src/jalview/gui/TreePanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.jbgui.GTreePanel;\r
   6 import jalview.io.*;\r
   7 import java.awt.event.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 import java.io.*;\r
  10 import jalview.util.*;\r
  11 import javax.swing.*;\r
  12 \r
  13 \r
  14 public class TreePanel extends GTreePanel\r
  15 {\r
  16   SequenceI[] seq;\r
  17   String type;\r
  18   String pwtype;\r
  19   AlignViewport av;\r
  20   int start;\r
  21   int end;\r
  22   TreeCanvas treeCanvas;\r
  23   NJTree tree;\r
  24 \r
  25   FileProperties       fp;\r
  26   PostscriptProperties pp;\r
  27 \r
  28   PrintWriter bw;\r
  29   PrintStream ps;\r
  30   boolean makeString = false;\r
  31   StringBuffer out;\r
  32 \r
  33 \r
  34 \r
  35   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type, String pwtype, int s, int e)\r
  36   {\r
  37     super();\r
  38 \r
  39     this.type = type;\r
  40     this.pwtype = pwtype;\r
  41 \r
  42     start = s;\r
  43     end = e;\r
  44 \r
  45     String longestName = "";\r
  46     seq = new Sequence [seqVector.size()];\r
  47     for (int i=0;i < seqVector.size();i++)\r
  48     {\r
  49       seq[i] = (Sequence) seqVector.elementAt(i);\r
  50       if(seq[i].getName().length()>longestName.length())\r
  51         longestName = seq[i].getName();\r
  52     }\r
  53 \r
  54     tree = new NJTree(seq, type, pwtype, start, end);\r
  55     av.setCurrentTree(tree);\r
  56 \r
  57     propertiesInit();\r
  58 \r
  59     treeCanvas = new TreeCanvas(av, tree, scrollPane, longestName);\r
  60 \r
  61     tree.reCount(tree.getTopNode());\r
  62     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  63     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);\r
  64 \r
  65   }\r
  66 \r
  67 \r
  68 public void drawPostscript(PostscriptProperties pp) {\r
  69   try {\r
  70     int width = 0;\r
  71     int height = 0;\r
  72 \r
  73     printout("%!\n");\r
  74 \r
  75     printout("/" + pp.font + " findfont\n");\r
  76     printout(pp.fsize + " scalefont setfont\n");\r
  77 \r
  78     int offx = pp.xoffset;\r
  79     int offy = pp.yoffset;\r
  80 \r
  81     if (pp.orientation == PostscriptProperties.PORTRAIT) {\r
  82       width = PostscriptProperties.SHORTSIDE;\r
  83       height = PostscriptProperties.LONGSIDE;\r
  84     } else {\r
  85       height = PostscriptProperties.SHORTSIDE;\r
  86       width = PostscriptProperties.LONGSIDE;\r
  87       printout(height + " 0 translate\n90 rotate\n");\r
  88     }\r
  89     float wscale = (float)(width*.8-offx*2)/tree.getMaxHeight();\r
  90     SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
  91 \r
  92     if (top.count == 0) {\r
  93         top.count = ((SequenceNode)top.left()).count + ((SequenceNode)top.right()).count ;\r
  94     }\r
  95 \r
  96     float chunk = (float)(height-offy*2)/(((SequenceNode)top).count+1);\r
  97 \r
  98     drawPostscriptNode(top,chunk,wscale,width,offx,offy);\r
  99 \r
 100     printout("showpage\n");\r
 101   } catch (java.io.IOException e) {\r
 102     System.out.println("Exception " + e);\r
 103   }\r
 104 }\r
 105 \r
 106 public void drawPostscriptNode(SequenceNode node, float chunk, float scale, int width, int offx, int offy) throws java.io.IOException {\r
 107   if (node == null) {\r
 108     return;\r
 109   }\r
 110 \r
 111   if (node.left() == null && node.right() == null) {\r
 112     // Drawing leaf node\r
 113 \r
 114     float height = node.height;\r
 115     float dist = node.dist;\r
 116 \r
 117     int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
 118     int xend =   (int)(height*scale) + offx;\r
 119 \r
 120     int ypos = (int)(node.ycount * chunk) + offy;\r
 121 \r
 122     // g.setColor(Color.black);\r
 123     printout("\n" + new Format("%5.3f").form((double)node.color.getRed()/255) + " " +\r
 124              new Format("%5.3f").form((double)node.color.getGreen()/255) + " " +\r
 125              new Format("%5.3f").form((double)node.color.getBlue()/255) + " setrgbcolor\n");\r
 126 \r
 127     // Draw horizontal line\r
 128     //  g.drawLine(xstart,ypos,xend,ypos);\r
 129     printout(xstart + " " + ypos + " moveto " + xend + " " + ypos + " lineto stroke \n");\r
 130 \r
 131     if (treeCanvas.showDistances && node.dist > 0) {\r
 132       //        g.drawString(new Format("%5.2f").form(node.dist),xstart,ypos - 5);\r
 133       printout("(" + new Format("%5.2f").form(node.dist) + ") " + xstart + " " + (ypos+5) + " moveto show\n");\r
 134     }\r
 135     //g.drawString((String)node.element(),xend+20,ypos);\r
 136     printout("(" + (((SequenceI)node.element()).getName()) + ") " + (xend+20) + " " + (ypos) + " moveto show\n");\r
 137   } else {\r
