColumns)\r
2045     // viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);\r
2046     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2047     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2048             .getSequences());\r
2049 \r
2050   }\r
2051 \r
2052   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed()\r
2053   {\r
2054     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2055 \r
2056     SequenceI[] seqs;\r
2057     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2058     {\r
2059       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2060               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2061       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2062       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2063     }\r
2064     else\r
2065     {\r
2066       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2067     }\r
2068 \r
2069     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2070     // of first sequence\r
2071     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2072     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2073 \r
2074     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps", seqs, start, end,\r
2075             viewport.getAlignment()));\r
2076 \r
2077     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2078 \r
2079     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2080             .getSequences());\r
2081 \r
2082   }\r
2083 \r
2084   public void findMenuItem_actionPerformed()\r
2085   {\r
2086     new Finder(alignPanel);\r
2087   }\r
2088 \r
2089   /**\r
2090    * create a new view derived from the current view\r
2091    *\r
2092    * @param viewtitle\r
2093    * @return frame for the new view\r
2094    */\r
2095   public AlignFrame newView(String viewtitle)\r
2096   {\r
2097     AlignmentI newal;\r
2098     if (viewport.hasHiddenRows())\r
2099     {\r
2100       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getHiddenSequences()\r
2101               .getFullAlignment().getSequencesArray());\r
2102     }\r
2103     else\r
2104     {\r
2105       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getSequencesArray());\r
2106     }\r
2107 \r
2108     if (viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation() != null)\r
2109     {\r
2110       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
2111       {\r
2112         if (!viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)\r
2113         {\r
2114           newal.addAnnotation(viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i]);\r
2115         }\r
2116       }\r
2117     }\r
2118 \r
2119     AlignFrame newaf = new AlignFrame(newal, viewport.applet, "", false);\r
2120 \r
2121     newaf.viewport.setSequenceSetId(alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2122     PaintRefresher.Register(alignPanel, alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2123     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel,\r
2124             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2125 \r
2126     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.idPanel.idCanvas,\r
2127             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2128     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.seqPanel.seqCanvas,\r
2129             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2130 \r
2131     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
2132             .getSequenceSetId());\r
2133     int viewSize = -1;\r
2134     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
2135     {\r
2136       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
2137       {\r
2138         viewSize++;\r
2139       }\r
2140     }\r
2141 \r
2142     String title = new String(this.getTitle());\r
2143     if (viewtitle != null)\r
2144     {\r
2145       title = viewtitle + " ( " + title + ")";\r
2146     }\r
2147     else\r
2148     {\r
2149       if (title.indexOf("(View") > -1)\r
2150       {\r
2151         title = title.substring(0, title.indexOf("(View"));\r
2152       }\r
2153       title += "(View " + viewSize + ")";\r
2154     }\r
2155 \r
2156     newaf.setTitle(title.toString());\r
2157 \r
2158     newaf.viewport.historyList = viewport.historyList;\r
2159     newaf.viewport.redoList = viewport.redoList;\r
2160     return newaf;\r
2161   }\r
2162 \r
2163   /**\r
2164    *\r
2165    * @return list of feature groups on the view\r
2166    */\r
2167   public String[] getFeatureGroups()\r
2168   {\r
2169     FeatureRenderer fr = null;\r
2170     if (alignPanel != null\r
2171             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2172     {\r
2173       return fr.getGroups();\r
2174     }\r
2175     return null;\r
2176   }\r
2177 \r
2178   /**\r
2179    * get sequence feature groups that are hidden or shown\r
2180    *\r
2181    * @param visible\r
2182    *          true is visible\r
2183    * @return list\r
2184    */\r
2185   public String[] getFeatureGroupsOfState(boolean visible)\r
2186   {\r
2187     FeatureRenderer fr = null;\r
2188     if (alignPanel != null\r
2189             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2190     {\r
2191       return fr.getGroups(visible);\r
2192     }\r
2193     return null;\r
2194   }\r
2195 \r
2196   /**\r
2197    * Change the display state for the given feature groups\r
2198    *\r
2199    * @param groups\r
2200    *          list of group strings\r
2201    * @param state\r
2202    *          visible or invisible\r
2203    */\r
2204   public void setFeatureGroupState(String[] groups, boolean state)\r
2205   {\r
2206     FeatureRenderer fr = null;\r
2207     this.sequenceFeatures.setState(true);\r
2208     viewport.showSequenceFeatures(true);\r
2209     if (alignPanel != null\r
2210             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2211     {\r
2212       fr.setGroupState(groups, state);\r
2213       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
2214       if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2215       {\r
2216         alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
2217       }\r
2218     }\r
2219   }\r
2220 \r
2221   public void seqLimits_itemStateChanged()\r
2222   {\r
2223     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.getState());\r
2224     alignPanel.fontChanged();\r
2225     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2226   }\r
2227 \r
2228   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed()\r
2229   {\r
2230     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.getState());\r
2231     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2232   }\r
2233 \r
2234   protected void displayNonconservedMenuItem_actionPerformed()\r
2235   {\r
2236     viewport.setShowunconserved(displayNonconservedMenuItem.getState());\r
2237     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2238   }\r
2239 \r
2240   protected void wrapMenuItem_actionPerformed()\r
2241   {\r
2242     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2243     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2244     scaleAbove.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2245     scaleLeft.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2246     scaleRight.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2247     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2248   }\r
2249 \r
2250   public void overviewMenuItem_actionPerformed()\r
2251   {\r
2252     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2253     {\r
2254       return;\r
2255     }\r
2256 \r
2257     Frame frame = new Frame();\r
2258     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
2259     frame.add(overview);\r
2260     // +50 must allow for applet frame window\r
2261     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
2262             overview.getPreferredSize().width,\r
2263             overview.getPreferredSize().height + 50);\r
2264 \r
2265     frame.pack();\r
2266     final AlignmentPanel ap=alignPanel;\r
2267     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2268     {\r
2269       @Override\r
2270       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2271       {\r
