src/jalview/util/MappingUtils.java

   1 package jalview.util;
   2
   3 import jalview.analysis.AlignmentSorter;
   4 import jalview.api.AlignViewportI;
   5 import jalview.commands.CommandI;
   6 import jalview.commands.EditCommand;
   7 import jalview.commands.EditCommand.Action;
   8 import jalview.commands.EditCommand.Edit;
   9 import jalview.commands.OrderCommand;
  10 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  11 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  12 import jalview.datamodel.AlignmentOrder;
  13 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  14 import jalview.datamodel.SearchResults;
  15 import jalview.datamodel.SearchResults.Match;
  16 import jalview.datamodel.Sequence;
  17 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  18 import jalview.datamodel.SequenceI;
  19
  20 import java.util.ArrayList;
  21 import java.util.HashMap;
  22 import java.util.Iterator;
  23 import java.util.List;
  24 import java.util.Map;
  25 import java.util.Set;
  26
  27 /**
  28  * Helper methods for manipulations involving sequence mappings.
  29  *
  30  * @author gmcarstairs
  31  *
  32  */
  33 public final class MappingUtils
  34 {
  35
  36   /**
  37    * Helper method to map a CUT or PASTE command.
  38    *
  39    * @param edit
  40    *          the original command
  41    * @param undo
  42    *          if true, the command is to be undone
  43    * @param targetSeqs
  44    *          the mapped sequences to apply the mapped command to
  45    * @param result
  46    *          the mapped EditCommand to add to
  47    * @param mappings
  48    */
  49   protected static void mapCutOrPaste(Edit edit, boolean undo,
  50           List<SequenceI> targetSeqs, EditCommand result,
  51           Set<AlignedCodonFrame> mappings)
  52   {
  53     Action action = edit.getAction();
  54     if (undo)
  55     {
  56       action = action.getUndoAction();
  57     }
  58     // TODO write this
  59     System.err.println("MappingUtils.mapCutOrPaste not yet implemented");
  60   }
  61
  62   /**
  63    * Returns a new EditCommand representing the given command as mapped to the
  64    * given sequences. If there is no mapping, returns null.
  65    *
  66    * @param command
  67    * @param undo
  68    * @param mapTo
  69    * @param gapChar
  70    * @param mappings
  71    * @return
  72    */
  73   public static EditCommand mapEditCommand(EditCommand command,
  74           boolean undo, final AlignmentI mapTo, char gapChar,
  75           Set<AlignedCodonFrame> mappings)
  76   {
  77     /*
  78      * For now, only support mapping from protein edits to cDna
  79      */
  80     if (!mapTo.isNucleotide())
  81     {
  82       return null;
  83     }
  84
  85     /*
  86      * Cache a copy of the target sequences so we can mimic successive edits on
  87      * them. This lets us compute mappings for all edits in the set.
  88      */
  89     Map<SequenceI, SequenceI> targetCopies = new HashMap<SequenceI, SequenceI>();
  90     for (SequenceI seq : mapTo.getSequences())
  91     {
  92       SequenceI ds = seq.getDatasetSequence();
  93       if (ds != null)
  94       {
  95         final SequenceI copy = new Sequence("", new String(
  96                 seq.getSequence()));
  97         copy.setDatasetSequence(ds);
  98         targetCopies.put(ds, copy);
  99       }
 100     }
 101
 102     /*
 103      * Compute 'source' sequences as they were before applying edits:
 104      */
 105     Map<SequenceI, SequenceI> originalSequences = command.priorState(undo);
 106
 107     EditCommand result = new EditCommand();
 108     Iterator<Edit> edits = command.getEditIterator(!undo);
 109     while (edits.hasNext())
 110     {
 111       Edit edit = edits.next();
 112       if (edit.getAction() == Action.CUT
 113               || edit.getAction() == Action.PASTE)
 114       {
 115         mapCutOrPaste(edit, undo, mapTo.getSequences(), result, mappings);
 116       }
 117       else if (edit.getAction() == Action.INSERT_GAP
 118               || edit.getAction() == Action.DELETE_GAP)
 119       {
 120         mapInsertOrDelete(edit, undo, originalSequences,
 121                 mapTo.getSequences(), targetCopies, gapChar, result,
 122                 mappings);
 123       }
 124     }
 125     return result.getSize() > 0 ? result : null;
 126   }
 127
 128   /**
 129    * Helper method to map an edit command to insert or delete gaps.
