src/jalview/bin/JalviewLiteURLRetrieve.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.bin;
  19
  20 import jalview.datamodel.Alignment;
  21 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  22 import jalview.io.FileParse;
  23
  24 import java.applet.Applet;
  25 import java.io.BufferedInputStream;
  26 import java.io.BufferedReader;
  27 import java.io.InputStream;
  28 import java.io.InputStreamReader;
  29
  30 public class JalviewLiteURLRetrieve extends Applet
  31 {
  32
  33   private static final long serialVersionUID = 1L;
  34
  35   /**
  36    * This is the default constructor
  37    */
  38   public JalviewLiteURLRetrieve()
  39   {
  40     super();
  41   }
  42
  43   /**
  44    * This method initializes this
  45    *
  46    * @return void
  47    */
  48   public void init()
  49   {
  50     this.setSize(300, 200);
  51     String file = getParameter("file");
  52     if (file == null)
  53     {
  54       System.out
  55               .println("Specify a resource to read on the file parameter");
  56       return;
  57     }
  58     String protocol = null;
  59     try
  60     {
  61       System.out.println("Loading thread started with:\n>>file\n" + file
  62               + ">>endfile");
  63       // This might throw a security exception in certain browsers
  64       // Netscape Communicator for instance.
  65       try
  66       {
  67         boolean rtn = false;
  68         InputStream is = getClass().getResourceAsStream("/" + file);
  69         if (is != null)
  70         {
  71           rtn = true;
  72           is.close();
  73         }
  74         System.err.println("Resource '" + file + "' was "
  75                 + (rtn ? "" : "not") + " located by classloader.");
  76         if (rtn)
  77         {
  78           protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
  79         }
  80
  81       } catch (Exception ex)
  82       {
  83         System.out.println("Exception checking resources: " + file + " "
  84                 + ex);
  85       }
  86       if (file.indexOf("://") > -1)
  87       {
  88         protocol = AppletFormatAdapter.URL;
  89       }
  90       else
  91       {
  92         // skipping codebase prepend check.
  93         protocol = AppletFormatAdapter.FILE;
  94       }
  95
  96       System.out.println("Trying to get contents of resource:");
  97       FileParse fp = new FileParse(file, protocol);
  98       if (fp.isValid())
  99       {
 100         String ln = null;
 101         while ((ln = fp.nextLine()) != null)
 102         {
 103           System.out.print(ln);
 104         }
 105         fp.close();
 106       }
 107       else
 108       {
 109         System.out.println("Resource at " + file
 110                 + " cannot be read with protocol==" + protocol);
 111         return;
 112       }
 113       String format = getParameter("format");
 114       if (format == null || format.length() == 0)
 115       {
 116         format = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 117         System.out.println("Format is " + format);
 118       }
 119       else
 120       {
 121         System.out.println("User specified Format is " + format);
 122       }
 123       Alignment al = null;
 124       try
 125       {
 126         al = new AppletFormatAdapter().readFile(file, protocol, format);
 127       } catch (java.io.IOException ex)
 128       {
 129         System.err.println("Failed to open the file.");
 130         ex.printStackTrace();
 131       }
 132       if (al != null)
 133       {
 134         System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences(
 135                 "FASTA", al, false));
 136       }
 137     } catch (Exception e)
 138     {
 139       System.err.println("bailing out : Unexpected exception:");
 140       e.printStackTrace();
 141     }
 142   }
 143
 144 }