src/jalview/util/Comparison.java

   1 package jalview.util;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 \r
   5 public class Comparison {\r
   6 \r
   7   public static float compare(SequenceI ii, SequenceI jj)\r
   8   {\r
   9     return Comparison.compare(ii,jj,0,ii.getLength()-1);\r
  10   }\r
  11   public static float compare(SequenceI ii, SequenceI jj, int start, int end) {\r
  12 \r
  13      String si   = ii.getSequence();\r
  14      String sj   = jj.getSequence();\r
  15 \r
  16      int ilen = end-start+1;\r
  17      int jlen = end-start+1;\r
  18 \r
  19      if ( si.substring(start + ilen).equals("-") ||\r
  20           si.substring(start + ilen).equals(".") ||\r
  21           si.substring(start + ilen).equals(" ")) {\r
  22 \r
  23        ilen--;\r
  24 \r
  25        while (si.substring(start + ilen,start + ilen+1).equals("-")  ||\r
  26               si.substring(start + ilen,start + ilen+1).equals(".")  ||\r
  27               si.substring(start + ilen,start + ilen+1).equals(" ")) {\r
  28          ilen--;\r
  29        }\r
  30      }\r
  31 \r
  32      if ( sj.substring(start + jlen).equals("-")  ||\r
  33           sj.substring(start + jlen).equals(".")  ||\r
  34           sj.substring(start + jlen).equals(" ")) {\r
  35        jlen--;\r
  36 \r
  37        while (sj.substring(start + jlen,start + jlen+1).equals("-")  ||\r
  38               sj.substring(start + jlen,start + jlen+1).equals(".")  ||\r
  39               sj.substring(start + jlen,start + jlen+1).equals(" ")) {\r
  40          jlen--;\r
  41        }\r
  42      }\r
  43 \r
  44      int   count = 0;\r
  45      int   match = 0;\r
  46      float pid   = -1;\r
  47 \r
  48      if (ilen > jlen) {\r
  49 \r
  50        for (int j = 0; j < jlen; j++) {\r
  51          if (si.substring(start + j,start + j+1).equals(sj.substring(start + j,start + j+1))) {\r
  52            match++;\r
  53          }\r
  54          count++;\r
  55        }\r
  56        pid = (float)match/(float)ilen * 100;\r
  57      } else {\r
  58        for (int j = 0; j < jlen; j++) {\r
  59          if (si.substring(start + j,start + j+1).equals(sj.substring(start + j,start + j+1))) {\r
  60            match++;\r
  61          }\r
  62          count++;\r
  63        }\r
  64        pid = (float)match/(float)jlen * 100;\r
  65      }\r
  66 \r
  67     return pid;\r
  68   }\r
  69 \r
  70   /**    */\r
  71   public static float PID(Sequence s1 , Sequence s2) {\r
  72     int res = 0;\r
  73     int len;\r
  74 \r
  75     if (s1.getSequence().length() > s2.getSequence().length()) {\r
  76       len = s1.getSequence().length();\r
  77     } else {\r
  78       len = s2.getSequence().length();\r
  79     }\r
  80 \r
  81     int bad = 0;\r
  82 \r
  83     for (int i = 0; i < len; i++) {\r
  84       String str1 = "";\r
  85       String str2 = "";\r
  86 \r
  87       if (i < s1.getSequence().length()) {\r
  88         str1 = s1.getSequence().substring(i,i+1);\r
  89       } else {\r
  90         str1 = ".";\r
  91       }\r
  92 \r
  93       if (i < s2.getSequence().length()) {\r
  94         str2 = s2.getSequence().substring(i,i+1);\r
  95       } else {\r
  96         str2 = ".";\r
  97       }\r
  98 \r
  99       if (!(str1.equals(".") ||\r
 100             str1.equals("-") ||\r
 101             str1.equals(" "))   &&\r
 102           !(str2.equals(".") ||\r
 103             str2.equals("-") ||\r
 104             str2.equals(" "))) {\r
 105 \r
 106         if (!str1.equals(str2)) {\r
 107           bad++;\r
 108         }\r
 109       }\r
 110     }\r
 111 \r
 112     return (float)100*(len-bad)/len;\r
 113   }\r
 114 }\r