src/jalview/ws/jws2/AAConClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jws2;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  24 import jalview.gui.AlignFrame;
  25 import jalview.util.MessageManager;
  26 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  27 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  28 import jalview.ws.uimodel.AlignAnalysisUIText;
  29
  30 import java.util.ArrayList;
  31 import java.util.List;
  32 import java.util.Map;
  33 import java.util.Set;
  34 import java.util.TreeSet;
  35
  36 import compbio.data.sequence.FastaSequence;
  37 import compbio.data.sequence.Score;
  38 import compbio.metadata.Argument;
  39
  40 public class AAConClient extends JabawsCalcWorker
  41 {
  42
  43   public AAConClient(Jws2Instance service, AlignFrame alignFrame,
  44           WsParamSetI preset, List<Argument> paramset)
  45   {
  46     super(service, alignFrame, preset, paramset);
  47     submitGaps = true;
  48     alignedSeqs = true;
  49     nucleotidesAllowed = false;
  50     proteinAllowed = true;
  51     filterNonStandardResidues = true;
  52     gapMap = new boolean[0];
  53     initViewportParams();
  54   }
  55
  56   @Override
  57   public String getServiceActionText()
  58   {
  59     return "calculating Amino acid consensus using AACon service";
  60   }
  61
  62   /**
  63    * update the consensus annotation from the sequence profile data using
  64    * current visualization settings.
  65    */
  66
  67   @Override
  68   public void updateResultAnnotation(boolean immediate)
  69   {
  70     if (immediate || !calcMan.isWorking(this) && scoremanager != null)
  71     {
  72       Map<String, TreeSet<Score>> scoremap = scoremanager.asMap();
  73       int alWidth = alignViewport.getAlignment().getWidth();
  74       ArrayList<AlignmentAnnotation> ourAnnot = new ArrayList<>();
  75       for (String score : scoremap.keySet())
  76       {
  77         Set<Score> scores = scoremap.get(score);
  78         for (Score scr : scores)
  79         {
  80           if (scr.getRanges() != null && scr.getRanges().size() > 0)
  81           {
  82             /**
  83              * annotation in range annotation = findOrCreate(scr.getMethod(),
  84              * true, null, null); Annotation[] elm = new Annotation[alWidth];
  85              * Iterator<Float> vals = scr.getScores().iterator(); for (Range rng
  86              * : scr.getRanges()) { float val = vals.next().floatValue(); for
  87              * (int i = rng.from; i <= rng.to; i++) { elm[i] = new
  88              * Annotation("", "", ' ', val); } } annotation.annotations = elm;
  89              * annotation.validateRangeAndDisplay();
  90              */
  91           }
  92           else
  93           {
  94             createAnnotationRowsForScores(ourAnnot, getCalcId(), alWidth,
  95                     scr);
  96           }
  97         }
  98       }
  99
 100       if (ourAnnot.size() > 0)
 101       {
 102         updateOurAnnots(ourAnnot);
 103       }
 104     }
 105   }
 106
 107   @Override
 108   boolean checkValidInputSeqs(boolean dynamic, List<FastaSequence> seqs)
 109   {
 110     return (seqs.size() > 1);
 111   }
 112
 113   @Override
 114   public String getCalcId()
 115   {
 116     return CALC_ID;
 117   }
 118
 119   private static String CALC_ID = "jabaws2.AACon";
 120
 121   public static AlignAnalysisUIText getAlignAnalysisUITest()
 122   {
 123     return new AlignAnalysisUIText(
 124             compbio.ws.client.Services.AAConWS.toString(),
 125             jalview.ws.jws2.AAConClient.class, CALC_ID, false, true, true,
 126             MessageManager.getString("label.aacon_calculations"),
 127             MessageManager.getString("tooltip.aacon_calculations"),
 128             MessageManager.getString("label.aacon_settings"),
 129             MessageManager.getString("tooltip.aacon_settings"));
 130   }
 131 }