2272         if (ap!=null) {\r
2273           ap.setOverviewPanel(null);\r
2274         }\r
2275       };\r
2276     });\r
2277 \r
2278     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
2279 \r
2280   }\r
2281 \r
2282   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
2283   {\r
2284     int threshold = 0;\r
2285 \r
2286     if (cs != null)\r
2287     {\r
2288       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
2289       {\r
2290         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
2291                 "Background");\r
2292 \r
2293         cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2294 \r
2295         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2296       }\r
2297       else\r
2298       {\r
2299         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2300       }\r
2301 \r
2302       if (viewport.getConservationSelected())\r
2303       {\r
2304 \r
2305         Alignment al = (Alignment) viewport.getAlignment();\r
2306         Conservation c = new Conservation("All",\r
2307                 ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
2308                 al.getWidth() - 1);\r
2309 \r
2310         c.calculate();\r
2311         c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
2312 \r
2313         cs.setConservation(c);\r
2314 \r
2315         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2316                 cs, "Background"));\r
2317 \r
2318       }\r
2319       else\r
2320       {\r
2321         cs.setConservation(null);\r
2322       }\r
2323 \r
2324       cs.setConsensus(viewport.getSequenceConsensusHash());\r
2325 \r
2326     }\r
2327     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2328 \r
2329 \r
2330     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
2331     {\r
2332       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
2333     }\r
2334 \r
2335     jalview.structure.StructureSelectionManager\r
2336             .getStructureSelectionManager(viewport.applet).sequenceColoursChanged(\r
2337                     alignPanel);\r
2338 \r
2339     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2340   }\r
2341 \r
2342   protected void modifyPID_actionPerformed()\r
2343   {\r
2344     if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2345             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2346     {\r
2347       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
2348               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2349       SliderPanel.showPIDSlider();\r
2350     }\r
2351   }\r
2352 \r
2353   protected void modifyConservation_actionPerformed()\r
2354   {\r
2355     if (viewport.getConservationSelected()\r
2356             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2357     {\r
2358       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2359               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2360       SliderPanel.showConservationSlider();\r
2361     }\r
2362   }\r
2363 \r
2364   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
2365   {\r
2366     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.getState());\r
2367 \r
2368     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
2369     abovePIDThreshold.setState(false);\r
2370 \r
2371     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2372 \r
2373     modifyConservation_actionPerformed();\r
2374   }\r
2375 \r
2376   public void abovePIDThreshold_actionPerformed()\r
2377   {\r
2378     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.getState());\r
2379 \r
2380     conservationMenuItem.setState(false);\r
2381     viewport.setConservationSelected(false);\r
2382 \r
2383     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2384 \r
2385     modifyPID_actionPerformed();\r
2386   }\r
2387 \r
2388   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed()\r
2389   {\r
2390     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2391     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(), viewport\r
2392             .getAlignment().getSequenceAt(0), null);\r
2393 \r
2394     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,\r
2395             viewport.getAlignment()));\r
2396     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2397   }\r
2398 \r
2399   public void sortIDMenuItem_actionPerformed()\r
2400   {\r
2401     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2402     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
2403     addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2404     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2405   }\r
2406 \r
2407   public void sortLengthMenuItem_actionPerformed()\r
2408   {\r
2409     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2410     AlignmentSorter.sortByLength(viewport.getAlignment());\r
2411     addHistoryItem(new OrderCommand("Length Sort", oldOrder,\r
2412             viewport.getAlignment()));\r
2413     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2414   }\r
2415 \r
2416   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed()\r
2417   {\r
2418     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2419     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
2420     addHistoryItem(new OrderCommand("Group Sort", oldOrder,\r
2421             viewport.getAlignment()));\r
2422     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2423 \r
2424   }\r
2425 \r
2426   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed()\r
2427   {\r
2428     new RedundancyPanel(alignPanel);\r
2429   }\r
2430 \r
2431   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed()\r
2432   {\r
2433     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
2434             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2435     {\r
2436       Frame frame = new Frame();\r
2437       frame.add(new PairwiseAlignPanel(alignPanel));\r
2438       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600,\r
2439               500);\r
2440     }\r
2441   }\r
2442 \r
2443   public void PCAMenuItem_actionPerformed()\r
2444   {\r
2445     // are the sequences aligned?\r
2446     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2447     {\r
2448       SequenceI current;\r
2449       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2450 \r
2451       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2452       {\r
2453         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2454 \r
2455         if (current.getLength() < Width)\r
2456         {\r
2457           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2458         }\r
2459       }\r
2460       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2461     }\r
2462 \r
2463     if ((viewport.getSelectionGroup() != null\r
2464             && viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4 && viewport\r
2465             .getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
2466             || viewport.getAlignment().getHeight() < 4)\r
2467     {\r
2468       return;\r
2469     }\r
2470 \r
2471     try\r
2472     {\r
2473       new PCAPanel(viewport);\r
2474     } catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
2475     {\r
2476     }\r
2477 \r
2478   }\r
2479 \r
2480   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2481   {\r
2482     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
2483   }\r
2484 \r
2485   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2486   {\r
2487     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
2488   }\r
2489 \r
2490   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2491   {\r
2492     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
2493   }\r
2494 \r
2495   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2496   {\r
2497     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
2498   }\r
2499 \r
2500   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
2501   {\r
2502     // are the sequences aligned?\r
2503     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2504     {\r
2505       SequenceI current;\r
2506       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2507 \r
2508       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2509       {\r
