src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequencePojo.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.json.binding.biojson.v1;
  22
  23 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
  24
  25 public class SequencePojo
  26 {
  27   @Attributes(
  28     required = true,
  29     minLength = 3,
  30     maxLength = 2147483647,
  31     description = "Sequence residue characters. An aligned sequence may contain <br>one of the following gap characters &#x201c;.&#x201d;, &#x201c;-&#x201d; or &#x201c;&nbsp;&#x201d;")
  32   private String seq;
  33
  34   @Attributes(required = true, description = "Sequence name")
  35   private String name;
  36
  37   @Attributes(
  38     required = false,
  39     description = "Sequence type",
  40     enums =
  41     { "DNA", "RNA", "Protein" })
  42   private String type;
  43
  44   @Attributes(
  45     required = true,
  46     description = "Unique identifier for a given Sequence")
  47   private String id;
  48
  49   @Attributes(
  50     required = false,
  51     description = "The order/position of a sequence in the alignment space")
  52   private int order;
  53
  54   @Attributes(
  55     required = true,
  56     description = "The index of the sequence’s first residue in its source database, <br>using a one-based numbering index system")
  57   private int start;
  58
  59   @Attributes(
  60     required = true,
  61     description = "The index of the sequence’s last residue in its source database, <br>using a one-based numbering index system")
  62   private int end;
  63
  64   public SequencePojo()
  65   {
  66   }
  67
  68   public SequencePojo(int start, int end, String id, String name,
  69           String seq)
  70   {
  71     this.id = id;
  72     this.name = name;
  73     this.seq = seq;
  74   }
  75
  76   public String getSeq()
  77   {
  78     return seq;
  79   }
  80
  81   public void setSeq(String seq)
  82   {
  83     this.seq = seq;
  84   }
  85
  86   public String getName()
  87   {
  88
  89     return name;
  90   }
  91
  92   public void setName(String name)
  93   {
  94     this.name = name;
  95   }
  96
  97   public String getId()
  98   {
  99     return id;
 100   }
 101
 102   public void setId(String id)
 103   {
 104     this.id = id;
 105   }
 106
 107   public int getStart()
 108   {
 109     return start;
 110   }
 111
 112   public void setStart(int start)
 113   {
 114     this.start = start;
 115   }
 116
 117   public int getEnd()
 118   {
 119     return end;
 120   }
 121
 122   public void setEnd(int end)
 123   {
 124     this.end = end;
 125   }
 126
 127   public int getOrder()
 128   {
 129     return order;
 130   }
 131
 132   public void setOrder(int order)
 133   {
 134     this.order = order;
 135   }
 136
 137   public String getType()
 138   {
 139     return type;
 140   }
 141
 142   public void setType(String type)
 143   {
 144     this.type = type;
 145   }
 146
 147 }