src/jalview/ext/ensembl/EnsemblCdna.java

   1 package jalview.ext.ensembl;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   4 import jalview.io.gff.SequenceOntology;
   5
   6 import com.stevesoft.pat.Regex;
   7
   8 public class EnsemblCdna extends EnsemblSeqProxy
   9 {
  10   /*
  11    * fetch exon features on genomic sequence (to identify the cdnaregions)
  12    * and cds and variation features (to retain)
  13    */
  14   private static final EnsemblFeatureType[] FEATURES_TO_FETCH = {
  15       EnsemblFeatureType.exon, EnsemblFeatureType.cds,
  16       EnsemblFeatureType.variation };
  17
  18   public EnsemblCdna()
  19   {
  20     super();
  21   }
  22
  23   @Override
  24   public String getDbName()
  25   {
  26     return "ENSEMBL (CDNA)";
  27   }
  28
  29   @Override
  30   protected EnsemblSeqType getSourceEnsemblType()
  31   {
  32     return EnsemblSeqType.CDNA;
  33   }
  34
  35   @Override
  36   public Regex getAccessionValidator()
  37   {
  38     return new Regex("((ENST|ENSG|CCDS)[0-9.]{3,})");
  39   }
  40
  41   @Override
  42   protected EnsemblFeatureType[] getFeaturesToFetch()
  43   {
  44     return FEATURES_TO_FETCH;
  45   }
  46
  47   /**
  48    * Answers true unless the feature type is 'transcript' or 'exon' (or a
  49    * sub-type in the Sequence Ontology). These features are only retrieved in
  50    * order to identify the exon sequence loci, and are redundant information on
  51    * the exon sequence itself.
  52    */
  53   @Override
  54   protected boolean retainFeature(SequenceFeature sf, String accessionId)
  55   {
  56     SequenceOntology so = SequenceOntology.getInstance();
  57     String type = sf.getType();
  58
  59     if (isTranscript(type) || so.isA(type, SequenceOntology.EXON))
  60     {
  61       return false;
  62     }
  63     return featureMayBelong(sf, accessionId);
  64   }
  65
  66   /**
  67    * Answers true if the sequence feature type is 'exon' (or a subtype of exon
  68    * in the Sequence Ontology), and the Parent of the feature is the transcript
  69    * we are retrieving
  70    */
  71   @Override
  72   protected boolean identifiesSequence(SequenceFeature sf, String accId)
  73   {
  74     if (SequenceOntology.getInstance().isA(sf.getType(),
  75             SequenceOntology.EXON))
  76     {
  77       String parentFeature = (String) sf.getValue(PARENT);
  78       if (("transcript:" + accId).equals(parentFeature))
  79       {
  80         return true;
  81       }
  82     }
  83     return false;
  84   }
  85
  86 }