src/jalview/gui/FeatureRenderer.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import java.awt.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 \r
   8 public class FeatureRenderer implements RendererI {\r
   9 \r
  10 \r
  11     public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i) {\r
  12         Color c = cs.findColour(seq,seq.getSequence(i,i+1),i,null);\r
  13         return c;\r
  14     }\r
  15 \r
  16     public void drawSequence(Graphics g,ColourSchemeI cs,SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, double width, int height,boolean showScores, boolean displayBoxes, boolean displayText,Vector pid, int seqnum,AlignViewport av) {\r
  17 \r
  18         int i      = start;\r
  19         int length = seq.getLength();\r
  20 \r
  21         Color currentColor = Color.black;\r
  22 \r
  23 \r
  24         int    prev   = -1;\r
  25         int    fstart = 0;\r
  26         char   prevc   = '-';\r
  27 \r
  28         g.setColor(Color.magenta);\r
  29 \r
  30         while (i <= end && i < length) {\r
  31             char c = seq.getCharAt(i);\r
  32             if (c != '-') {\r
  33 \r
  34               if (prevc != c) {\r
  35 \r
  36                 if (prevc == 'F') {\r
  37                   g.setColor(Color.green);\r
  38                 } else if (prevc == 'R') {\r
  39                   g.setColor(Color.cyan);\r
  40                 } else if (prevc == 'M') {\r
  41                   g.setColor(Color.magenta);\r
  42                 } else if (prevc == 'P') {\r
  43                   g.setColor(Color.yellow);\r
  44                 }\r
  45                 g.fillRect(x1+(int)(width*(i-fstart)),y1+height/4,(int)((prev-fstart+1)*width),height/2);\r
  46 \r
  47                 prevc   = c;\r
  48                 fstart = i;\r
  49             }\r
  50           } else if (prevc != '-') {\r
  51                 if (prevc == 'F') {\r
  52                   g.setColor(Color.green);\r
  53                 } else if (prevc == 'R') {\r
  54                   g.setColor(Color.cyan);\r
  55                 } else if (prevc == 'M') {\r
  56                   g.setColor(Color.magenta);\r
  57                 } else if (prevc == 'P') {\r
  58                   g.setColor(Color.yellow);\r
  59                 }\r
  60                 g.fillRect(x1+(int)(width*(fstart-start)),y1+height/4,(int)((i-fstart+1)*width),height/2);\r
  61 \r
  62                 prevc = c;\r
  63           } else {\r
  64             fstart = -1;\r
  65           }\r
  66             i++;\r
  67         }\r
  68 \r
  69         if (fstart != -1) {\r
  70         if (prevc == 'F') {\r
  71           g.setColor(Color.green);\r
  72         } else if (prevc == 'R') {\r
  73           g.setColor(Color.cyan);\r
  74         } else if (prevc == 'M') {\r
  75           g.setColor(Color.magenta);\r
  76         } else if (prevc == 'P') {\r
  77           g.setColor(Color.yellow);\r
  78         }\r
  79 \r
  80         //g.fillRect(x1+(int)(width*(fstart-start)),y1+height/4,(int)((end-fstart+1)*width),height/2);\r
  81 \r
  82         }\r
  83     }\r
  84 \r
  85 }\r