src/jalview/bin/JalviewLiteURLRetrieve.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  25 import jalview.io.DataSourceType;
  26 import jalview.io.FileFormat;
  27 import jalview.io.FileFormatI;
  28 import jalview.io.FileFormats;
  29 import jalview.io.FileParse;
  30 import jalview.io.IdentifyFile;
  31
  32 import java.applet.Applet;
  33 import java.io.InputStream;
  34
  35 public class JalviewLiteURLRetrieve extends Applet
  36 {
  37
  38   private static final long serialVersionUID = 1L;
  39
  40   /**
  41    * This is the default constructor
  42    */
  43   public JalviewLiteURLRetrieve()
  44   {
  45     super();
  46   }
  47
  48   /**
  49    * This method initializes this
  50    *
  51    * @return void
  52    */
  53   @Override
  54   public void init()
  55   {
  56     this.setSize(300, 200);
  57     String file = getParameter("file");
  58     if (file == null)
  59     {
  60       System.out
  61               .println("Specify a resource to read on the file parameter");
  62       return;
  63     }
  64     DataSourceType protocol = null;
  65     try
  66     {
  67       System.out.println("Loading thread started with:\n>>file\n" + file
  68               + ">>endfile");
  69       // This might throw a security exception in certain browsers
  70       // Netscape Communicator for instance.
  71       try
  72       {
  73         boolean rtn = false;
  74         InputStream is = getClass().getResourceAsStream("/" + file);
  75         if (is != null)
  76         {
  77           rtn = true;
  78           is.close();
  79         }
  80         System.err.println("Resource '" + file + "' was "
  81                 + (rtn ? "" : "not") + " located by classloader.");
  82         if (rtn)
  83         {
  84           protocol = DataSourceType.CLASSLOADER;
  85         }
  86
  87       } catch (Exception ex)
  88       {
  89         System.out.println(
  90                 "Exception checking resources: " + file + " " + ex);
  91       }
  92       if (file.indexOf("://") > -1)
  93       {
  94         protocol = DataSourceType.URL;
  95       }
  96       else
  97       {
  98         // skipping codebase prepend check.
  99         protocol = DataSourceType.FILE;
 100       }
 101
 102       System.out.println("Trying to get contents of resource:");
 103       FileParse fp = new FileParse(file, protocol);
 104       if (fp.isValid())
 105       {
 106         String ln = null;
 107         while ((ln = fp.nextLine()) != null)
 108         {
 109           System.out.print(ln);
 110         }
 111         fp.close();
 112       }
 113       else
 114       {
 115         System.out.println("Resource at " + file
 116                 + " cannot be read with protocol==" + protocol);
 117         return;
 118       }
 119       FileFormatI format = FileFormats.getInstance()
 120               .forName(getParameter("format"));
 121       if (format == null)
 122       {
 123         format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 124         System.out.println("Format is " + format);
 125       }
 126       else
 127       {
 128         System.out.println("User specified Format is " + format);
 129       }
 130       AlignmentI al = null;
 131       try
 132       {
 133         al = new AppletFormatAdapter().readFile(file, protocol, format);
 134       } catch (java.io.IOException ex)
 135       {
 136         System.err.println("Failed to open the file.");
 137         ex.printStackTrace();
 138       }
 139       if (al != null)
 140       {
 141         System.out.println(new AppletFormatAdapter()
 142                 .formatSequences(FileFormat.Fasta, al, false));
 143       }
 144     } catch (Exception e)
 145     {
 146       System.err.println("bailing out : Unexpected exception:");
 147       e.printStackTrace();
 148     }
 149   }
 150
 151 }