src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 \r
   9 \r
  10 public class SeqPanel extends JPanel\r
  11 {\r
  12 \r
  13   public    AlignmentI        align;\r
  14   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  15   public    AlignmentPanel    parent;\r
  16 \r
  17   protected int startres;\r
  18   protected int lastres;\r
  19   protected int endres;\r
  20 \r
  21   protected int startseq;\r
  22   protected int padseq;\r
  23 \r
  24   public    boolean editFlag;\r
  25   protected AlignViewport av;\r
  26 \r
  27   public SeqPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel p) {\r
  28     this.av         = av;\r
  29     this.align      = av.getAlignment();\r
  30 \r
  31     seqCanvas  = new SeqCanvas(av);\r
  32     setLayout(new BorderLayout());\r
  33     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  34 \r
  35     parent = p;\r
  36 \r
  37     addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  38     {\r
  39       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  40       {  doMouseMoved(evt);   }\r
  41       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  42       { doMouseDragged(evt);  }\r
  43     });\r
  44 \r
  45     addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  46     {\r
  47       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  48       { doMouseReleased(evt);  }\r
  49       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  50       { doMousePressed(evt);   }\r
  51 \r
  52     });\r
  53     repaint();\r
  54   }\r
  55 \r
  56 \r
  57   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
  58 \r
  59     int x = evt.getX();\r
  60       int res = (int)(x/av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
  61 \r
  62       endres = res;\r
  63 \r
  64       // This is to detect edits - we're at the end of an edit if mouse is up\r
  65       editFlag = false;\r
  66       startseq = -1;\r
  67       startres = -1;\r
  68       lastres  = -1;\r
  69 \r
  70     parent.RefreshPanels();\r
  71     repaint();\r
  72 \r
  73   }\r
  74 \r
  75   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
  76     int seq;\r
  77     int res;\r
  78 \r
  79     int x = evt.getX();\r
  80     int y = evt.getY();\r
  81 \r
  82     res = (int)(x/av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
  83     seq = (y)/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
  84 \r
  85     if (seq < align.getHeight() && res < align.getSequenceAt(seq).getLength())\r
  86     {\r
  87       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
  88       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
  89       // in the alignment\r
  90 \r
  91       startseq = seq;\r
  92 \r
  93       if (startseq == (align.getHeight()-1)) {\r
  94         padseq = 1;\r
  95       } else {\r
  96         padseq = 1;\r
  97       }\r
  98 \r
  99       startres = res;\r
 100       lastres = res;\r
 101 \r
 102       } else {\r
 103       startseq = -1;\r
 104       startres = -1;\r
 105       lastres = -1;\r
 106     }\r
 107 \r
 108     return;\r
 109   }\r
 110 \r
 111   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 112   {\r
 113 \r
 114     int res = (int)(evt.getX()/av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 115     int seq = (evt.getY())/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 116     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 117       return;\r
 118 \r
 119     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getCharAt(res)+"" ) ;\r
 120     String aa = "";\r
 121     if(obj!=null)\r
 122          aa = obj.toString();\r
 123 \r
 124     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence ID: "+av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName());\r
 125     if(aa!="")\r
 126       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 127 \r
 128     parent.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 129 \r
 130   }\r
 131 \r
 132   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 133     // If we're dragging we're editing\r
 134     editFlag = true;\r
 135 \r
 136     int x = evt.getX();\r
 137 \r
 138     int res = (int)(x/av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 139     if (res < 0) {res = 0;}\r
 140 \r
 141     if (res  != lastres) {\r
 142       if (startseq != -1) {\r
 143 \r
 144         // Group editing\r
 145         if (av.getGroupEdit()) {\r