 130    *
 131    * @param edit
 132    *          the original command
 133    * @param undo
 134    *          if true, the action is to undo the command
 135    * @param originalSequences
 136    *          the sequences the command acted on
 137    * @param targetSeqs
 138    * @param targetCopies
 139    * @param gapChar
 140    * @param result
 141    *          the new EditCommand to add mapped commands to
 142    * @param mappings
 143    */
 144   protected static void mapInsertOrDelete(Edit edit, boolean undo,
 145           Map<SequenceI, SequenceI> originalSequences,
 146           final List<SequenceI> targetSeqs,
 147           Map<SequenceI, SequenceI> targetCopies, char gapChar,
 148           EditCommand result, Set<AlignedCodonFrame> mappings)
 149   {
 150     Action action = edit.getAction();
 151
 152     /*
 153      * Invert sense of action if an Undo.
 154      */
 155     if (undo)
 156     {
 157       action = action.getUndoAction();
 158     }
 159     final int count = edit.getNumber();
 160     final int editPos = edit.getPosition();
 161     for (SequenceI seq : edit.getSequences())
 162     {
 163       /*
 164        * Get residue position at (or to right of) edit location. Note we use our
 165        * 'copy' of the sequence before editing for this.
 166        */
 167       SequenceI ds = seq.getDatasetSequence();
 168       if (ds == null)
 169       {
 170         continue;
 171       }
 172       final SequenceI actedOn = originalSequences.get(ds);
 173       final int seqpos = actedOn.findPosition(editPos);
 174
 175       /*
 176        * Determine all mappings from this position to mapped sequences.
 177        */
 178       SearchResults sr = buildSearchResults(seq, seqpos, mappings);
 179
 180       if (!sr.isEmpty())
 181       {
 182         for (SequenceI targetSeq : targetSeqs)
 183         {
 184           ds = targetSeq.getDatasetSequence();
 185           if (ds == null)
 186           {
 187             continue;
 188           }
 189           SequenceI copyTarget = targetCopies.get(ds);
 190           final int[] match = sr.getResults(copyTarget, 0,
 191                   copyTarget.getLength());
 192           if (match != null)
 193           {
 194             final int ratio = 3; // TODO: compute this - how?
 195             final int mappedCount = count * ratio;
 196
 197             /*
 198              * Shift Delete start position left, as it acts on positions to its
 199              * right.
 200              */
 201             int mappedEditPos = action == Action.DELETE_GAP ? match[0]
 202                     - mappedCount : match[0];
 203             Edit e = result.new Edit(action, new SequenceI[]
 204             { targetSeq }, mappedEditPos, mappedCount, gapChar);
 205             result.addEdit(e);
 206
 207             /*
 208              * and 'apply' the edit to our copy of its target sequence
 209              */
 210             if (action == Action.INSERT_GAP)
 211             {
 212               copyTarget.setSequence(new String(StringUtils.insertCharAt(
 213                       copyTarget.getSequence(), mappedEditPos, mappedCount,
 214                       gapChar)));
 215             }
 216             else if (action == Action.DELETE_GAP)
 217             {
 218               copyTarget.setSequence(new String(StringUtils.deleteChars(
 219                       copyTarget.getSequence(), mappedEditPos,
 220                       mappedEditPos + mappedCount)));
 221             }
 222           }
 223         }
 224       }
 225       /*
 226        * and 'apply' the edit to our copy of its source sequence
 227        */
 228       if (action == Action.INSERT_GAP)
 229       {
 230         actedOn.setSequence(new String(StringUtils.insertCharAt(
 231                 actedOn.getSequence(), editPos, count, gapChar)));
 232       }
 233       else if (action == Action.DELETE_GAP)
 234       {
 235         actedOn.setSequence(new String(StringUtils.deleteChars(
 236                 actedOn.getSequence(), editPos, editPos + count)));
 237       }
 238     }
 239   }
 240
 241   /**
 242    * Returns a SearchResults object describing the mapped region corresponding
 243    * to the specified sequence position.
