src/org/biojava/dasobert/feature/HistogramFeature.java

   1 /*
   2  *                  BioJava development code
   3  *
   4  * This code may be freely distributed and modified under the
   5  * terms of the GNU Lesser General Public Licence.  This should
   6  * be distributed with the code.  If you do not have a copy,
   7  * see:
   8  *
   9  *      http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on May 22, 2007
  21  *
  22  */
  23
  24 package org.biojava.dasobert.feature;
  25
  26
  27 import java.util.Iterator;
  28
  29 /** a class that represents Histogram Style features
  30  * in addition to normal features they know about Max and Minimum scores for the whole line
  31  * Histogram feautes have only one (Histogram) Segment, which contains the scores for each position
  32  *
  33  * @author Andreas Prlic
  34  *
  35  */
  36 public class HistogramFeature
  37         extends AbstractFeatureTrack {
  38
  39         double max;
  40         double min;
  41
  42         public HistogramFeature() {
  43                 super();
  44                 // TODO Auto-generated constructor stub
  45         }
  46
  47
  48
  49         public double getMax() {
  50                 return max;
  51         }
  52
  53
  54
  55         public void setMax(double max) {
  56                 this.max = max;
  57         }
  58
  59
  60
  61         public double getMin() {
  62                 return min;
  63         }
  64
  65
  66
  67         public void setMin(double min) {
  68                 this.min = min;
  69         }
  70
  71
  72
  73         public Object clone() {
  74
  75                 HistogramFeature f = new HistogramFeature();
  76
  77                 f.setName(name);
  78         f.setMethod(method);
  79         f.setType(type);
  80         f.setNote(note);
  81         f.setLink(link);
  82         f.setSource(source);
  83         f.setScore(score);
  84
  85         Iterator iter = segments.iterator();
  86
  87         while (iter.hasNext()){
  88                 Segment s = (Segment) iter.next();
  89                 f.addSegment((Segment)s.clone());
  90         }
  91
  92         return f;
  93
  94
  95         }
  96
  97
  98
  99
 100
 101
 102 }