src/jalview/ws/jws2/AAConClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
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  17  */
  18 package jalview.ws.jws2;
  19
  20 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  21 import jalview.gui.AlignFrame;
  22 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  23 import jalview.ws.jws2.dm.AAConSettings;
  24 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  25 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  26 import jalview.ws.uimodel.AlignAnalysisUIText;
  27
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.List;
  30 import java.util.Map;
  31 import java.util.Set;
  32 import java.util.TreeSet;
  33
  34 import compbio.data.sequence.Score;
  35 import compbio.metadata.Argument;
  36
  37 public class AAConClient extends JabawsAlignCalcWorker
  38 {
  39
  40   public AAConClient(Jws2Instance service, AlignFrame alignFrame,
  41           WsParamSetI preset, List<Argument> paramset)
  42   {
  43     super(service, alignFrame, preset, paramset);
  44     submitGaps = true;
  45     alignedSeqs = true;
  46     nucleotidesAllowed = false;
  47     proteinAllowed = true;
  48     gapMap = new boolean[0];
  49     initViewportParams();
  50   }
  51
  52   public String getServiceActionText()
  53   {
  54     return "calculating Amino acid consensus using AACon service";
  55   }
  56
  57   /**
  58    * update the consensus annotation from the sequence profile data using
  59    * current visualization settings.
  60    */
  61
  62   public void updateResultAnnotation(boolean immediate)
  63   {
  64     if (immediate || !calcMan.isWorking(this) && scoremanager != null)
  65     {
  66       Map<String, TreeSet<Score>> scoremap = scoremanager.asMap();
  67       int alWidth = alignViewport.getAlignment().getWidth();
  68       ArrayList<AlignmentAnnotation> ourAnnot = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
  69       for (String score : scoremap.keySet())
  70       {
  71         Set<Score> scores = scoremap.get(score);
  72         for (Score scr : scores)
  73         {
  74           if (scr.getRanges() != null && scr.getRanges().size() > 0)
  75           {
  76             /**
  77              * annotation in range annotation = findOrCreate(scr.getMethod(),
  78              * true, null, null); Annotation[] elm = new Annotation[alWidth];
  79              * Iterator<Float> vals = scr.getScores().iterator(); for (Range rng
  80              * : scr.getRanges()) { float val = vals.next().floatValue(); for
  81              * (int i = rng.from; i <= rng.to; i++) { elm[i] = new
  82              * Annotation("", "", ' ', val); } } annotation.annotations = elm;
  83              * annotation.validateRangeAndDisplay();
  84              */
  85           }
  86           else
  87           {
  88             createAnnotationRowsForScores(ourAnnot, getCalcId(), alWidth,
  89                     scr);
  90           }
  91         }
  92       }
  93
  94       if (ourAnnot.size() > 0)
  95       {
  96         updateOurAnnots(ourAnnot);
  97       }
  98     }
  99   }
 100
 101   @Override
 102   public String getCalcId()
 103   {
 104     return CALC_ID;
 105   }
 106   private static String CALC_ID="jabaws2.AACon";
 107
 108   public static AlignAnalysisUIText getAlignAnalysisUITest()
 109   {
 110     return new AlignAnalysisUIText(
 111             compbio.ws.client.Services.AAConWS.toString(),
 112             jalview.ws.jws2.AAConClient.class, CALC_ID, false, true, true,
 113             "AACon Calculations",
 114             "When checked, AACon calculations are updated automatically.",
 115             "Change AACon Settings...",
 116             "Modify settings for AACon calculations.");
 117   }
 118 }