 244    *
 245    * @param seq
 246    * @param index
 247    * @param seqmappings
 248    * @return
 249    */
 250   public static SearchResults buildSearchResults(SequenceI seq, int index,
 251           Set<AlignedCodonFrame> seqmappings)
 252   {
 253     SearchResults results;
 254     results = new SearchResults();
 255     if (index >= seq.getStart() && index <= seq.getEnd())
 256     {
 257       for (AlignedCodonFrame acf : seqmappings)
 258       {
 259         acf.markMappedRegion(seq, index, results);
 260       }
 261     }
 262     return results;
 263   }
 264
 265   /**
 266    * Returns a (possibly empty) SequenceGroup containing any sequences in the
 267    * mapped viewport corresponding to the given group in the source viewport.
 268    *
 269    * @param sg
 270    * @param mapFrom
 271    * @param mapTo
 272    * @return
 273    */
 274   public static SequenceGroup mapSequenceGroup(SequenceGroup sg,
 275           AlignViewportI mapFrom, AlignViewportI mapTo)
 276   {
 277     /*
 278      * Note the SequenceGroup holds aligned sequences, the mappings hold dataset
 279      * sequences.
 280      */
 281     boolean targetIsNucleotide = mapTo.isNucleotide();
 282     AlignViewportI protein = targetIsNucleotide ? mapFrom : mapTo;
 283     Set<AlignedCodonFrame> codonFrames = protein.getAlignment()
 284             .getCodonFrames();
 285
 286     /*
 287      * Copy group name, name colours, but not sequences or sequence colour
 288      * scheme
 289      */
 290     SequenceGroup mappedGroup = new SequenceGroup(sg);
 291     sg.cs = mapTo.getGlobalColourScheme();
 292     mappedGroup.clear();
 293     // TODO set width of mapped group
 294
 295     for (SequenceI selected : sg.getSequences())
 296     {
 297       for (AlignedCodonFrame acf : codonFrames)
 298       {
 299         SequenceI mappedSequence = targetIsNucleotide ? acf
 300                 .getDnaForAaSeq(selected) : acf.getAaForDnaSeq(selected);
 301         if (mappedSequence != null)
 302         {
 303           for (SequenceI seq : mapTo.getAlignment().getSequences())
 304           {
 305             if (seq.getDatasetSequence() == mappedSequence)
 306             {
 307               mappedGroup.addSequence(seq, false);
 308               break;
 309             }
 310           }
 311         }
 312       }
 313     }
 314     return mappedGroup;
 315   }
 316
 317   /**
 318    * Returns an OrderCommand equivalent to the given one, but acting on mapped
 319    * sequences as described by the mappings, or null if no mapping can be made.
 320    *
 321    * @param command
 322    *          the original order command
 323    * @param undo
 324    *          if true, the action is to undo the sort
 325    * @param mapTo
 326    *          the alignment we are mapping to
 327    * @param mappings
 328    *          the mappings available
 329    * @return
 330    */
 331   public static CommandI mapOrderCommand(OrderCommand command,
 332           boolean undo, AlignmentI mapTo, Set<AlignedCodonFrame> mappings)
 333   {
 334     SequenceI[] sortOrder = command.getSequenceOrder(undo);
 335     List<SequenceI> mappedOrder = new ArrayList<SequenceI>();
 336     int j = 0;
 337     for (SequenceI seq : sortOrder)
 338     {
 339       for (AlignedCodonFrame acf : mappings)
 340       {
 341         /*
 342          * Try protein-to-Dna, failing that try dna-to-protein
 343          */
 344         SequenceI mappedSeq = acf.getDnaForAaSeq(seq);
 345         if (mappedSeq == null)
 346         {
 347           mappedSeq = acf.getAaForDnaSeq(seq);
 348         }
 349         if (mappedSeq != null)
 350         {
 351           for (SequenceI seq2 : mapTo.getSequences())
 352           {
 353             if (seq2.getDatasetSequence() == mappedSeq)
 354             {
 355               mappedOrder.add(seq2);
 356               j++;
 357               break;
 358             }
 359           }
 360         }
 361       }
 362     }
 363
 364     /*
 365      * Return null if no mappings made.
 366      */
 367     if (j == 0)
 368     {
 369       return null;
 370     }
 371
 372     /*
 373      * Add any unmapped sequences on the end of the sort in their original
 374      * ordering.
