src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import jalview.io.*;\r
   5 import jalview.analysis.NJTree;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 \r
   9 public class AlignViewport\r
  10 {\r
  11   int startRes;\r
  12   int endRes;\r
  13 \r
  14   int startSeq;\r
  15   int endSeq;\r
  16 \r
  17   boolean showScores;\r
  18   boolean showText;\r
  19   boolean showColourText;\r
  20   boolean showBoxes;\r
  21   boolean wrapAlignment;\r
  22 \r
  23   boolean groupEdit    = false;\r
  24 \r
  25   RendererI renderer = new SequenceRenderer();\r
  26 \r
  27   int             charHeight;\r
  28   double          charWidth;\r
  29   int             chunkWidth;\r
  30   int             chunkHeight;\r
  31 \r
  32   Color           backgroundColour;\r
  33 \r
  34   Font            font = new Font("SansSerif",Font.PLAIN,10);\r
  35   AlignmentI      alignment;\r
  36 \r
  37   Selection       sel    = new Selection();\r
  38   ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();\r
  39 \r
  40   OutputGenerator og;\r
  41 \r
  42   String visibleConsensus;\r
  43 \r
  44   int threshold;\r
  45   int increment;\r
  46 \r
  47   NJTree currentTree = null;\r
  48 \r
  49   int window   = 50;\r
  50   int baseline = 30;\r
  51 \r
  52   Vector kmers;\r
  53 \r
  54   public AlignViewport(AlignmentI da,\r
  55                        boolean showScores,\r
  56                        boolean showText,\r
  57                        boolean showBoxes,\r
  58                        boolean wrapAlignment) {\r
  59     this(0,da.getWidth()-1,0,da.getHeight()-1,showScores,\r
  60          showText,\r
  61          showBoxes,\r
  62          wrapAlignment);\r
  63 \r
  64     setAlignment(da);\r
  65   }\r
  66 \r
  67   public AlignViewport(int startRes, int endRes,\r
  68                        int startSeq, int endSeq,\r
  69                        boolean showScores,\r
  70                        boolean showText,\r
  71                        boolean showBoxes,\r
  72                        boolean wrapAlignment) {\r
  73 \r
  74     this.startRes = startRes;\r
  75     this.endRes   = endRes;\r
  76     this.startSeq = startSeq;\r
  77     this.endSeq   = endSeq;\r
  78 \r
  79     this.showScores    = showScores;\r
  80     this.showText      = showText;\r
  81     this.showBoxes     = showBoxes;\r
  82     this.wrapAlignment = wrapAlignment;\r
  83 \r
  84    // og  = new AlignmentOutputGenerator(this);\r
  85 \r
  86     setFont( font );\r
  87  }\r
  88 \r
  89   public AlignViewport(int startRes, int endRes,\r
  90                        int startSeq, int endSeq,\r
  91                        boolean showScores,\r
  92                        boolean showText,\r
  93                        boolean showBoxes,\r
  94                        boolean wrapAlignment,\r
  95                        Color backgroundColour) {\r
  96     this(startRes,endRes,startSeq,endSeq,showScores,showText,showBoxes,wrapAlignment);\r
  97 \r
  98     this.backgroundColour = backgroundColour;\r
  99   }\r
 100 \r
 101 \r
 102   public String getVisibleConsensus()\r
 103   {\r
 104     return visibleConsensus;\r
 105   }\r
 106 \r
 107   Vector consensus = new Vector();\r
 108 \r
 109   public Vector getConsensus(boolean recalculate)\r
 110   {\r
 111     if(recalculate || consensus.size()<1)\r
 112     {\r
 113       consensus = alignment.getAAFrequency();\r
 114       StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 115       Hashtable hash = null;\r
 116       for (int i = 0; i < consensus.size(); i++)\r
 117       {\r
 118         hash = (Hashtable) consensus.elementAt(i);\r
 119         sb.append(hash.get("maxResidue").toString().charAt(0));\r
 120       }\r
 121       visibleConsensus = sb.toString();\r
 122     }\r
 123 \r
 124 \r
 125     return consensus;\r
 126   }\r
 127 \r
 128 \r
 129   public int getStartRes() {\r
 130     return startRes;\r
 131   }\r
 132 \r
 133   public int getEndRes() {\r
 134     return endRes;\r
 135   }\r
 136 \r
 137   public int getStartSeq() {\r
 138     return startSeq;\r
 139   }\r
 140 \r
 141 \r
 142   public void setStartRes(int res) {\r
 143     this.startRes = res;\r
 144   }\r
 145   public void setStartSeq(int seq) {\r
 146     this.startSeq = seq;\r
 147   }\r
 148   public void setEndRes(int res) {\r
 149     if (res > alignment.getWidth()-1) {\r
 150       System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " + (alignment.getWidth()-1));\r
 151        res = alignment.getWidth() -1;\r
 152     }\r
 153     if (res < 0) {\r
 154       res = 0;\r
 155     }\r
 156     this.endRes = res;\r
 157   }\r
 158   public void setEndSeq(int seq) {\r
 159     if (seq > alignment.getHeight()) {\r
 160       seq = alignment.getHeight();\r
 161     }\r
 162     if (seq < 0) {\r
 163       seq = 0;\r
 164     }\r
 165     this.endSeq = seq;\r
 166   }\r
 167   public int getEndSeq() {\r
 168     return endSeq;\r
 169   }\r
 170 \r
