src/org/biojava/dasobert/feature/FeatureTrackImpl.java

   1 /*
   2  *                    BioJava development code
   3  *
   4  * This code may be freely distributed and modified under the
   5  * terms of the GNU Lesser General Public Licence.  This should
   6  * be distributed with the code.  If you do not have a copy,
   7  * see:
   8  *
   9  *      http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on 22.09.2004
  21  * @author Andreas Prlic
  22  *
  23  */
  24
  25 package org.biojava.dasobert.feature;
  26
  27 import java.util.Iterator;
  28
  29 /** a class to store FeatureData and to visualize them
  30  * coordinate system of features is always UniProt !
  31  * PDBresnum features served by DAS need to be converted into UniProt coord sys first.
  32  *
  33  * a feature consists of one or several segments.
  34  * segmetns cotnains <start> and <end> information.
  35  *
  36  * @author Andreas Prlic
  37  */
  38 public class FeatureTrackImpl
  39 extends AbstractFeatureTrack
  40 implements FeatureTrack
  41
  42 {
  43
  44
  45          public Object clone(){
  46
  47                 FeatureTrack f = new FeatureTrackImpl();
  48                 f.setName(name);
  49                 f.setMethod(method);
  50                 f.setType(type);
  51                 f.setNote(note);
  52                 f.setLink(link);
  53                 f.setSource(source);
  54                 f.setScore(score);
  55
  56                 Iterator iter = segments.iterator();
  57
  58                 while (iter.hasNext()){
  59                         Segment s = (Segment) iter.next();
  60                         f.addSegment((Segment)s.clone());
  61                 }
  62
  63                 return f;
  64
  65             }
  66
  67
  68
  69 }
  70
  71
  72
  73