src/jalview/ws/SequenceFetcher.java

   1 package jalview.ws;\r
   2 \r
   3 import java.util.Enumeration;\r
   4 import java.util.Vector;\r
   5 \r
   6 import org.biojava.dasobert.das2.Das2Source;\r
   7 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;\r
   8 import org.biojava.dasobert.dasregistry.DasCoordinateSystem;\r
   9 import org.biojava.dasobert.dasregistry.DasSource;\r
  10 \r
  11 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  12 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  13 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
  14 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  15 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;\r
  16 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;\r
  17 \r
  18 /**\r
  19  * This is the the concrete implementation of the sequence retrieval interface\r
  20  * and abstract class in jalview.ws.seqfetcher. This implements the run-time\r
  21  * discovery of sequence database clients, and provides a hardwired main for testing all registered handlers. \r
  22  * \r
  23  */\r
  24 public class SequenceFetcher extends ASequenceFetcher\r
  25 {\r
  26   /**\r
  27    * Thread safe construction of database proxies TODO: extend to a configurable\r
  28    * database plugin mechanism where classes are instantiated by reflection and\r
  29    * queried for their DbRefSource and version association.\r
  30    * \r
  31    */\r
  32   public SequenceFetcher()\r
  33   {\r
  34     addDBRefSourceImpl(jalview.ws.dbsources.EmblSource.class);\r
  35     addDBRefSourceImpl(jalview.ws.dbsources.EmblCdsSouce.class);\r
  36     addDBRefSourceImpl(jalview.ws.dbsources.Uniprot.class);\r
  37     addDBRefSourceImpl(jalview.ws.dbsources.UnprotName.class);\r
  38     addDBRefSourceImpl(jalview.ws.dbsources.Pdb.class);\r
  39     addDBRefSourceImpl(jalview.ws.dbsources.Pfam.class);\r
  40     registerDasSequenceSources();\r
  41   }\r
  42   /**\r
  43    * simple run method to test dbsources.\r
  44    * @param argv\r
  45    */\r
  46   public static void main(String[] argv)\r
  47   {\r
  48     AlignmentI ds = null;\r
  49     Vector noProds = new Vector();\r
  50     String usage = "SequenceFetcher.main [<DBNAME> <ACCNO>]\n"\r
  51       +"With no arguments, all DbSources will be queried with their test Accession number.\n"\r
  52       +"If given two arguments, SequenceFetcher will try to find the DbFetcher corresponding to <DBNAME> and retrieve <ACCNO> from it.";\r
  53     if (argv != null && argv.length > 0)\r
  54     {\r
  55       DbSourceProxy sp = new SequenceFetcher().getSourceProxy(argv[0]);\r
  56       if (sp!=null)\r
  57       {\r
  58         AlignmentI al = null;\r
  59         try\r
  60         {\r
  61           al = sp.getSequenceRecords(argv[1]);\r
  62         } catch (Exception e)\r
  63         {\r
  64           e.printStackTrace();\r
  65           System.err.println("Error when retrieving "+argv[1]+" from "+argv[0]+"\nUsage: "+usage);\r
  66         }\r
  67         SequenceI[] prod = al.getSequencesArray();\r
  68         if (al!=null)\r
  69         {\r
  70           for (int p = 0; p < prod.length; p++)\r
  71           {\r
  72             System.out.println("Prod " + p + ": "\r
  73                     + prod[p].getDisplayId(true) + " : "+prod[p].getDescription());\r
  74           }\r
  75         }\r
  76         return;\r
  77       } else {\r
  78         System.err.println("Can't resolve "+argv[0]+" as a database name. Allowed values are :\n"+new SequenceFetcher().getSupportedDb());\r
  79       }\r
  80       System.out\r
  81               .println(usage);\r
  82     }\r
  83     ASequenceFetcher sfetcher = new SequenceFetcher();\r
  84     String[] dbSources = sfetcher.getSupportedDb();\r