 146           SequenceGroup sg = align.findGroup(startseq);\r
 147 \r
 148           if (res < align.getWidth() && res < lastres) {\r
 149             boolean flag = false;\r
 150             for (int i= 0 ; i < sg.getSize(); i++) {\r
 151               SequenceI s = (SequenceI)sg.getSequenceAt(i);\r
 152               for (int j=lastres-1; j >= res; j--) {\r
 153                 if (!flag) {\r
 154                   if (!s.getSequence().substring(j,j+1).equals(align.getGapCharacter()) &&\r
 155                       !s.getSequence().substring(j,j+1).equals(" ")) {\r
 156                     res = j+1;\r
 157                     System.out.print("\07");\r
 158                     System.out.flush();\r
 159                     flag = true;\r
 160                   }\r
 161                 }\r
 162               }\r
 163             }\r
 164           }\r
 165 \r
 166           for (int i= 0 ; i < sg.getSize(); i++)\r
 167           {\r
 168             SequenceI s = (SequenceI)sg.getSequenceAt(i);\r
 169             boolean found = false;\r
 170             int sno = -1;\r
 171             for (int k = 0; k < align.getHeight(); k++)\r
 172             {\r
 173               if (align.getSequenceAt(k) == s)\r
 174               {\r
 175                 found = true;\r
 176                 sno = k;\r
 177                 break;\r
 178               }\r
 179             }\r
 180             if (found && sno != -1) {\r
 181               if (res < align.getWidth() && res > lastres)\r
 182               {\r
 183                 for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 184                   insertChar(j,sno);\r
 185 \r
 186                 int index = align.findIndex(s);\r
 187                 if (index != -1)\r
 188                   drawChars(index,index+1,lastres);\r
 189 \r
 190 \r
 191               } else if (res < align.getWidth() && res < lastres)\r
 192               {\r
 193                 for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 194                 {\r
 195                   deleteChar(j,res,sno);\r
 196                   startres = res;\r
 197                 }\r
 198                 int index = align.findIndex(s);\r
 199                 if (index != -1)\r
 200                   drawChars(index,index+1,res);\r
 201 \r
 202               }\r
 203             }\r
 204 \r
 205           }\r
 206           lastres = res;\r
 207         } else {\r
 208 \r
 209 \r
 210           if (res < align.getWidth() && res > lastres) {\r
 211             // dragging to the right\r
 212             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 213             {\r
 214               insertChar(j,startseq);\r
 215             }\r
 216             drawChars(startseq,startseq+1,lastres);\r
 217 \r
 218           } else if (res < align.getWidth() && res < lastres) {\r
 219 \r
 220             // dragging to the left\r
 221             for (int j = res; j < lastres; j++) {\r
 222               deleteChar(j,res,startseq);\r
 223               startres = res;\r
 224             }\r
 225             drawChars(startseq,startseq+1,res);\r
 226           }\r
 227         }\r
 228       }\r
 229       lastres = res;\r
 230     }\r
 231 \r
 232     repaint();\r
 233     return;\r
 234   }\r
 235 \r
 236   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 237     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 238     repaint();\r
 239   }\r
 240 \r
 241   public void insertChar(int j, int seq)\r
 242   {\r
 243     align.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter().charAt(0));\r
 244   }\r
 245 \r
 246   public void deleteChar(int j, int res, int sno)\r
 247   {\r
 248 \r
 249     if (align.getSequenceAt(sno).getSequence().substring(j,j+1).equals(".") ||\r
 250         align.getSequenceAt(sno).getSequence().substring(j,j+1).equals("-") ||\r
 251         align.getSequenceAt(sno).getSequence().substring(j,j+1).equals(" ") )\r
 252     {\r
 253         align.getSequenceAt(sno).deleteCharAt(j);\r
 254     }\r
 255 \r
 256     align.getWidth();\r
 257     repaint();\r
 258   }\r
 259 \r
 260   public void setColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 261   {\r
 262    seqCanvas.cs = cs;\r
 263    seqCanvas.paintFlag = true;\r
 264    repaint();\r
 265   }\r
 266 \r
 267   public ColourSchemeI getColourScheme()\r
 268   {\r
 269     return seqCanvas.cs;\r
 270   }\r
 271 \r
 272 \r
 273 }\r
 274 \r
 275 \r
 276 \r
 277 \r