src/jalview/json/binding/biojson/v1/SequencePojo.java

   1 package jalview.json.binding.biojson.v1;
   2
   3 import com.github.reinert.jjschema.Attributes;
   4
   5
   6
   7 public class SequencePojo
   8 {
   9   @Attributes(required = true, description = "Serial version identifier for the <b>seqs</b> object model")
  10   private String svid = "1.0";
  11
  12   @Attributes(required = true,minLength=3,maxLength=1999999999, description = "Sequence residue characters. An aligned sequence may contain <br>one of the following gap characters “.”, “-” or “ ”")
  13   private String seq;
  14
  15   @Attributes(required = true, description = "Sequence name")
  16   private String name;
  17
  18   @Attributes(required = false, description = "Sequence type", enums = {"DNA", "RNA", "Protein"})
  19   private String type;
  20
  21   @Attributes(required = true, description = "Unique identifier for a given Sequence")
  22   private String id;
  23
  24   @Attributes(required = false, description = "The order/position of a sequence in the alignment space")
  25   private int order;
  26
  27   @Attributes(required = true, description = "The index of the sequence’s first residue in its source database, <br>using a one-based numbering index system")
  28   private int start;
  29
  30   @Attributes(required = true, description = "The index of the sequence’s last residue in its source database, <br>using a one-based numbering index system")
  31   private int end;
  32
  33
  34   public SequencePojo()
  35   {
  36   }
  37
  38   public SequencePojo(int start, int end, String id, String name, String seq)
  39   {
  40     this.id = id;
  41     this.name = name;
  42     this.seq = seq;
  43   }
  44   public String getSeq()
  45   {
  46     return seq;
  47   }
  48
  49   public void setSeq(String seq)
  50   {
  51     this.seq = seq;
  52   }
  53
  54   public String getName()
  55   {
  56
  57     return name;
  58   }
  59
  60   public void setName(String name)
  61   {
  62     this.name = name;
  63   }
  64
  65   public String getId()
  66   {
  67     return id;
  68   }
  69
  70   public void setId(String id)
  71   {
  72     this.id = id;
  73   }
  74
  75   public int getStart()
  76   {
  77     return start;
  78   }
  79
  80   public void setStart(int start)
  81   {
  82     this.start = start;
  83   }
  84
  85   public int getEnd()
  86   {
  87     return end;
  88   }
  89
  90   public void setEnd(int end)
  91   {
  92     this.end = end;
  93   }
  94
  95   public int getOrder()
  96   {
  97     return order;
  98   }
  99
 100   public void setOrder(int order)
 101   {
 102     this.order = order;
 103   }
 104
 105   public String getSvid()
 106   {
 107     return svid;
 108   }
 109
 110   public String getType()
 111   {
 112     return type;
 113   }
 114
 115   public void setType(String type)
 116   {
 117     this.type = type;
 118   }
 119
 120 }