2510         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2511 \r
2512         if (current.getLength() < Width)\r
2513         {\r
2514           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2515         }\r
2516       }\r
2517       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2518 \r
2519     }\r
2520 \r
2521     if ((viewport.getSelectionGroup() != null && viewport\r
2522             .getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2523             || (viewport.getSelectionGroup() == null && viewport.getAlignment()\r
2524                     .getHeight() > 1))\r
2525     {\r
2526       final TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, type, pwType);\r
2527 \r
2528       addTreeMenuItem(tp, title);\r
2529 \r
2530       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, title, 600, 500);\r
2531     }\r
2532   }\r
2533 \r
2534   void loadTree_actionPerformed()\r
2535   {\r
2536     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
2537     cap.setText("Paste your Newick tree file here.");\r
2538     cap.setTreeImport();\r
2539     Frame frame = new Frame();\r
2540     frame.add(cap);\r
2541     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Newick file ", 400, 300);\r
2542   }\r
2543 \r
2544   public void loadTree(jalview.io.NewickFile tree, String treeFile)\r
2545   {\r
2546     TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, treeFile, "From File - ", tree);\r
2547     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, treeFile, 600, 500);\r
2548     addTreeMenuItem(tp, treeFile);\r
2549   }\r
2550 \r
2551   /**\r
2552    * sort the alignment using the given treePanel\r
2553    *\r
2554    * @param treePanel\r
2555    *          tree used to sort view\r
2556    * @param title\r
2557    *          string used for undo event name\r
2558    */\r
2559   public void sortByTree(TreePanel treePanel, String title)\r
2560   {\r
2561     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2562     AlignmentSorter\r
2563             .sortByTree(viewport.getAlignment(), treePanel.getTree());\r
2564     // addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2565     // HistoryItem.SORT));\r
2566     addHistoryItem(new OrderCommand("Order by " + title, oldOrder,\r
2567             viewport.getAlignment()));\r
2568     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2569   }\r
2570 \r
2571   /**\r
2572    * Do any automatic reordering of the alignment and add the necessary bits to\r
2573    * the menu structure for the new tree\r
2574    *\r
2575    * @param treePanel\r
2576    * @param title\r
2577    */\r
2578   protected void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel,\r
2579           final String title)\r
2580   {\r
2581     final MenuItem item = new MenuItem(title);\r
2582     sortByTreeMenu.add(item);\r
2583     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2584     {\r
2585       @Override\r
2586       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2587       {\r
2588         sortByTree(treePanel, title); // treePanel.getTitle());\r
2589       }\r
2590     });\r
2591 \r
2592     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2593     {\r
2594       @Override\r
2595       public void windowOpened(WindowEvent e)\r
2596       {\r
2597         if (viewport.sortByTree)\r
2598         {\r
2599           sortByTree(treePanel, title);\r
2600         }\r
2601         super.windowOpened(e);\r
2602       }\r
2603 \r
2604       @Override\r
2605       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2606       {\r
2607         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2608       };\r
2609     });\r
2610   }\r
2611   public boolean sortBy(AlignmentOrder alorder, String undoname)\r
2612   {\r
2613     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment()\r
2614     .getSequencesArray();\r
2615     if (viewport.applet.debug)\r
2616     {\r
2617       System.err.println("Sorting "+alorder.getOrder().size()+" in alignment '"+getTitle()+"'");\r
2618     }\r
2619     AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), alorder);\r
2620     if (undoname!=null)\r
2621     {\r
2622       addHistoryItem(new OrderCommand(undoname, oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2623     }\r
2624     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2625     return true;\r
2626   }\r
2627 \r
2628   protected void documentation_actionPerformed()\r
2629   {\r
2630     alignPanel.av.applet.openJalviewHelpUrl();\r
2631   }\r
2632 \r
2633   protected void about_actionPerformed()\r
2634   {\r
2635 \r
2636     class AboutPanel extends Canvas\r
2637     {\r
2638       String version;\r
2639 \r
2640       String builddate;\r
2641 \r
2642       public AboutPanel(String version, String builddate)\r
2643       {\r
2644         this.version = version;\r
2645         this.builddate = builddate;\r
2646       }\r
2647 \r
2648       @Override\r
2649       public void paint(Graphics g)\r
2650       {\r
2651         g.setColor(Color.white);\r
2652         g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
2653         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2654         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
2655         int fh = fm.getHeight();\r
2656         int y = 5, x = 7;\r
2657         g.setColor(Color.black);\r
2658         // TODO: update this text for each release or centrally store it for\r
2659         // lite and application\r
2660         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 14));\r
2661         g.drawString("JalviewLite - Release " + version, x, y += fh);\r
2662         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 12));\r
2663         g.drawString("Build date: " + builddate, x, y += fh);\r
2664         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2665         g.drawString(\r
2666                 "Authors:  Jim Procter, Andrew Waterhouse, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle,",\r
2667                 x, y += fh * 1.5);\r
2668         g.drawString("David Martin & Geoff Barton.", x + 50, y += fh);\r
2669         g.drawString(\r
2670                 "Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.",\r
2671                 x, y += fh);\r
2672         g.drawString(\r
2673                 "For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list",\r
2674                 x, y += fh);\r
2675         g.drawString("If  you use Jalview, please cite:", x, y += fh + 8);\r
2676         g.drawString(\r
2677                 "Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)",\r
2678                 x, y += fh);\r
2679         g.drawString(\r
2680                 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench",\r
2681                 x, y += fh);\r
2682         g.drawString("Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033",\r
2683                 x, y += fh);\r
2684       }\r
2685     }\r
2686 \r
2687     Frame frame = new Frame();\r
2688     frame.add(new AboutPanel(JalviewLite.getVersion(), JalviewLite\r
2689             .getBuildDate()));\r
2690     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Jalview", 580, 220);\r
2691 \r
2692   }\r
2693 \r
2694   public void showURL(String url, String target)\r
2695   {\r
2696     if (viewport.applet == null)\r
2697     {\r
2698       System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
2699     }\r
2700     else\r
2701     {\r
2702       viewport.applet.showURL(url, target);\r
2703     }\r
2704   }\r
2705 \r
2706   // ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
2707   // JBuilder Graphics here\r
2708 \r
2709   MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();\r
2710 \r
2711   Menu fileMenu = new Menu("File");\r
2712 \r
2713   MenuItem loadApplication = new MenuItem("View in Full Application");\r
2714 \r
2715   MenuItem loadTree = new MenuItem("Load Associated Tree ...");\r
2716 \r
2717   MenuItem loadAnnotations = new MenuItem("Load Features/Annotations ...");\r
2718 \r
2719   MenuItem outputFeatures = new MenuItem("Export Features ...");\r
2720 \r
2721   MenuItem outputAnnotations = new MenuItem("Export Annotations ...");\r
2722 \r
