test/jalview/datamodel/AlignedCodonFrameTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
   5
   6 import jalview.util.MapList;
   7
   8 import java.util.Arrays;
   9
  10 import org.testng.annotations.Test;
  11
  12 public class AlignedCodonFrameTest
  13 {
  14
  15   /**
  16    * Test the method that locates the first aligned sequence that has a mapping.
  17    */
  18   @Test(groups ={ "Functional" })
  19   public void testFindAlignedSequence()
  20   {
  21     AlignmentI cdna = new Alignment(new SequenceI[]
  22     {});
  23     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1", "C-G-TA-GC");
  24     seq1.createDatasetSequence();
  25     cdna.addSequence(seq1);
  26     final Sequence seq2 = new Sequence("Seq2", "-TA-GG-GG");
  27     seq2.createDatasetSequence();
  28     cdna.addSequence(seq2);
  29
  30     AlignmentI aa = new Alignment(new SequenceI[]
  31     {});
  32     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1", "-P-R");
  33     aseq1.createDatasetSequence();
  34     aa.addSequence(aseq1);
  35     final Sequence aseq2 = new Sequence("Seq2", "-LY-");
  36     aseq2.createDatasetSequence();
  37     aa.addSequence(aseq2);
  38
  39     /*
  40      * Mapping from first DNA sequence to second AA sequence.
  41      */
  42     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
  43
  44     assertNull(acf.findAlignedSequence(seq1, aa));
  45
  46     MapList map = new MapList(new int[]
  47     { 1, 6 }, new int[]
  48     { 1, 2 }, 3, 1);
  49     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq2.getDatasetSequence(), map);
  50
  51     /*
  52      * DNA seq1 maps to AA seq2
  53      */
  54     assertEquals(aa.getSequenceAt(1),
  55  acf.findAlignedSequence(cdna
  56             .getSequenceAt(0).getDatasetSequence(), aa));
  57
  58     assertEquals(cdna.getSequenceAt(0),
  59  acf.findAlignedSequence(aa
  60             .getSequenceAt(1).getDatasetSequence(), cdna));
  61   }
  62
  63   /**
  64    * Test the method that locates the mapped codon for a protein position.
  65    */
  66     @Test(groups ={ "Functional" })
  67   public void testGetMappedRegion()
  68   {
  69     // introns lower case, exons upper case
  70     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1", "c-G-TA-gC-gT-T");
  71     seq1.createDatasetSequence();
  72     final Sequence seq2 = new Sequence("Seq2", "-TA-gG-Gg-CG-a");
  73     seq2.createDatasetSequence();
  74
  75     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1", "-P-R");
  76     aseq1.createDatasetSequence();
  77     final Sequence aseq2 = new Sequence("Seq2", "-LY-");
  78     aseq2.createDatasetSequence();
  79
  80     /*
  81      * First with no mappings
  82      */
  83     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
  84
  85     assertNull(acf.getMappedRegion(seq1, aseq1, 1));
  86
  87     /*
  88      * Set up the mappings for the exons (upper-case bases)
  89      */
  90     MapList map = new MapList(new int[]
  91     { 2, 4, 6, 6, 8, 9 }, new int[]
  92     { 1, 2 }, 3, 1);
  93     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq1.getDatasetSequence(), map);
  94     map = new MapList(new int[]
  95     { 1, 2, 4, 5, 7, 8 }, new int[]
  96     { 1, 2 }, 3, 1);
  97     acf.addMap(seq2.getDatasetSequence(), aseq2.getDatasetSequence(), map);
  98
  99     assertEquals("[2, 4]",
 100             Arrays.toString(acf.getMappedRegion(seq1, aseq1, 1)));
 101     assertEquals("[6, 6, 8, 9]",
 102             Arrays.toString(acf.getMappedRegion(seq1, aseq1, 2)));
 103     assertEquals("[1, 2, 4, 4]",
 104             Arrays.toString(acf.getMappedRegion(seq2, aseq2, 1)));
 105     assertEquals("[5, 5, 7, 8]",
 106             Arrays.toString(acf.getMappedRegion(seq2, aseq2, 2)));
 107
 108     /*
 109      * No mapping from sequence 1 to sequence 2
 110      */
 111     assertNull(acf.getMappedRegion(seq1, aseq2, 1));
 112   }
 113
 114   @Test(groups ={ "Functional" })
 115   public void testGetMappedCodon()
 116   {
 117     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1", "c-G-TA-gC-gT-T");
 118     seq1.createDatasetSequence();
 119     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1", "-P-R");
 120     aseq1.createDatasetSequence();
 121
 122     /*
 123      * First with no mappings
 124      */
 125     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 126
 127     assertNull(acf.getMappedCodon(seq1.getDatasetSequence(), 0));
 128
 129     /*
 130      * Set up the mappings for the exons (upper-case bases)
 131      */
 132     MapList map = new MapList(new int[]
 133     { 2, 4, 6, 6, 8, 9 }, new int[]
 134     { 1, 2 }, 3, 1);
 135     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq1.getDatasetSequence(), map);
 136
 137     assertEquals("[G, T, A]", Arrays.toString(acf.getMappedCodon(
 138             aseq1.getDatasetSequence(), 1)));
 139     assertEquals("[C, T, T]", Arrays.toString(acf.getMappedCodon(
 140             aseq1.getDatasetSequence(), 2)));
 141   }
 142 }