  85     for (int dbsource=0; dbsource<dbSources.length;dbsource++)\r
  86     {\r
  87       String db = dbSources[dbsource];\r
  88       // skip me\r
  89       if (db.equals(DBRefSource.PDB))\r
  90         continue;\r
  91       DbSourceProxy sp = sfetcher.getSourceProxy(db);\r
  92       System.out\r
  93               .println("Source: "+sp.getDbName()+" (" + db + "): retrieving test:" + sp.getTestQuery());\r
  94       AlignmentI al = null;\r
  95       try\r
  96       {\r
  97         al = sp.getSequenceRecords(sp.getTestQuery());\r
  98         if (al != null && al.getHeight() > 0 && sp.getDbSourceProperties()!=null)\r
  99         {\r
 100           boolean dna = sp.getDbSourceProperties().containsKey(\r
 101                   DBRefSource.DNACODINGSEQDB)\r
 102                   || sp.getDbSourceProperties().containsKey(\r
 103                           DBRefSource.DNASEQDB)\r
 104                   || sp.getDbSourceProperties().containsKey(\r
 105                           DBRefSource.CODINGSEQDB);\r
 106           // try and find products\r
 107           String types[] = jalview.analysis.CrossRef.findSequenceXrefTypes(\r
 108                   dna, al.getSequencesArray());\r
 109           if (types != null)\r
 110           {\r
 111             System.out.println("Xref Types for: " + (dna ? "dna" : "prot"));\r
 112             for (int t = 0; t < types.length; t++)\r
 113             {\r
 114               System.out.println("Type: " + types[t]);\r
 115               SequenceI[] prod = jalview.analysis.CrossRef\r
 116                       .findXrefSequences(al.getSequencesArray(), dna,\r
 117                               types[t]).getSequencesArray();\r
 118               System.out.println("Found "\r
 119                       + ((prod == null) ? "no" : "" + prod.length)\r
 120                       + " products");\r
 121               if (prod != null)\r
 122               {\r
 123                 for (int p = 0; p < prod.length; p++)\r
 124                 {\r
 125                   System.out.println("Prod " + p + ": "\r
 126                           + prod[p].getDisplayId(true));\r
 127                 }\r
 128               }\r
 129             }\r
 130           }\r
 131           else\r
 132           {\r
 133             noProds.addElement((dna ? new Object[]\r
 134             { al, al } : new Object[]\r
 135             { al }));\r
 136           }\r
 137 \r
 138         }\r
 139       } catch (Exception ex)\r
 140       {\r
 141         System.out.println("ERROR:Failed to retrieve test query.");\r
 142         ex.printStackTrace(System.out);\r
 143       }\r
 144       if (al == null)\r
 145       {\r
 146         System.out.println("ERROR:No alignment retrieved.");\r
 147         StringBuffer raw = sp.getRawRecords();\r
 148         if (raw != null)\r
 149           System.out.println(raw.toString());\r
 150         else\r
 151           System.out.println("ERROR:No Raw results.");\r
 152       }\r
 153       else\r
 154       {\r
 155         System.out.println("Retrieved " + al.getHeight() + " sequences.");\r
 156         for (int s = 0; s < al.getHeight(); s++)\r
 157         {\r
 158           SequenceI sq = al.getSequenceAt(s);\r
 159           while (sq.getDatasetSequence() != null)\r
 160           {\r
 161             sq = sq.getDatasetSequence();\r
 162 \r
 163           }\r
 164           if (ds == null)\r
 165           {\r
 166             ds = new Alignment(new SequenceI[]\r
 167             { sq });\r
 168 \r
 169           }\r
 170           else\r
 171           {\r
 172             ds.addSequence(sq);\r
 173           }\r
 174         }\r
 175       }\r
 176       System.out.flush();\r
 177       System.err.flush();\r
 178 \r
