src/jalview/bin/JalviewLiteURLRetrieve.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  25 import jalview.io.DataSourceType;
  26 import jalview.io.FileFormat;
  27 import jalview.io.FileFormatI;
  28 import jalview.io.FileFormats;
  29 import jalview.io.FileParse;
  30 import jalview.io.IdentifyFile;
  31
  32 import java.applet.Applet;
  33 import java.io.InputStream;
  34
  35 public class JalviewLiteURLRetrieve extends Applet
  36 {
  37
  38   private static final long serialVersionUID = 1L;
  39
  40   /**
  41    * This is the default constructor
  42    */
  43   public JalviewLiteURLRetrieve()
  44   {
  45     super();
  46   }
  47
  48   /**
  49    * This method initializes this
  50    *
  51    * @return void
  52    */
  53   @Override
  54   public void init()
  55   {
  56     this.setSize(300, 200);
  57     String file = getParameter("file");
  58     if (file == null)
  59     {
  60       System.out
  61               .println("Specify a resource to read on the file parameter");
  62       return;
  63     }
  64     DataSourceType protocol = null;
  65     try
  66     {
  67       jalview.bin.Console
  68               .outPrintln("Loading thread started with:\n>>file\n" + file
  69                       + ">>endfile");
  70       // This might throw a security exception in certain browsers
  71       // Netscape Communicator for instance.
  72       try
  73       {
  74         boolean rtn = false;
  75         InputStream is = getClass().getResourceAsStream("/" + file);
  76         if (is != null)
  77         {
  78           rtn = true;
  79           is.close();
  80         }
  81         jalview.bin.Console.errPrintln("Resource '" + file + "' was "
  82                 + (rtn ? "" : "not") + " located by classloader.");
  83         if (rtn)
  84         {
  85           protocol = DataSourceType.CLASSLOADER;
  86         }
  87
  88       } catch (Exception ex)
  89       {
  90         jalview.bin.Console.outPrintln(
  91                 "Exception checking resources: " + file + " " + ex);
  92       }
  93       if (file.indexOf("://") > -1)
  94       {
  95         protocol = DataSourceType.URL;
  96       }
  97       else
  98       {
  99         // skipping codebase prepend check.
 100         protocol = DataSourceType.FILE;
 101       }
 102
 103       jalview.bin.Console.outPrintln("Trying to get contents of resource:");
 104       FileParse fp = new FileParse(file, protocol);
 105       if (fp.isValid())
 106       {
 107         String ln = null;
 108         while ((ln = fp.nextLine()) != null)
 109         {
 110           System.out.print(ln);
 111         }
 112         fp.close();
 113       }
 114       else
 115       {
 116         jalview.bin.Console.outPrintln("Resource at " + file
 117                 + " cannot be read with protocol==" + protocol);
 118         return;
 119       }
 120       FileFormatI format = FileFormats.getInstance()
 121               .forName(getParameter("format"));
 122       if (format == null)
 123       {
 124         format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 125         jalview.bin.Console.outPrintln("Format is " + format);
 126       }
 127       else
 128       {
 129         jalview.bin.Console
 130                 .outPrintln("User specified Format is " + format);
 131       }
 132       AlignmentI al = null;
 133       try
 134       {
 135         al = new AppletFormatAdapter().readFile(file, protocol, format);
 136       } catch (java.io.IOException ex)
 137       {
 138         jalview.bin.Console.errPrintln("Failed to open the file.");
 139         ex.printStackTrace();
 140       }
 141       if (al != null)
 142       {
 143         jalview.bin.Console.outPrintln(new AppletFormatAdapter()
 144                 .formatSequences(FileFormat.Fasta, al, false));
 145       }
 146     } catch (Exception e)
 147     {
 148       jalview.bin.Console.errPrintln("bailing out : Unexpected exception:");
 149       e.printStackTrace();
 150     }
 151   }
 152
 153 }