 375      */
 376     if (j < mapTo.getHeight())
 377     {
 378       for (SequenceI seq : mapTo.getSequences())
 379       {
 380         if (!mappedOrder.contains(seq))
 381         {
 382           mappedOrder.add(seq);
 383         }
 384       }
 385     }
 386
 387     /*
 388      * Have to sort the sequences before constructing the OrderCommand - which
 389      * then resorts them?!?
 390      */
 391     final SequenceI[] mappedOrderArray = mappedOrder
 392             .toArray(new SequenceI[mappedOrder.size()]);
 393     SequenceI[] oldOrder = mapTo.getSequencesArray();
 394     AlignmentSorter.sortBy(mapTo, new AlignmentOrder(mappedOrderArray));
 395     final OrderCommand result = new OrderCommand(command.getDescription(),
 396             oldOrder, mapTo);
 397     return result;
 398   }
 399
 400   /**
 401    * Returns a ColumnSelection in the 'mapTo' view which corresponds to the
 402    * given selection in the 'mapFrom' view. We assume one is nucleotide, the
 403    * other is protein (and holds the mappings from codons to protein residues).
 404    *
 405    * @param colsel
 406    * @param mapFrom
 407    * @param mapTo
 408    * @return
 409    */
 410   public static ColumnSelection mapColumnSelection(ColumnSelection colsel,
 411           AlignViewportI mapFrom, AlignViewportI mapTo)
 412   {
 413     boolean targetIsNucleotide = mapTo.isNucleotide();
 414     AlignViewportI protein = targetIsNucleotide ? mapFrom : mapTo;
 415     Set<AlignedCodonFrame> codonFrames = protein.getAlignment()
 416             .getCodonFrames();
 417     ColumnSelection mappedColumns = new ColumnSelection();
 418     char fromGapChar = mapFrom.getAlignment().getGapCharacter();
 419
 420     // FIXME allow for hidden columns
 421
 422     /*
 423      * For each mapped column, find the range of columns that residues in that
 424      * column map to.
 425      */
 426     for (Object obj : colsel.getSelected())
 427     {
 428       int col = ((Integer) obj).intValue();
 429       int mappedToMin = Integer.MAX_VALUE;
 430       int mappedToMax = Integer.MIN_VALUE;
 431
 432       /*
 433        * For each sequence in the 'from' alignment
 434        */
 435       for (SequenceI fromSeq : mapFrom.getAlignment().getSequences())
 436       {
 437         /*
 438          * Ignore gaps (unmapped anyway)
 439          */
 440         if (fromSeq.getCharAt(col) == fromGapChar)
 441         {
 442           continue;
 443         }
 444
 445         /*
 446          * Get the residue position and find the mapped position.
 447          */
 448         int residuePos = fromSeq.findPosition(col);
 449         SearchResults sr = buildSearchResults(fromSeq, residuePos,
 450                 codonFrames);
 451         for (Match m : sr.getResults())
 452         {
 453           int mappedStartResidue = m.getStart();
 454           int mappedEndResidue = m.getEnd();
 455           SequenceI mappedSeq = m.getSequence();
 456
 457           /*
 458            * Locate the aligned sequence whose dataset is mappedSeq. TODO a
 459            * datamodel that can do this efficiently.
 460            */
 461           for (SequenceI toSeq : mapTo.getAlignment().getSequences())
 462           {
 463             if (toSeq.getDatasetSequence() == mappedSeq)
 464             {
 465               int mappedStartCol = toSeq.findIndex(mappedStartResidue);
 466               int mappedEndCol = toSeq.findIndex(mappedEndResidue);
 467               mappedToMin = Math.min(mappedToMin, mappedStartCol);
 468               mappedToMax = Math.max(mappedToMax, mappedEndCol);
 469               // System.out.println(fromSeq.getName() + " mapped to cols "
 470               // + mappedStartCol + ":" + mappedEndCol);
 471               break;
 472               // note: remove break if we ever want to map one to many sequences
 473             }
 474           }
 475         }
 476       }
 477       /*
 478        * Add the range of mapped columns to the mapped selection (converting
 479        * base 1 to base 0). Note that this may include intron-only regions which
 480        * lie between the start and end ranges of the selection.
 481        */
 482       for (int i = mappedToMin; i <= mappedToMax; i++)
 483       {
 484         mappedColumns.addElement(i - 1);
 485       }
 486     }
 487     return mappedColumns;
 488   }
 489
 490 }