src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequencePojo.java

   1 package jalview.json.binding.biojson.v1;
   2
   3 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
   4
   5 public class SequencePojo
   6 {
   7   @Attributes(
   8     required = true,
   9     minLength = 3,
  10     maxLength = 2147483647,
  11     description = "Sequence residue characters. An aligned sequence may contain <br>one of the following gap characters “.”, “-” or “ ”")
  12   private String seq;
  13
  14   @Attributes(required = true, description = "Sequence name")
  15   private String name;
  16
  17   @Attributes(required = false, description = "Sequence type", enums = {
  18       "DNA", "RNA", "Protein" })
  19   private String type;
  20
  21   @Attributes(
  22     required = true,
  23     description = "Unique identifier for a given Sequence")
  24   private String id;
  25
  26   @Attributes(
  27     required = false,
  28     description = "The order/position of a sequence in the alignment space")
  29   private int order;
  30
  31   @Attributes(
  32     required = true,
  33     description = "The index of the sequence’s first residue in its source database, <br>using a one-based numbering index system")
  34   private int start;
  35
  36   @Attributes(
  37     required = true,
  38     description = "The index of the sequence’s last residue in its source database, <br>using a one-based numbering index system")
  39   private int end;
  40
  41   public SequencePojo()
  42   {
  43   }
  44
  45   public SequencePojo(int start, int end, String id, String name, String seq)
  46   {
  47     this.id = id;
  48     this.name = name;
  49     this.seq = seq;
  50   }
  51
  52   public String getSeq()
  53   {
  54     return seq;
  55   }
  56
  57   public void setSeq(String seq)
  58   {
  59     this.seq = seq;
  60   }
  61
  62   public String getName()
  63   {
  64
  65     return name;
  66   }
  67
  68   public void setName(String name)
  69   {
  70     this.name = name;
  71   }
  72
  73   public String getId()
  74   {
  75     return id;
  76   }
  77
  78   public void setId(String id)
  79   {
  80     this.id = id;
  81   }
  82
  83   public int getStart()
  84   {
  85     return start;
  86   }
  87
  88   public void setStart(int start)
  89   {
  90     this.start = start;
  91   }
  92
  93   public int getEnd()
  94   {
  95     return end;
  96   }
  97
  98   public void setEnd(int end)
  99   {
 100     this.end = end;
 101   }
 102
 103   public int getOrder()
 104   {
 105     return order;
 106   }
 107
 108   public void setOrder(int order)
 109   {
 110     this.order = order;
 111   }
 112
 113   public String getType()
 114   {
 115     return type;
 116   }
 117
 118   public void setType(String type)
 119   {
 120     this.type = type;
 121   }
 122
 123 }