2723   MenuItem closeMenuItem = new MenuItem("Close");\r
2724 \r
2725   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
2726 \r
2727   Menu viewMenu = new Menu("View");\r
2728 \r
2729   Menu colourMenu = new Menu("Colour");\r
2730 \r
2731   Menu calculateMenu = new Menu("Calculate");\r
2732 \r
2733   MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Select all");\r
2734 \r
2735   MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Deselect All");\r
2736 \r
2737   MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem("Invert Selection");\r
2738 \r
2739   MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();\r
2740 \r
2741   MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();\r
2742 \r
2743   MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();\r
2744 \r
2745   MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();\r
2746 \r
2747   CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2748 \r
2749   CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2750 \r
2751   MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();\r
2752 \r
2753   MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();\r
2754 \r
2755   MenuItem sortLengthMenuItem = new MenuItem();\r
2756 \r
2757   MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();\r
2758 \r
2759   MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();\r
2760 \r
2761   MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();\r
2762 \r
2763   MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();\r
2764 \r
2765   MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2766 \r
2767   MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2768 \r
2769   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
2770 \r
2771   public Label statusBar = new Label();\r
2772 \r
2773   Menu outputTextboxMenu = new Menu();\r
2774 \r
2775   MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
2776 \r
2777   MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
2778 \r
2779   MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
2780 \r
2781   MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
2782 \r
2783   MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
2784 \r
2785   MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
2786 \r
2787   MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
2788 \r
2789   MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
2790 \r
2791   MenuItem purinePyrimidineColour = new MenuItem();\r
2792   MenuItem RNAInteractionColour = new MenuItem();\r
2793   MenuItem RNAHelixColour = new MenuItem();\r
2794 \r
2795   MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
2796 \r
2797   MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
2798 \r
2799   MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
2800 \r
2801   MenuItem tcoffeeColour = new MenuItem();\r
2802 \r
2803   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2804 \r
2805   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2806 \r
2807   CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2808 \r
2809   CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2810 \r
2811   CheckboxMenuItem displayNonconservedMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2812 \r
2813   MenuItem alProperties = new MenuItem("Alignment Properties...");\r
2814 \r
2815   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();\r
2816 \r
2817   MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();\r
2818 \r
2819   MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();\r
2820 \r
2821   CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2822 \r
2823   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
2824 \r
2825   CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2826 \r
2827   CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2828 \r
2829   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();\r
2830 \r
2831   CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();\r
2832 \r
2833   MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();\r
2834 \r
2835   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();\r
2836 \r
2837   MenuItem grpsFromSelection = new MenuItem();\r
2838 \r
2839   MenuItem delete = new MenuItem();\r
2840 \r
2841   MenuItem copy = new MenuItem();\r
2842 \r
2843   MenuItem cut = new MenuItem();\r
2844 \r
2845   Menu pasteMenu = new Menu();\r
2846 \r
2847   MenuItem pasteNew = new MenuItem();\r
2848 \r
2849   MenuItem pasteThis = new MenuItem();\r
2850 \r
2851   CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();\r
2852 \r
2853   MenuItem font = new MenuItem();\r
2854 \r
2855   CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();\r
2856 \r
2857   CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();\r
2858 \r
2859   CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();\r
2860 \r
2861   MenuItem modifyPID = new MenuItem();\r
2862 \r
2863   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();\r
2864 \r
2865   CheckboxMenuItem autoCalculate = new CheckboxMenuItem(\r
2866           "Autocalculate Consensus", true);\r
2867 \r
2868   CheckboxMenuItem sortByTree = new CheckboxMenuItem(\r
2869           "Sort Alignment With New Tree", true);\r
2870 \r
2871   Menu sortByTreeMenu = new Menu();\r
2872 \r
2873   Menu sort = new Menu();\r
2874 \r
2875   Menu calculate = new Menu();\r
2876 \r
2877   MenuItem inputText = new MenuItem();\r
2878 \r
2879   Menu helpMenu = new Menu();\r
2880 \r
2881   MenuItem documentation = new MenuItem();\r
2882 \r
2883   MenuItem about = new MenuItem();\r
2884 \r
2885   CheckboxMenuItem seqLimits = new CheckboxMenuItem();\r
2886 \r
2887   CheckboxMenuItem centreColumnLabelFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2888 \r
2889   CheckboxMenuItem followMouseOverFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2890   Menu autoAnnMenu=new Menu();\r
2891   CheckboxMenuItem showSequenceLogo= new CheckboxMenuItem();\r
2892   CheckboxMenuItem applyAutoAnnotationSettings = new CheckboxMenuItem();\r
2893   CheckboxMenuItem showConsensusHistogram = new CheckboxMenuItem();\r
2894   CheckboxMenuItem showGroupConsensus = new CheckboxMenuItem();\r
2895   CheckboxMenuItem showGroupConservation = new CheckboxMenuItem();\r
2896 \r
2897   private void jbInit() throws Exception\r
2898   {\r
2899 \r
2900     setMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
2901 \r
2902     MenuItem item;\r
2903 \r
2904     // dynamically fill save as menu with available formats\r
2905     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
2906     {\r
2907 \r
2908       item = new MenuItem(\r
2909               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
2910 \r
2911       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2912       {\r
2913         @Override\r
2914         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2915         {\r
2916           outputText_actionPerformed(e);\r
2917         }\r
2918       });\r
2919 \r
2920       outputTextboxMenu.add(item);\r
2921     }\r
2922     closeMenuItem.addActionListener(this);\r
2923     loadApplication.addActionListener(this);\r
2924 \r
2925     loadTree.addActionListener(this);\r
2926     loadAnnotations.addActionListener(this);\r
2927     outputFeatures.addActionListener(this);\r
2928     outputAnnotations.addActionListener(this);\r
2929     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2930     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2931     invertSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2932     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");\r
2933     remove2LeftMenuItem.addActionListener(this);\r
2934     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");\r
2935     remove2RightMenuItem.addActionListener(this);\r
2936     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");\r
2937     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(this);\r
2938     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");\r
2939     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(this);\r
2940     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");\r
2941     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
2942     viewBoxesMenuItem.addItemListener(this);\r