 171   public void setFont(Font f) {\r
 172     font = f;\r
 173     javax.swing.JFrame temp = new javax.swing.JFrame();\r
 174     temp.addNotify();\r
 175     java.awt.FontMetrics fm = temp.getGraphics().getFontMetrics(font);\r
 176     setCharHeight(fm.getHeight());\r
 177     setCharWidth(fm.charWidth('M'));\r
 178   }\r
 179 \r
 180   public Font getFont() {\r
 181     return font;\r
 182   }\r
 183   public void setCharWidth(double w) {\r
 184     this.charWidth = w;\r
 185   }\r
 186   public double getCharWidth() {\r
 187     return charWidth;\r
 188   }\r
 189   public void setCharHeight(int h) {\r
 190     this.charHeight = h;\r
 191   }\r
 192   public int getCharHeight() {\r
 193     return charHeight;\r
 194   }\r
 195   public void setChunkWidth(int w) {\r
 196     this.chunkWidth = w;\r
 197   }\r
 198   public int getChunkWidth() {\r
 199     return chunkWidth;\r
 200   }\r
 201   public void setChunkHeight(int h) {\r
 202     this.chunkHeight = h;\r
 203   }\r
 204   public int getChunkHeight() {\r
 205     return chunkHeight;\r
 206   }\r
 207   public AlignmentI getAlignment() {\r
 208     return alignment;\r
 209   }\r
 210   public void setAlignment(AlignmentI align) {\r
 211     this.alignment = align;\r
 212   }\r
 213   public void setShowScores(boolean state) {\r
 214     showScores = state;\r
 215   }\r
 216   public void setWrapAlignment(boolean state) {\r
 217     wrapAlignment = state;\r
 218   }\r
 219   public void setShowText(boolean state) {\r
 220     showText = state;\r
 221   }\r
 222 \r
 223   public boolean getColourText()\r
 224   {\r
 225     return showColourText;\r
 226   }\r
 227 \r
 228   public void setColourText(boolean state)\r
 229   {\r
 230     showColourText = state;\r
 231   }\r
 232 \r
 233   public void setShowBoxes(boolean state) {\r
 234     showBoxes = state;\r
 235   }\r
 236   public boolean getShowScores() {\r
 237     return showScores;\r
 238   }\r
 239   public boolean getWrapAlignment() {\r
 240       return wrapAlignment;\r
 241   }\r
 242   public boolean getShowText() {\r
 243     return showText;\r
 244   }\r
 245   public boolean getShowBoxes() {\r
 246     return showBoxes;\r
 247   }\r
 248  // public CommandParser getCommandLog() {\r
 249  ///   return log;\r
 250  // }\r
 251   public boolean getGroupEdit() {\r
 252     return groupEdit;\r
 253   }\r
 254   public void setGroupEdit(boolean state) {\r
 255     groupEdit = state;\r
 256   }\r
 257   public String getGapCharacter() {\r
 258     return getAlignment().getGapCharacter();\r
 259   }\r
 260   public void setGapCharacter(String gap) {\r
 261     if (getAlignment() != null) {\r
 262       getAlignment().setGapCharacter(gap);\r
 263     }\r
 264   }\r
 265   public void setThreshold(int thresh) {\r
 266     threshold = thresh;\r
 267   }\r
 268   public int getThreshold() {\r
 269     return threshold;\r
 270   }\r
 271   public void setIncrement(int inc) {\r
 272     increment = inc;\r
 273   }\r
 274   public int getIncrement() {\r
 275     return increment;\r
 276   }\r
 277   public int getIndex(int y) {\r
 278     int y1     = 0;\r
 279     int starty = getStartSeq();\r
 280     int endy   = getEndSeq();\r
 281 \r
 282     for (int i = starty; i <= endy; i++) {\r
 283       if (i < alignment.getHeight() && alignment.getSequenceAt(i) != null) {\r
 284         int y2 = y1 + getCharHeight();\r
 285 \r
 286         if (y>=y1 && y <=y2) {\r
 287           return i;\r
 288         }\r
 289         y1  = y2;\r
 290       } else {\r
 291         return -1;\r
 292       }\r
 293     }\r
 294     return -1;\r
 295   }\r
 296   public Selection getSelection() {\r
 297     return sel;\r
 298   }\r
 299   public ColumnSelection getColumnSelection() {\r
 300     return colSel;\r
 301   }\r
 302   public OutputGenerator getOutputGenerator() {\r
 303     return og;\r
 304   }\r
 305   public void resetSeqLimits(int height) {\r
 306     setStartSeq(0);\r
 307     setEndSeq(height/getCharHeight());\r
 308   }\r
 309   public void setCurrentTree(NJTree tree) {\r
 310       currentTree = tree;\r
 311   }\r
 312   public NJTree getCurrentTree() {\r
 313     return currentTree;\r
 314   }\r
 315 \r
 316     public void setRenderer(RendererI rend) {\r
 317         this.renderer = rend;\r
 318     }\r
 319 \r
 320     public RendererI getRenderer() {\r
 321         return renderer;\r
 322     }\r
 323     public int getPIDWindow() {\r
 324         return window;\r
 325     }\r
 326     public void setPIDWindow(int window) {\r
 327         this.window = window;\r
 328     }\r
 329 \r
 330     public int getPIDBaseline() {\r
 331         return baseline;\r
 332     }\r
 333     public void setPIDBaseline(int baseline) {\r
 334         this.baseline = baseline;\r
 335     }\r
 336 \r
 337     public void setKmers(Vector kmers) {\r
 338         this.kmers = kmers;\r
 339     }\r
 340 \r
 341     public Vector getKmers() {\r
 342         return this.kmers;\r
 343     }\r
 344 \r
 345 \r
 346 }\r