src/jalview/io/PfamFile.java

   1 package jalview.io;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.util.*;\r
   5 \r
   6 import java.io.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 \r
   9 public class PfamFile extends AlignFile {\r
  10 \r
  11   Vector ids;\r
  12 \r
  13   public PfamFile()\r
  14   {}\r
  15 \r
  16   public PfamFile(String inStr) {\r
  17     super(inStr);\r
  18   }\r
  19 \r
  20   public void initData() {\r
  21     super.initData();\r
  22     ids = new Vector();\r
  23   }\r
  24 \r
  25   public PfamFile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  26     super(inFile,type);\r
  27   }\r
  28 \r
  29   public void parse() throws IOException{\r
  30     int i = 0;\r
  31     String line;\r
  32 \r
  33 \r
  34     Hashtable seqhash = new Hashtable();\r
  35     Vector    headers = new Vector();\r
  36 \r
  37 \r
  38       while ((line = nextLine()) != null)\r
  39       {\r
  40 \r
  41       if (line.indexOf(" ") != 0)\r
  42       {\r
  43         if (line.indexOf("#") != 0)\r
  44         {\r
  45 \r
  46           StringTokenizer str = new StringTokenizer(line," ");\r
  47           String id = "";\r
  48 \r
  49           if (str.hasMoreTokens())\r
  50           {\r
  51             id = str.nextToken();\r
  52 \r
  53             StringBuffer tempseq;\r
  54 \r
  55             if (seqhash.containsKey(id))\r
  56               tempseq = (StringBuffer)seqhash.get(id);\r
  57            else\r
  58            {\r
  59               tempseq = new StringBuffer();\r
  60               seqhash.put(id,tempseq);\r
  61             }\r
  62 \r
  63             if (!(headers.contains(id)))\r
  64               headers.addElement(id);\r
  65 \r
  66 \r
  67             tempseq.append(str.nextToken());\r
  68           }\r
  69         }\r
  70       }\r
  71     }\r
  72 \r
  73     this.noSeqs = headers.size();\r
  74     if(noSeqs<1)\r
  75       throw new IOException("No sequences found (PFAM input)");\r
  76 \r
  77     for (i = 0; i < headers.size(); i++ ) {\r
  78 \r
  79       if ( seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null) {\r
  80         if (maxLength <  seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length() )\r
  81           maxLength =  seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length();\r
  82 \r
  83         String head =  headers.elementAt(i).toString();\r
  84         int start = 1;\r
  85         int end =  seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length();\r
  86 \r
  87         if (head.indexOf("/") > 0 ) {\r
  88           StringTokenizer st = new StringTokenizer(head,"/");\r
  89           if (st.countTokens() == 2) {\r
  90             ids.addElement(st.nextToken());\r
  91             String tmp = st.nextToken();\r
  92             st = new StringTokenizer(tmp,"-");\r
  93             if (st.countTokens() == 2) {\r
  94               start = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
  95               end = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
  96             } else\r
  97             {\r
  98               start = -1;\r
  99               end = -1;\r
 100             }\r
 101           } else\r
 102             ids.addElement(headers.elementAt(i));\r
 103 \r
 104         }\r
 105         else\r
 106           ids.addElement(headers.elementAt(i));\r
 107 \r
 108 \r
 109         Sequence newSeq = null;\r
 110         if (start != -1 && end != -1)\r
 111         {\r
 112           newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
 113                                          seqhash.get(headers.elementAt(i).toString()).toString(),start,end);\r
 114           seqs.addElement(newSeq);\r
 115         }\r
 116         else\r
 117         {\r
 118           newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
 119                                          seqhash.get(headers.elementAt(i).toString()).toString(),1,\r
 120                                          seqhash.get(headers.elementAt(i).toString()).toString().length());\r
 121           seqs.addElement(newSeq);\r
 122         }\r
 123 \r
 124         if(!isValidProteinSequence(newSeq.getSequence()))\r
 125           throw new IOException("Not a valid protein sequence - (PFAM input)");\r
 126       }\r
 127       else\r
 128         System.out.println("Can't find sequence for " + headers.elementAt(i));\r
 129 \r
 130     }\r
 131 \r
 132   }\r
 133 \r
 134   public static String print(SequenceI[] s) {\r
 135     StringBuffer out = new StringBuffer("");\r
 136 \r
 137     int max = 0;\r
 138     int maxid = 0;\r
 139 \r
 140     int i = 0;\r
 141 \r
 142     while (i < s.length && s[i] != null) {\r
 143       String tmp = s[i].getName() + "/" + s[i].getStart()+ "-" + s[i].getEnd();\r
 144 \r
 145       if (s[i].getSequence().length() > max) {\r
 146         max = s[i].getSequence().length();\r
 147       }\r
 148       if (tmp.length() > maxid) {\r
 149         maxid = tmp.length();\r
 150       }\r
 151       i++;\r
 152     }\r
 153 \r
 154     if (maxid < 15) {\r
 155       maxid = 15;\r
 156     }\r
 157 \r
 158     int j = 0;\r
 159     while ( j < s.length && s[j] != null) {\r
 160       out.append( new Format("%-" + maxid + "s").form(s[j].getName() + "/" + s[j].getStart() + "-" + s[j].getEnd() ) + " ");\r
 161 \r
 162       out.append(s[j].getSequence() + "\n");\r
 163       j++;\r
 164     }\r
 165     out.append("\n");\r
 166 \r
 167     return out.toString();\r
 168   }\r
 169 \r
 170   public String print() {\r
 171     return print(getSeqsAsArray());\r
 172   }\r
 173 }\r