 138     drawPostscriptNode((SequenceNode)node.left(),chunk,scale,width,offx,offy);\r
 139     drawPostscriptNode((SequenceNode)node.right(),chunk,scale,width,offx,offy);\r
 140 \r
 141 \r
 142     float height = node.height;\r
 143     float dist = node.dist;\r
 144 \r
 145     int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
 146     int xend =   (int)(height*scale) + offx;\r
 147     int ypos = (int)(node.ycount * chunk) + offy;\r
 148 \r
 149     printout("\n" + new Format("%5.3f").form((double)node.color.getRed()/255) + " " +\r
 150              new Format("%5.3f").form((double)node.color.getGreen()/255) + " " +\r
 151              new Format("%5.3f").form((double)node.color.getBlue()/255) + " setrgbcolor\n");\r
 152     //      g.setColor(Color.black);\r
 153     //      bw.append("\nblack setrgbcolor\n");\r
 154     // Draw horizontal line\r
 155     //      g.drawLine(xstart,ypos,xend,ypos);\r
 156     printout(xstart + " " + ypos + " moveto " + xend + " " + ypos + " lineto stroke\n");\r
 157     int ystart = (int)(((SequenceNode)node.left()).ycount * chunk) + offy;\r
 158     int yend = (int)(((SequenceNode)node.right()).ycount * chunk) + offy;\r
 159 \r
 160     //      g.drawLine((int)(height*scale) + offx, ystart,\r
 161     //           (int)(height*scale) + offx, yend);\r
 162     printout\r
 163     (((int)(height*scale) + offx) + " " + ystart + " moveto " +  ((int)(height*scale) + offx) + " " +\r
 164      yend + " lineto stroke\n");\r
 165     if (treeCanvas.showDistances && node.dist > 0) {\r
 166       //        g.drawString(new Format("%5.2f").form(node.dist),xstart,ypos - 5);\r
 167       printout("(" +new Format("%5.2f").form(node.dist) + ") " + (xstart) + " " + (ypos+5) + " moveto show\n");\r
 168     }\r
 169   }\r
 170 }\r
 171 \r
 172 public void printout(String s) throws IOException {\r
 173   if (bw != null) {\r
 174     bw.write(s);\r
 175   }\r
 176   if (ps != null) {\r
 177     ps.print(s);\r
 178   }\r
 179   if (makeString == true) {\r
 180     out.append(s);\r
 181   }\r
 182 }\r
 183 \r
 184 \r
 185 public PostscriptProperties getPostscriptProperties() {\r
 186   return pp;\r
 187 }\r
 188 \r
 189 public FileProperties getFileProperties() {\r
 190   return fp;\r
 191 }\r
 192 \r
 193 public void setPostscriptProperties(PostscriptProperties pp) {\r
 194   this.pp = pp;\r
 195 }\r
 196 \r
 197 public void setFileProperties(FileProperties fp) {\r
 198   this.fp = fp;\r
 199 }\r
 200 \r
 201 public String getText(String format) {\r
 202   return null;\r
 203 }\r
 204 \r
 205 public void getPostscript(PrintWriter bw) {\r
 206   this.bw = bw;\r
 207   drawPostscript(pp);\r
 208 \r
 209 }\r
 210 \r
 211 public void getPostscript(PrintStream bw) {\r
 212   this.ps = bw;\r
 213   drawPostscript(pp);\r
 214   bw.flush();\r
 215 }\r
 216 \r
 217 public StringBuffer getPostscript() {\r
 218   makeString = true;\r
 219   out = new StringBuffer();\r
 220   drawPostscript(pp);\r
 221   return out;\r
 222 }\r
 223 \r
 224 public void propertiesInit() {\r
 225   this.pp = new PostscriptProperties();\r
 226   this.fp = new FileProperties();\r
 227 }\r
 228 \r
 229 \r
 230   public void saveButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 231   {\r
 232 \r
 233     try{\r
 234       JFileChooser chooser = new JFileChooser(jalview.bin.Cache.LAST_DIRECTORY);\r
 235       chooser.setDialogTitle("Save Tree as postscript file");\r
 236       chooser.setToolTipText("Save");\r
 237       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 238       if (value == JFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 239       {\r
 240         String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 241         jalview.bin.Cache.LAST_DIRECTORY = choice;\r
 242 \r
 243         bw = new PrintWriter(new FileWriter(choice));\r
 244         getPostscript(bw);\r
 245         bw.close();\r
 246 \r
 247       }\r
 248 \r
 249     }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
 250 \r
 251   }\r
 252 \r
 253   public void showDistanceCheckbox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 254   {\r
 255     treeCanvas.setShowDistances(showDistanceCheckbox.isSelected());\r
 256   }\r
 257 \r
 258   public void fontSizeCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 259   {\r
 260     if( treeCanvas==null )\r
 261      return;\r
 262 \r
 263     int size = Integer.parseInt( fontSizeCombobox.getSelectedItem().toString() );\r
 264         treeCanvas.setFontSize( size );\r
 265 \r
 266     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);\r
 267   }\r
 268 \r
 269   public void bootStrapCheckBox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 270   {\r
 271     treeCanvas.setShowBootstrap(bootStrapCheckBox.isSelected());\r
 272   }\r
 273 \r
 274 }\r