test/jalview/bin/commandsTest2.argfile1

   1 --debug
   2 --nonews
   3 --nosplash
   4 --substitutions
   5 --open=examples/test_fab41.result/sample.a2m
   6 --annotations
   7 --ssannotations
   8 --colour=gecos:flower
   9 --structure=[viewer=jmol;tempfac=plddt;paematrix={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_1_model_3_scores.json]{dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_1_model_3.pdb
  10 --structure={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_2_model_4.pdb
  11 --structureviewer=jmol
  12 --paematrix={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_2_model_4_scores.json
  13 --tempfac=plddt
  14 --structure={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_3_model_2.pdb
  15 --structureviewer=jmol
  16 --paematrix={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_3_model_2_scores.json
  17 --tempfac=plddt
  18 --structure=[viewer=none]{dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_4_model_5.pdb
  19 --paematrix={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_4_model_5_scores.json
  20 --tempfac=plddt
  21 --structure={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_5_model_1.pdb
  22 --structureviewer=none
  23 --tempfac=plddt
  24 --paematrix={dirname}/test_fab41_unrelaxed_rank_5_model_1_scores.json
  25 #--headless