2943     viewTextMenuItem.setLabel("Text");\r
2944     viewTextMenuItem.setState(true);\r
2945     viewTextMenuItem.addItemListener(this);\r
2946     sortPairwiseMenuItem.setLabel("by Pairwise Identity");\r
2947     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(this);\r
2948     sortIDMenuItem.setLabel("by ID");\r
2949     sortIDMenuItem.addActionListener(this);\r
2950     sortLengthMenuItem.setLabel("by Length");\r
2951     sortLengthMenuItem.addActionListener(this);\r
2952     sortGroupMenuItem.setLabel("by Group");\r
2953     sortGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
2954     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");\r
2955     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(this);\r
2956     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");\r
2957     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(this);\r
2958     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis");\r
2959     PCAMenuItem.addActionListener(this);\r
2960     averageDistanceTreeMenuItem\r
2961             .setLabel("Average Distance Using % Identity");\r
2962     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2963     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity");\r
2964     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2965     statusBar.setBackground(Color.white);\r
2966     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
2967     statusBar.setText("Status bar");\r
2968     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");\r
2969     clustalColour.setLabel("Clustalx");\r
2970 \r
2971     clustalColour.addActionListener(this);\r
2972     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
2973     zappoColour.addActionListener(this);\r
2974     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
2975     taylorColour.addActionListener(this);\r
2976     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
2977     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
2978     helixColour.setLabel("Helix Propensity");\r
2979     helixColour.addActionListener(this);\r
2980     strandColour.setLabel("Strand Propensity");\r
2981     strandColour.addActionListener(this);\r
2982     turnColour.setLabel("Turn Propensity");\r
2983     turnColour.addActionListener(this);\r
2984     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
2985     buriedColour.addActionListener(this);\r
2986     purinePyrimidineColour.setLabel("Purine/Pyrimidine");\r
2987     purinePyrimidineColour.addActionListener(this);\r
2988     RNAInteractionColour.setLabel("Purine/Pyrimidine");\r
2989     RNAInteractionColour.addActionListener(this);\r
2990     RNAHelixColour.setLabel("by RNA Helices");\r
2991     RNAHelixColour.addActionListener(this);\r
2992     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");\r
2993     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
2994     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
2995     PIDColour.addActionListener(this);\r
2996     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
2997     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
2998     tcoffeeColour.setLabel("T-Coffee Scores");\r
2999     tcoffeeColour.setEnabled(false);    // it will enabled only if a score file is provided\r
3000     tcoffeeColour.addActionListener(this);\r
3001     avDistanceTreeBlosumMenuItem .setLabel("Average Distance Using BLOSUM62");\r
3002     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3003     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62");\r
3004     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3005     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");\r
3006     annotationPanelMenuItem.addItemListener(this);\r
3007     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");\r
3008     colourTextMenuItem.addItemListener(this);\r
3009     displayNonconservedMenuItem.setLabel("Show nonconserved");\r
3010     displayNonconservedMenuItem.addItemListener(this);\r
3011     alProperties.addActionListener(this);\r
3012     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window");\r
3013     overviewMenuItem.addActionListener(this);\r
3014     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
3015     undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
3016     undoMenuItem.addActionListener(this);\r
3017     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
3018     redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
3019     redoMenuItem.addActionListener(this);\r
3020     conservationMenuItem.setLabel("by Conservation");\r
3021     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
3022     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
3023     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
3024     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");\r
3025     wrapMenuItem.addItemListener(this);\r
3026     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");\r
3027     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
3028     renderGapsMenuItem.addItemListener(this);\r
3029     findMenuItem.setLabel("Find...");\r
3030     findMenuItem.addActionListener(this);\r
3031     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity Threshold");\r
3032     abovePIDThreshold.addItemListener(this);\r
3033     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");\r
3034     nucleotideColour.addActionListener(this);\r
3035     deleteGroups.setLabel("Undefine Groups");\r
3036     deleteGroups.addActionListener(this);\r
3037     grpsFromSelection.setLabel("Make Groups for selection");\r
3038     grpsFromSelection.addActionListener(this);\r
3039     copy.setLabel("Copy");\r
3040     copy.addActionListener(this);\r
3041     cut.setLabel("Cut");\r
3042     cut.addActionListener(this);\r
3043     delete.setLabel("Delete");\r
3044     delete.addActionListener(this);\r
3045     pasteMenu.setLabel("Paste");\r
3046     pasteNew.setLabel("To New Alignment");\r
3047     pasteNew.addActionListener(this);\r
3048     pasteThis.setLabel("Add To This Alignment");\r
3049     pasteThis.addActionListener(this);\r
3050     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");\r
3051     applyToAllGroups.setState(true);\r
3052     applyToAllGroups.addItemListener(this);\r
3053     font.setLabel("Font...");\r
3054     font.addActionListener(this);\r
3055     scaleAbove.setLabel("Scale Above");\r
3056     scaleAbove.setState(true);\r
3057     scaleAbove.setEnabled(false);\r
3058     scaleAbove.addItemListener(this);\r
3059     scaleLeft.setEnabled(false);\r
3060     scaleLeft.setState(true);\r
3061     scaleLeft.setLabel("Scale Left");\r
3062     scaleLeft.addItemListener(this);\r
3063     scaleRight.setEnabled(false);\r
3064     scaleRight.setState(true);\r
3065     scaleRight.setLabel("Scale Right");\r
3066     scaleRight.addItemListener(this);\r
3067     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");\r
3068     modifyPID.addActionListener(this);\r
3069     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");\r
3070     modifyConservation.addActionListener(this);\r
3071     sortByTreeMenu.setLabel("By Tree Order");\r
3072     sort.setLabel("Sort");\r
3073     calculate.setLabel("Calculate Tree");\r
3074     autoCalculate.addItemListener(this);\r
3075     sortByTree.addItemListener(this);\r
3076     inputText.setLabel("Input from textbox");\r
3077     inputText.addActionListener(this);\r
3078     centreColumnLabelFlag.setLabel("Centre column labels");\r
3079     centreColumnLabelFlag.addItemListener(this);\r
3080     followMouseOverFlag.setLabel("Automatic Scrolling");\r
3081     followMouseOverFlag.addItemListener(this);\r
3082     helpMenu.setLabel("Help");\r
3083     documentation.setLabel("Documentation");\r
3084     documentation.addActionListener(this);\r
3085 \r
3086     about.setLabel("About...");\r
3087     about.addActionListener(this);\r
3088     seqLimits.setState(true);\r
3089     seqLimits.setLabel("Show Sequence Limits");\r
3090     seqLimits.addItemListener(this);\r
3091     featureSettings.setLabel("Feature Settings...");\r
3092     featureSettings.addActionListener(this);\r
3093     sequenceFeatures.setLabel("Sequence Features");\r
