src/jalview/gui/Selection.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 \r
   5 import java.util.*;\r
   6 \r
   7 public class Selection {\r
   8   Vector selected = new Vector();\r
   9 \r
  10   public void addElement(DrawableSequence seq) {\r
  11     addElement((SequenceI)seq);\r
  12   }\r
  13   public void addElement(SequenceI seq) {\r
  14     selected.addElement(seq);\r
  15   }\r
  16 \r
  17   public void removeElement(DrawableSequence seq) {\r
  18     removeElement((SequenceI)seq);\r
  19   }\r
  20 \r
  21   public void clear() {\r
  22     selected.removeAllElements();\r
  23   }\r
  24 \r
  25   public void removeElement(SequenceI seq) {\r
  26     if (selected.contains(seq)) {\r
  27       selected.removeElement(seq);\r
  28     } else {\r
  29       System.err.println("WARNING: Tried to remove SequenceI NOT in Selection");\r
  30     }\r
  31   }\r
  32 \r
  33   public boolean contains(DrawableSequence seq) {\r
  34     return contains((SequenceI)seq);\r
  35   }\r
  36   public boolean contains(SequenceI seq) {\r
  37     return selected.contains(seq);\r
  38   }\r
  39 \r
  40   public SequenceI sequenceAt(int i) {\r
  41     return (SequenceI)selected.elementAt(i);\r
  42   }\r
  43 \r
  44   public int size() {\r
  45     return selected.size();\r
  46   }\r
  47 \r
  48   public Vector asVector() {\r
  49     return selected;\r
  50   }\r
  51 \r
  52   public void selectAll(AlignmentI align) {\r
  53     for (int i=0;i<align.getSequences().size();i++) {\r
  54       SequenceI seq = align.getSequenceAt(i);\r
  55       if (!contains(seq)) {\r
  56         addElement(seq);\r
  57       }\r
  58     }\r
  59   }\r
  60 }\r