 179     }\r
 180     if (noProds.size() > 0)\r
 181     {\r
 182       Enumeration ts = noProds.elements();\r
 183       while (ts.hasMoreElements())\r
 184 \r
 185       {\r
 186         Object[] typeSq = (Object[]) ts.nextElement();\r
 187         boolean dna = (typeSq.length > 1);\r
 188         AlignmentI al = (AlignmentI) typeSq[0];\r
 189         System.out.println("Trying getProducts for "\r
 190                 + al.getSequenceAt(0).getDisplayId(true));\r
 191         System.out.println("Search DS Xref for: " + (dna ? "dna" : "prot"));\r
 192         // have a bash at finding the products amongst all the retrieved\r
 193         // sequences.\r
 194         SequenceI[] seqs = al.getSequencesArray();\r
 195         Alignment prodal = jalview.analysis.CrossRef.findXrefSequences(\r
 196                 seqs, dna, null, ds);\r
 197         System.out.println("Found "\r
 198                 + ((prodal == null) ? "no" : "" + prodal.getHeight()) + " products");\r
 199         if (prodal != null)\r
 200         {\r
 201           SequenceI[] prod = prodal.getSequencesArray(); // note\r
 202           // should\r
 203           // test\r
 204           // rather\r
 205           // than\r
 206           // throw\r
 207           // away\r
 208           // codon\r
 209           // mapping\r
 210           // (if\r
 211           // present)\r
 212             for (int p = 0; p < prod.length; p++)\r
 213           {\r
 214             System.out.println("Prod " + p + ": "\r
 215                     + prod[p].getDisplayId(true));\r
 216           }\r
 217         }\r
 218       }\r
 219 \r
 220     }\r
 221   }\r
 222   /**\r
 223    * query the currently defined DAS source registry for sequence sources and add a DasSequenceSource instance for each source to the SequenceFetcher source list.\r
 224    */\r
 225   public void registerDasSequenceSources() {\r
 226     DasSource[] sources = jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 227     for (int s=0;s<sources.length; s++)\r
 228     {\r
 229       Das1Source d1s=null;\r
 230       if (sources[s].hasCapability("sequence"))\r
 231       {\r
 232         if (sources[s] instanceof Das2Source)\r
 233         {\r
 234           if (((Das2Source)sources[s]).hasDas1Capabilities()) {\r
 235             try {\r
 236               d1s = org.biojava.dasobert.das2.DasSourceConverter.toDas1Source((Das2Source) sources[s]);\r
 237             } catch (Exception e)\r
 238             {\r
 239               System.err.println("Ignoring DAS2 sequence source "+sources[s].getNickname()+" - couldn't map to Das1Source.\n");\r
 240               e.printStackTrace();\r
 241             }\r
 242           }\r
 243         } else {\r
 244           if (sources[s] instanceof Das1Source)\r
 245           { \r
 246             d1s = (Das1Source) sources[s];\r
 247           }\r
 248         }\r
 249       }\r
 250       if (d1s!=null)\r
 251       {\r
 252         DasCoordinateSystem[] css = d1s.getCoordinateSystem();\r
 253         for (int c=0;c<css.length;c++)\r
 254         {\r
 255           try {\r
 256             addDbRefSourceImpl(\r
 257                     new jalview.ws.dbsources.DasSequenceSource("das:"+d1s.getNickname()+" ("+css[c].getName()+")",\r
 258                             css[c].getName(),d1s, css[c]));\r
 259           } catch (Exception e)\r
 260           {\r
 261             System.err.println("Ignoring sequence coord system "+c+" ("+\r
 262                     css[c].getName()+") for source "+d1s.getNickname()\r
 263                     + "- threw exception when constructing fetcher.\n");\r
 264             e.printStackTrace();\r
 265           }\r
 266         }\r
 267       }\r
 268           \r
 269     }\r
 270   }\r
 271 \r
 272 }\r