src/jalview/ws/dbsources/DasSequenceSource.java

   1 package jalview.ws.dbsources;\r
   2 \r
   3 import java.util.Hashtable;\r
   4 \r
   5 import org.biojava.dasobert.das.SequenceThread;\r
   6 import org.biojava.dasobert.das2.Das2Source;\r
   7 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;\r
   8 import org.biojava.dasobert.dasregistry.DasCoordinateSystem;\r
   9 import org.biojava.dasobert.dasregistry.DasSource;\r
  10 import org.biojava.dasobert.eventmodel.SequenceEvent;\r
  11 import org.biojava.dasobert.eventmodel.SequenceListener;\r
  12 \r
  13 import com.stevesoft.pat.Regex;\r
  14 \r
  15 import jalview.ws.dbsources.das.DasSequenceSourceListener;\r
  16 import jalview.ws.seqfetcher.*;\r
  17 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  18 \r
  19 /**\r
  20  * an instance of this class is created for each unique DAS Sequence source (ie one capable of handling the 'sequence' for a particular MapMaster)\r
  21  *  \r
  22  * @author JimP\r
  23  *\r
  24  */\r
  25 public class DasSequenceSource extends DbSourceProxyImpl implements\r
  26         DbSourceProxy\r
  27 {\r
  28   protected Das1Source source=null;\r
  29   protected String dbname="DASCS";\r
  30   protected String dbrefname="das:source";\r
  31   protected DasCoordinateSystem coordsys = null;\r
  32   /**\r
  33    * create a new DbSource proxy for a DAS 1 source\r
  34    * @param dbnbame Human Readable Name to use when fetching from this source\r
  35    * @param dbrefname DbRefName for DbRefs attached to sequences retrieved from this source\r
  36    * @param source Das1Source\r
  37    * @param coordsys specific coordinate system to use for this source\r
  38    * @throws Exception if source is not capable of the 'sequence' command\r
  39    */\r
  40   public DasSequenceSource(String dbname, String dbrefname, Das1Source source,\r
  41             DasCoordinateSystem coordsys) throws Exception\r
  42   {\r
  43     if (!source.hasCapability("sequence"))\r
  44     {\r
  45       throw new Exception("Source "+source.getNickname()+" does not support the sequence command.");\r
  46     }\r
  47     this.source = source;\r
  48     this.dbname = dbname;\r
  49     this.dbrefname=dbrefname;\r
  50     this.coordsys = coordsys;\r
  51   }\r
  52   public String getAccessionSeparator()\r
  53   {\r
  54     // cope with single sequences only\r
  55     return null;\r
  56   }\r
  57 \r
  58   public Regex getAccessionValidator()\r
  59   {\r
  60     /** ? **/\r
  61     return Regex.perlCode("\\S+");\r
  62   }\r
  63 \r
  64   public String getDbName()\r
  65   {\r
  66     // TODO: map to\r
  67      return dbname+" (DAS)";\r
  68   }\r
  69 \r
  70   public String getDbSource()\r
  71   {\r
  72     return dbrefname;\r
  73   }\r
  74 \r
  75   public String getDbVersion()\r
  76   {\r
  77     return coordsys.getVersion();\r
  78   }\r
  79 \r
  80   public AlignmentI getSequenceRecords(String queries) throws Exception\r
  81   {\r
  82     SequenceThread seqfetcher = new org.biojava.dasobert.das.SequenceThread(queries, source);\r
  83     DasSequenceSourceListener ourlistener = new DasSequenceSourceListener(this, queries);\r
  84     seqfetcher.addSequenceListener(ourlistener);\r
  85     seqfetcher.start();\r
  86     try { Thread.sleep(5); } catch (Exception e) {};\r
  87     while (ourlistener.isNotCalled() && seqfetcher.isAlive())\r
  88     {\r
  89       try { Thread.sleep(5); } catch (Exception e) { };\r
  90     }\r
  91     if (ourlistener.isNotCalled() || ourlistener.hasNoSequences())\r
  92     {\r
  93       System.err.println("Sequence Query to "+source.getNickname()+" with '"+queries+"' returned no sequences.");\r
  94       return null;\r
  95     } else {\r
  96       return ourlistener.getSequences();\r
  97     }\r
  98   }\r
  99 \r
 100   public String getTestQuery()\r
 101   {\r
 102     return coordsys.getTestCode();\r
 103   }\r
 104   public boolean isValidReference(String accession)\r
 105   {\r
 106     // TODO try to validate an accession against source\r
 107     // We don't really know how to do this without querying source\r
 108     \r
 109     return true;\r
 110   }\r
 111   /**\r
 112    * @return the source\r
 113    */\r
 114   public Das1Source getSource()\r
 115   {\r
 116     return source;\r
 117   }\r
 118   /**\r
 119    * @return the coordsys\r
 120    */\r
 121   public DasCoordinateSystem getCoordsys()\r
 122   {\r
 123     return coordsys;\r
 124   }\r
 125 }\r