src/org/biojava/dasobert/feature/FeatureMapComparator.java

   1 /*
   2  *                    BioJava development code
   3  *
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  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on 23.09.2004
  21  * @author Andreas Prlic
  22  *
  23  */
  24
  25
  26 package org.biojava.dasobert.feature ;
  27
  28 import java.util.Comparator ;
  29 import java.util.Map ;
  30
  31 /** a comparator to sort Features if they are still in a Map ( sorts by type )
  32  * @author Andreas Prlic
  33  */
  34
  35 public class FeatureMapComparator
  36     implements Comparator
  37 {
  38
  39     public FeatureMapComparator() {
  40     }
  41
  42     public int compare(Object a, Object b) {
  43         Map x = (Map) a;
  44         Map y = (Map) b;
  45
  46         String typea = (String)x.get("TYPE");
  47         String typeb = (String)y.get("TYPE");
  48
  49
  50
  51         if ( isSecstruc(typea) && isSecstruc(typeb)) {
  52             return 0 ;
  53         }
  54         return typea.compareTo(typeb);
  55     }
  56
  57     public boolean isSecstruc(String type) {
  58         if ( type.equals("HELIX")
  59              ||
  60              type.equals("STRAND")
  61              ||
  62              type.equals("TURN")
  63              ) {
  64             return true ;
  65         }
  66         return false ;
  67     }
  68
  69 }