src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequencePojo.java

   1 package jalview.json.binding.biojson.v1;
   2
   3 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
   4
   5
   6
   7 public class SequencePojo
   8 {
   9   @Attributes(required = true, description = "Serial version identifier for the <b>seqs</b> object model")
  10   private String svid = "1.0";
  11
  12   @Attributes(
  13     required = true,
  14     minLength = 3,
  15     maxLength = 2147483647,
  16     description = "Sequence residue characters. An aligned sequence may contain <br>one of the following gap characters “.”, “-” or “ ”")
  17   private String seq;
  18
  19   @Attributes(required = true, description = "Sequence name")
  20   private String name;
  21
  22   @Attributes(required = false, description = "Sequence type", enums = {"DNA", "RNA", "Protein"})
  23   private String type;
  24
  25   @Attributes(required = true, description = "Unique identifier for a given Sequence")
  26   private String id;
  27
  28   @Attributes(required = false, description = "The order/position of a sequence in the alignment space")
  29   private int order;
  30
  31   @Attributes(required = true, description = "The index of the sequence’s first residue in its source database, <br>using a one-based numbering index system")
  32   private int start;
  33
  34   @Attributes(required = true, description = "The index of the sequence’s last residue in its source database, <br>using a one-based numbering index system")
  35   private int end;
  36
  37
  38   public SequencePojo()
  39   {
  40   }
  41
  42   public SequencePojo(int start, int end, String id, String name, String seq)
  43   {
  44     this.id = id;
  45     this.name = name;
  46     this.seq = seq;
  47   }
  48   public String getSeq()
  49   {
  50     return seq;
  51   }
  52
  53   public void setSeq(String seq)
  54   {
  55     this.seq = seq;
  56   }
  57
  58   public String getName()
  59   {
  60
  61     return name;
  62   }
  63
  64   public void setName(String name)
  65   {
  66     this.name = name;
  67   }
  68
  69   public String getId()
  70   {
  71     return id;
  72   }
  73
  74   public void setId(String id)
  75   {
  76     this.id = id;
  77   }
  78
  79   public int getStart()
  80   {
  81     return start;
  82   }
  83
  84   public void setStart(int start)
  85   {
  86     this.start = start;
  87   }
  88
  89   public int getEnd()
  90   {
  91     return end;
  92   }
  93
  94   public void setEnd(int end)
  95   {
  96     this.end = end;
  97   }
  98
  99   public int getOrder()
 100   {
 101     return order;
 102   }
 103
 104   public void setOrder(int order)
 105   {
 106     this.order = order;
 107   }
 108
 109   public String getSvid()
 110   {
 111     return svid;
 112   }
 113
 114   public String getType()
 115   {
 116     return type;
 117   }
 118
 119   public void setType(String type)
 120   {
 121     this.type = type;
 122   }
 123
 124 }