3094     sequenceFeatures.addItemListener(this);\r
3095     sequenceFeatures.setState(false);\r
3096     annotationColour.setLabel("by Annotation...");\r
3097     annotationColour.addActionListener(this);\r
3098     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Sequence Selection");\r
3099     invertColSel.setLabel("Invert Column Selection");\r
3100     menu1.setLabel("Show");\r
3101     showColumns.setLabel("All Columns ");\r
3102     showSeqs.setLabel("All Sequences");\r
3103     menu2.setLabel("Hide");\r
3104     hideColumns.setLabel("Selected Columns");\r
3105     hideSequences.setLabel("Selected Sequences");\r
3106     hideAllButSelection.setLabel("All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)");\r
3107     hideAllSelection.setLabel("Selected Region");\r
3108     showAllHidden.setLabel("All Sequences and Columns");\r
3109     showGroupConsensus.setLabel("Group Consensus");\r
3110     showGroupConservation.setLabel("Group Conservation");\r
3111     showConsensusHistogram.setLabel("Show Consensus Histogram");\r
3112     showSequenceLogo.setLabel("Show Consensus Logo");\r
3113     applyAutoAnnotationSettings.setLabel("Apply to all groups");\r
3114     applyAutoAnnotationSettings.setState(true);\r
3115     autoAnnMenu.setLabel("Autocalculated Annotation");\r
3116 \r
3117     invertColSel.addActionListener(this);\r
3118     showColumns.addActionListener(this);\r
3119     showSeqs.addActionListener(this);\r
3120     hideColumns.addActionListener(this);\r
3121     hideSequences.addActionListener(this);\r
3122     hideAllButSelection.addActionListener(this);\r
3123     hideAllSelection.addActionListener(this);\r
3124     showAllHidden.addActionListener(this);\r
3125     showGroupConsensus.addItemListener(this);\r
3126     showGroupConservation.addItemListener(this);\r
3127     showConsensusHistogram.addItemListener(this);\r
3128     showSequenceLogo.addItemListener(this);\r
3129     applyAutoAnnotationSettings.addItemListener(this);\r
3130     formatMenu.setLabel("Format");\r
3131     selectMenu.setLabel("Select");\r
3132     newView.setLabel("New View");\r
3133     newView.addActionListener(this);\r
3134     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
3135     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
3136     alignFrameMenuBar.add(selectMenu);\r
3137     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
3138     alignFrameMenuBar.add(formatMenu);\r
3139     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
3140     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
3141     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
3142 \r
3143     fileMenu.add(inputText);\r
3144     fileMenu.add(loadTree);\r
3145     fileMenu.add(loadAnnotations);\r
3146 \r
3147     fileMenu.addSeparator();\r
3148     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
3149     fileMenu.add(outputFeatures);\r
3150     fileMenu.add(outputAnnotations);\r
3151 \r
3152     if (jalviewServletURL != null)\r
3153     {\r
3154       fileMenu.add(loadApplication);\r
3155     }\r
3156 \r
3157     fileMenu.addSeparator();\r
3158     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
3159 \r
3160     editMenu.add(undoMenuItem);\r
3161     editMenu.add(redoMenuItem);\r
3162     editMenu.add(cut);\r
3163     editMenu.add(copy);\r
3164     editMenu.add(pasteMenu);\r
3165     editMenu.add(delete);\r
3166     editMenu.addSeparator();\r
3167     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
3168     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
3169     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
3170     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
3171     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
3172     viewMenu.add(newView);\r
3173     viewMenu.addSeparator();\r
3174     viewMenu.add(menu1);\r
3175     viewMenu.add(menu2);\r
3176     viewMenu.addSeparator();\r
3177     viewMenu.add(followMouseOverFlag);\r
3178     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
3179     autoAnnMenu.add(applyAutoAnnotationSettings);\r
3180     autoAnnMenu.add(showConsensusHistogram);\r
3181     autoAnnMenu.add(showSequenceLogo);\r
3182     autoAnnMenu.addSeparator();\r
3183     autoAnnMenu.add(showGroupConservation);\r
3184     autoAnnMenu.add(showGroupConsensus);\r
3185     viewMenu.add(autoAnnMenu);\r
3186     viewMenu.addSeparator();\r
3187     viewMenu.add(sequenceFeatures);\r
3188     viewMenu.add(featureSettings);\r
3189     viewMenu.addSeparator();\r
3190     viewMenu.add(alProperties);\r
3191     viewMenu.addSeparator();\r
3192     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
3193     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
3194     colourMenu.addSeparator();\r
3195     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
3196     colourMenu.add(clustalColour);\r
3197     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
3198     colourMenu.add(PIDColour);\r
3199     colourMenu.add(zappoColour);\r
3200     colourMenu.add(taylorColour);\r
3201     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
3202     colourMenu.add(helixColour);\r
3203     colourMenu.add(strandColour);\r
3204     colourMenu.add(turnColour);\r
3205     colourMenu.add(buriedColour);\r
3206     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
3207     colourMenu.add(purinePyrimidineColour);\r
3208     colourMenu.add(RNAInteractionColour);\r
3209     colourMenu.add(tcoffeeColour);\r
3210     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
3211     colourMenu.addSeparator();\r
3212     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
3213     colourMenu.add(modifyConservation);\r
3214     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
3215     colourMenu.add(modifyPID);\r
3216     colourMenu.add(annotationColour);\r
3217     colourMenu.add(RNAHelixColour);\r
3218     calculateMenu.add(sort);\r
3219     calculateMenu.add(calculate);\r
3220     calculateMenu.addSeparator();\r
3221     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
3222     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
3223     calculateMenu.add(autoCalculate);\r
3224     calculateMenu.add(sortByTree);\r
3225     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3226     pasteMenu.add(pasteNew);\r
3227     pasteMenu.add(pasteThis);\r
3228     sort.add(sortIDMenuItem);\r
3229     sort.add(sortLengthMenuItem);\r
3230     sort.add(sortByTreeMenu);\r
3231     sort.add(sortGroupMenuItem);\r
3232     sort.add(sortPairwiseMenuItem);\r
3233     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
3234     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);\r
3235     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
3236     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
3237     helpMenu.add(documentation);\r
3238     helpMenu.add(about);\r
3239     menu1.add(showColumns);\r
3240     menu1.add(showSeqs);\r
3241     menu1.add(showAllHidden);\r
3242     menu2.add(hideColumns);\r
3243     menu2.add(hideSequences);\r
3244     menu2.add(hideAllSelection);\r
3245     menu2.add(hideAllButSelection);\r
3246     formatMenu.add(font);\r
3247     formatMenu.add(seqLimits);\r
3248     formatMenu.add(wrapMenuItem);\r
3249     formatMenu.add(scaleAbove);\r
3250     formatMenu.add(scaleLeft);\r
3251     formatMenu.add(scaleRight);\r
3252     formatMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
3253     formatMenu.add(viewTextMenuItem);\r
3254     formatMenu.add(colourTextMenuItem);\r
3255     formatMenu.add(displayNonconservedMenuItem);\r
3256     formatMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
3257     formatMenu.add(centreColumnLabelFlag);\r
3258     selectMenu.add(findMenuItem);\r
3259     selectMenu.addSeparator();\r
3260     selectMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
3261     selectMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
3262     selectMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
3263     selectMenu.add(invertColSel);\r
3264     selectMenu.add(grpsFromSelection);\r
3265     selectMenu.add(deleteGroups);\r
3266 \r
3267   }\r
3268 \r
3269   MenuItem featureSettings = new MenuItem();\r
3270 \r
