src/jalview/bin/JalviewLiteURLRetrieve.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  25 import jalview.io.FileParse;
  26 import jalview.io.IdentifyFile;
  27
  28 import java.applet.Applet;
  29 import java.io.InputStream;
  30
  31 public class JalviewLiteURLRetrieve extends Applet
  32 {
  33
  34   private static final long serialVersionUID = 1L;
  35
  36   /**
  37    * This is the default constructor
  38    */
  39   public JalviewLiteURLRetrieve()
  40   {
  41     super();
  42   }
  43
  44   /**
  45    * This method initializes this
  46    *
  47    * @return void
  48    */
  49   public void init()
  50   {
  51     this.setSize(300, 200);
  52     String file = getParameter("file");
  53     if (file == null)
  54     {
  55       System.out
  56               .println("Specify a resource to read on the file parameter");
  57       return;
  58     }
  59     String protocol = null;
  60     try
  61     {
  62       System.out.println("Loading thread started with:\n>>file\n" + file
  63               + ">>endfile");
  64       // This might throw a security exception in certain browsers
  65       // Netscape Communicator for instance.
  66       try
  67       {
  68         boolean rtn = false;
  69         InputStream is = getClass().getResourceAsStream("/" + file);
  70         if (is != null)
  71         {
  72           rtn = true;
  73           is.close();
  74         }
  75         System.err.println("Resource '" + file + "' was "
  76                 + (rtn ? "" : "not") + " located by classloader.");
  77         if (rtn)
  78         {
  79           protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
  80         }
  81
  82       } catch (Exception ex)
  83       {
  84         System.out.println("Exception checking resources: " + file + " "
  85                 + ex);
  86       }
  87       if (file.indexOf("://") > -1)
  88       {
  89         protocol = AppletFormatAdapter.URL;
  90       }
  91       else
  92       {
  93         // skipping codebase prepend check.
  94         protocol = AppletFormatAdapter.FILE;
  95       }
  96
  97       System.out.println("Trying to get contents of resource:");
  98       FileParse fp = new FileParse(file, protocol);
  99       if (fp.isValid())
 100       {
 101         String ln = null;
 102         while ((ln = fp.nextLine()) != null)
 103         {
 104           System.out.print(ln);
 105         }
 106         fp.close();
 107       }
 108       else
 109       {
 110         System.out.println("Resource at " + file
 111                 + " cannot be read with protocol==" + protocol);
 112         return;
 113       }
 114       String format = getParameter("format");
 115       if (format == null || format.length() == 0)
 116       {
 117         format = new IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 118         System.out.println("Format is " + format);
 119       }
 120       else
 121       {
 122         System.out.println("User specified Format is " + format);
 123       }
 124       AlignmentI al = null;
 125       try
 126       {
 127         al = new AppletFormatAdapter().readFile(file, protocol, format);
 128       } catch (java.io.IOException ex)
 129       {
 130         System.err.println("Failed to open the file.");
 131         ex.printStackTrace();
 132       }
 133       if (al != null)
 134       {
 135         System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences(
 136                 "FASTA", al, false));
 137       }
 138     } catch (Exception e)
 139     {
 140       System.err.println("bailing out : Unexpected exception:");
 141       e.printStackTrace();
 142     }
 143   }
 144
 145 }