3271   CheckboxMenuItem sequenceFeatures = new CheckboxMenuItem();\r
3272 \r
3273   MenuItem annotationColour = new MenuItem();\r
3274 \r
3275   MenuItem invertColSel = new MenuItem();\r
3276 \r
3277   Menu menu1 = new Menu();\r
3278 \r
3279   MenuItem showColumns = new MenuItem();\r
3280 \r
3281   MenuItem showSeqs = new MenuItem();\r
3282 \r
3283   Menu menu2 = new Menu();\r
3284 \r
3285   MenuItem hideColumns = new MenuItem();\r
3286 \r
3287   MenuItem hideSequences = new MenuItem();\r
3288 \r
3289   MenuItem hideAllButSelection = new MenuItem();\r
3290 \r
3291   MenuItem hideAllSelection = new MenuItem();\r
3292 \r
3293   MenuItem showAllHidden = new MenuItem();\r
3294 \r
3295   Menu formatMenu = new Menu();\r
3296 \r
3297   Menu selectMenu = new Menu();\r
3298 \r
3299   MenuItem newView = new MenuItem();\r
3300 \r
3301   /**\r
3302    * Attach the alignFrame panels after embedding menus, if necessary. This used\r
3303    * to be called setEmbedded, but is now creates the dropdown menus in a\r
3304    * platform independent manner to avoid OSX/Mac menu appendage daftness.\r
3305    *\r
3306    * @param reallyEmbedded\r
3307    *          true to attach the view to the applet area on the page rather than\r
3308    *          in a new window\r
3309    */\r
3310   public void createAlignFrameWindow(boolean reallyEmbedded, String title)\r
3311   {\r
3312     if (reallyEmbedded)\r
3313     {\r
3314       // ////\r
3315       // Explicly build the embedded menu panel for the on-page applet\r
3316       //\r
3317       // view cannot be closed if its actually on the page\r
3318       fileMenu.remove(closeMenuItem);\r
3319       fileMenu.remove(3); // Remove Seperator\r
3320       embeddedMenu = makeEmbeddedPopupMenu(alignFrameMenuBar, "Arial",\r
3321               Font.PLAIN, 10, false); // use our own fonts.\r
3322       // and actually add the components to the applet area\r
3323       viewport.applet.setLayout(new BorderLayout());\r
3324       viewport.applet.add(embeddedMenu, BorderLayout.NORTH);\r
3325       viewport.applet.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3326       alignPanel.setSize(viewport.applet.getSize().width,\r
3327               viewport.applet.getSize().height - embeddedMenu.HEIGHT\r
3328                       - statusBar.HEIGHT);\r
3329       viewport.applet.add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3330       final AlignFrame me = this;\r
3331       viewport.applet.addFocusListener(new FocusListener()\r
3332       {\r
3333 \r
3334         @Override\r
3335         public void focusLost(FocusEvent e)\r
3336         {\r
3337           if (me.viewport.applet.currentAlignFrame==me) {\r
3338                   me.viewport.applet.currentAlignFrame = null;\r
3339         }}\r
3340 \r
3341         @Override\r
3342         public void focusGained(FocusEvent e)\r
3343         {\r
3344           me.viewport.applet.currentAlignFrame = me;\r
3345         }\r
3346       });\r
3347       viewport.applet.validate();\r
3348     }\r
3349     else\r
3350     {\r
3351       // //////\r
3352       // test and embed menu bar if necessary.\r
3353       //\r
3354       if (embedMenuIfNeeded(alignPanel))\r
3355       {\r
3356         // adjust for status bar height too\r
3357         alignPanel.setSize(getSize().width, getSize().height\r
3358                 - statusBar.HEIGHT);\r
3359       }\r
3360       add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3361       add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3362       // and register with the applet so it can pass external API calls to us\r
3363       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title, DEFAULT_WIDTH,\r
3364               DEFAULT_HEIGHT);\r
3365     }\r
3366   }\r
3367 \r
3368   /**\r
3369    * create a new binding between structures in an existing jmol viewer instance\r
3370    * and an alignpanel with sequences that have existing PDBFile entries. Note,\r
3371    * this does not open a new Jmol window, or modify the display of the\r
3372    * structures in the original jmol window. Note This method doesn't work\r
3373    * without an additional javascript library to exchange messages between the\r
3374    * distinct applets. See http://issues.jalview.org/browse/JAL-621\r
3375    *\r
3376    * @param viewer\r
3377    *          JmolViewer instance\r
3378    * @param sequenceIds\r
3379    *          - sequence Ids to search for associations\r
3380    */\r
3381   public SequenceStructureBinding addStructureViewInstance(\r
3382           Object jmolviewer, String[] sequenceIds)\r
3383   {\r
3384     org.jmol.api.JmolViewer viewer = null;\r
3385     try\r
3386     {\r
3387       viewer = (org.jmol.api.JmolViewer) jmolviewer;\r
3388     } catch (ClassCastException ex)\r
3389     {\r
3390       System.err.println("Unsupported viewer object :"\r
3391               + jmolviewer.getClass());\r
3392     }\r
3393     if (viewer == null)\r
3394     {\r
3395       System.err.println("Can't use this object as a structure viewer:"\r
3396               + jmolviewer.getClass());\r
3397       return null;\r
3398     }\r
3399     SequenceI[] seqs = null;\r
3400     if (sequenceIds == null || sequenceIds.length == 0)\r
3401     {\r
3402       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3403     }\r
3404     else\r
3405     {\r
3406       Vector sqi = new Vector();\r
3407       AlignmentI al = viewport.getAlignment();\r
3408       for (int sid = 0; sid < sequenceIds.length; sid++)\r
3409       {\r
3410         SequenceI sq = al.findName(sequenceIds[sid]);\r
3411         if (sq != null)\r
3412         {\r
3413           sqi.addElement(sq);\r
3414         }\r
3415       }\r
3416       if (sqi.size() > 0)\r
3417       {\r
3418         seqs = new SequenceI[sqi.size()];\r
3419         for (int sid = 0, sSize = sqi.size(); sid < sSize; sid++)\r
3420         {\r
3421           seqs[sid] = (SequenceI) sqi.elementAt(sid);\r
3422         }\r
3423       }\r
3424       else\r
3425       {\r
3426         return null;\r
3427       }\r
3428     }\r
3429     ExtJmol jmv = null;\r
3430     // TODO: search for a jmv that involves viewer\r
3431     if (jmv == null)\r
3432     { // create a new viewer/jalview binding.\r
3433       jmv = new ExtJmol(viewer, alignPanel, new SequenceI[][] {seqs});\r
3434     }\r
3435     return jmv;\r
3436 \r
3437   }\r
3438   /**\r
3439    * bind a pdb file to a sequence in the current view\r
3440    *\r
3441    * @param sequenceId\r
3442    *          - sequenceId within the dataset.\r
3443    * @param pdbEntryString\r
3444    *          - the short name for the PDB file\r
3445    * @param pdbFile\r
3446    *          - pdb file - either a URL or a valid PDB file.\r
3447    * @return true if binding was as success TODO: consider making an exception\r
3448    *         structure for indicating when PDB parsing or sequenceId location\r
3449    *         fails.\r
3450    */\r
3451   public boolean addPdbFile(String sequenceId, String pdbEntryString,\r
3452           String pdbFile)\r
3453   {\r
3454     SequenceI toaddpdb = viewport.getAlignment().findName(sequenceId);\r
3455     boolean needtoadd = false;\r
3456     if (toaddpdb != null)\r
3457     {\r
3458       Vector pdbe = toaddpdb.getPDBId();\r
3459       PDBEntry pdbentry = null;\r
3460       if (pdbe != null && pdbe.size() > 0)\r
3461       {\r
3462         for (int pe = 0, peSize = pdbe.size(); pe < peSize; pe++)\r
3463         {\r
3464           pdbentry = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);\r
3465           if (!pdbentry.getId().equals(pdbEntryString)\r
3466                   && !pdbentry.getFile().equals(pdbFile))\r
3467           {\r
3468             pdbentry = null;\r
3469           }\r
3470           else\r
3471           {\r
3472             continue;\r
3473           }\r
3474         }\r
3475       }\r
3476       if (pdbentry == null)\r
3477       {\r
3478         pdbentry = new PDBEntry();\r
3479         pdbentry.setId(pdbEntryString);\r
3480         pdbentry.setFile(pdbFile);\r
3481         needtoadd = true; // add this new entry to sequence.\r
3482       }\r
3483       // resolve data source\r
3484       // TODO: this code should be a refactored to an io package\r
3485       String protocol = AppletFormatAdapter.resolveProtocol(pdbFile, "PDB");\r
3486       if (protocol == null)\r
3487       {\r
3488         return false;\r
3489       }\r
3490       if (needtoadd)\r
3491       {\r
3492         // make a note of the access mode and add\r
3493         if (pdbentry.getProperty() == null)\r
3494         {\r
3495           pdbentry.setProperty(new Hashtable());\r
3496         }\r
3497         pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);\r
3498         toaddpdb.addPDBId(pdbentry);\r
3499       }\r
3500     }\r
3501     return true;\r
3502   }\r
3503 \r
3504   private Object[] cleanSeqChainArrays(SequenceI[] seqs, String[] chains)\r
3505   {\r
3506     if (seqs != null)\r
3507     {\r
3508       Vector sequences = new Vector();\r
3509       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
3510       {\r
3511         if (seqs[i] != null)\r
3512         {\r
3513           sequences.addElement(new Object[]\r
3514           { seqs[i], (chains != null) ? chains[i] : null });\r
3515         }\r
3516       }\r
3517       seqs = new SequenceI[sequences.size()];\r
3518       chains = new String[sequences.size()];\r
3519       for (int i = 0, isize = sequences.size(); i < isize; i++)\r
3520       {\r
3521         Object[] oj = (Object[]) sequences.elementAt(i);\r
3522 \r
3523         seqs[i] = (SequenceI) oj[0];\r
3524         chains[i] = (String) oj[1];\r
3525       }\r
3526     }\r
3527     return new Object[]\r
3528     { seqs, chains };\r
3529 \r
3530   }\r
3531 \r
3532   public void newStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry pdb,\r
3533           SequenceI[] seqs, String[] chains, String protocol)\r
3534   {\r
3535     // Scrub any null sequences from the array\r
3536     Object[] sqch = cleanSeqChainArrays(seqs, chains);\r
3537     seqs = (SequenceI[]) sqch[0];\r
3538     chains = (String[]) sqch[1];\r
3539     if (seqs == null || seqs.length == 0)\r
3540     {\r
3541       System.err\r
3542               .println("JalviewLite.AlignFrame:newStructureView: No sequence to bind structure to.");\r
3543     }\r
3544     if (protocol == null || protocol.trim().length() == 0\r
3545             || protocol.equals("null"))\r
3546     {\r
3547       protocol = (String) pdb.getProperty().get("protocol");\r
3548       if (protocol == null)\r
3549       {\r
3550         System.err.println("Couldn't work out protocol to open structure: "\r
3551                 + pdb.getId());\r
3552         return;\r
3553       }\r
3554     }\r
3555     if (applet.useXtrnalSviewer)\r
3556     {\r
3557       // register the association(s) and quit, don't create any windows.\r
3558       if (StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(applet).setMapping(seqs, chains, pdb.getFile(), protocol)==null) {\r
3559         System.err.println("Failed to map "+pdb.getFile()+" ("+protocol+") to any sequences");\r
3560       }\r
3561       return;\r
3562     }\r
3563     if (applet.isAlignPdbStructures() && applet.jmolAvailable)\r
3564     {\r
3565       // can only do alignments with Jmol\r
3566       // find the last jmol window assigned to this alignment\r
3567       jalview.appletgui.AppletJmol ajm = null, tajm;\r
3568       Vector jmols = applet\r
3569               .getAppletWindow(jalview.appletgui.AppletJmol.class);\r
3570       for (int i = 0, iSize = jmols.size(); i < iSize; i++)\r
3571       {\r
3572         tajm = (jalview.appletgui.AppletJmol) jmols.elementAt(i);\r
3573         if (tajm.ap.alignFrame == this)\r
3574         {\r
3575           ajm = tajm;\r
3576           break;\r
3577         }\r
3578       }\r
3579       if (ajm != null)\r
3580       {\r
3581         System.err\r
3582                 .println("Incremental adding and aligning structure to existing Jmol view not yet implemented.");\r
3583         // try and add the pdb structure\r
3584         // ajm.addS\r
3585         ajm = null;\r
3586       }\r
3587     }\r
3588     // otherwise, create a new window\r
3589     if (applet.jmolAvailable)\r
3590     {\r
3591       new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, seqs, chains, alignPanel,\r
3592               protocol);\r
3593       applet.lastFrameX += 40;\r
3594       applet.lastFrameY += 40;\r
3595     }\r
3596     else\r
3597     {\r
3598       new MCview.AppletPDBViewer(pdb, seqs, chains, alignPanel, protocol);\r
3599     }\r
3600 \r
3601   }\r
3602 \r
3603   public void alignedStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry[] pdb,\r
3604           SequenceI[][] seqs, String[][] chains, String[] protocols)\r
3605   {\r
3606     // TODO Auto-generated method stub\r
3607     System.err.println("Aligned Structure View: Not yet implemented.");\r
3608   }\r
3609 \r
3610   /**\r
3611    * modify the current selection, providing the user has not made a selection already.\r
3612    * @param sel - sequences from this alignment\r
3613    * @param csel - columns to be selected on the alignment\r
3614    */\r
3615   public void select(SequenceGroup sel, ColumnSelection csel)\r
3616   {\r
3617     alignPanel.seqPanel.selection(sel, csel, null);\r
3618   }\r
3619 \r
3620   public void scrollTo(int row, int column)\r
3621   {\r
3622     alignPanel.seqPanel.scrollTo(row, column);\r
3623   }\r
3624   public void scrollToRow(int row)\r
3625   {\r
3626     alignPanel.seqPanel.scrollToRow(row);\r
3627   }\r
3628   public void scrollToColumn(int column)\r
3629   {\r
3630     alignPanel.seqPanel.scrollToColumn(column);\r
3631   }\r
3632   /**\r
3633    * @return the alignments unique ID.\r
3634    */\r
3635   public String getSequenceSetId() {\r
3636     return viewport.getSequenceSetId();\r
3637   }\r
3638 \r
3639 \r
3640   /**\r
3641    * Load the (T-Coffee) score file from the specified url\r
3642    *\r
3643    * @param source File/URL/T-COFFEE score file contents\r
3644    * @throws IOException\r
3645    * @return true if alignment was annotated with data from source\r
3646  * @throws SAXException \r
3647  * @throws ParserConfigurationException \r
3648  * @throws ExceptionFileFormatOrSyntax \r
3649  * @throws ExceptionLoadingFailed \r
3650  * @throws ExceptionPermissionDenied \r
3651  * @throws InterruptedException \r
3652    */\r
3653   public boolean loadScoreFile( String source ) throws IOException, ExceptionFileFormatOrSyntax, ParserConfigurationException, SAXException, ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed, InterruptedException {\r
3654 \r
3655     TCoffeeScoreFile file = new TCoffeeScoreFile(source, AppletFormatAdapter.checkProtocol(source));\r
3656           if( !file.isValid()) {\r
3657             // TODO: raise dialog for gui\r
3658             System.err.println("Problems parsing T-Coffee scores: "+file.getWarningMessage());\r
3659             System.err.println("Origin was:\n"+source);\r
3660             return false;\r
3661           }\r
3662 \r
3663           /*\r
3664            * check that the score matrix matches the alignment dimensions\r
3665            */\r
3666           AlignmentI aln;\r
3667           if( (aln=viewport.getAlignment()) != null && (aln.getHeight() != file.getHeight() || aln.getWidth() != file.getWidth()) ) {\r
3668             // TODO: raise a dialog box here rather than bomb out.\r
3669             System.err.println("The scores matrix does not match the alignment dimensions");\r
3670 \r
3671           }\r
3672 \r
3673            // TODO add parameter to indicate if matching should be done\r
3674           if (file.annotateAlignment(alignPanel.getAlignment(), false))\r
3675           {\r
3676             alignPanel.fontChanged();\r
3677             tcoffeeColour.setEnabled(true);\r
3678                   // switch to this color\r
3679                   changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
3680                   return true;\r
3681           } else {\r
3682             System.err.println("Problems resolving T-Coffee scores:");\r
3683             if (file.getWarningMessage()!=null) {\r
3684               System.err.println(file.getWarningMessage());\r
3685             }\r
3686           }\r
3687           return false;\r
3688   }\r
3689 \r
3690 \r
3691 }\r