test/jalview/datamodel/features/FeatureAttributesTest.java

   1 package jalview.datamodel.features;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertNull;
   5 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   6
   7 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
   8 import jalview.datamodel.features.FeatureAttributes.Datatype;
   9
  10 import java.util.Comparator;
  11 import java.util.HashMap;
  12 import java.util.Map;
  13
  14 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  15 import org.testng.annotations.Test;
  16
  17 import junit.extensions.PA;
  18
  19 public class FeatureAttributesTest
  20 {
  21
  22   /**
  23    * clear down attributes map after tests
  24    */
  25   @AfterMethod
  26   public void tearDown()
  27   {
  28     FeatureAttributes fa = FeatureAttributes.getInstance();
  29     ((Map<?, ?>) PA.getValue(fa, "attributes")).clear();
  30   }
  31
  32   /**
  33    * Test the method that keeps attribute names in non-case-sensitive order,
  34    * including handling of 'compound' names
  35    */
  36   @Test(groups="Functional")
  37   public void testAttributeNameComparator()
  38   {
  39     FeatureAttributes fa = FeatureAttributes.getInstance();
  40     Comparator<String[]> comp = (Comparator<String[]>) PA.getValue(fa,
  41             "comparator");
  42
  43     assertEquals(
  44             comp.compare(new String[] { "CSQ" }, new String[] { "csq" }), 0);
  45
  46     assertTrue(comp.compare(new String[] { "CSQ", "a" },
  47             new String[] { "csq" }) > 0);
  48
  49     assertTrue(comp.compare(new String[] { "CSQ" }, new String[] { "csq",
  50         "b" }) < 0);
  51
  52     assertTrue(comp.compare(new String[] { "CSQ", "AF" }, new String[] {
  53         "csq", "ac" }) > 0);
  54
  55     assertTrue(comp.compare(new String[] { "CSQ", "ac" }, new String[] {
  56         "csq", "AF" }) < 0);
  57   }
  58
  59   @Test
  60   public void testGetMinMax()
  61   {
  62     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("Pfam", "desc", 10, 20,
  63             "group");
  64     FeatureAttributes fa = FeatureAttributes.getInstance();
  65     assertNull(fa.getMinMax("Pfam", "kd"));
  66     sf.setValue("domain", "xyz");
  67     assertNull(fa.getMinMax("Pfam", "kd"));
  68     sf.setValue("kd", "some text");
  69     assertNull(fa.getMinMax("Pfam", "kd"));
  70     sf.setValue("kd", "1.3");
  71     assertEquals(fa.getMinMax("Pfam", "kd"), new float[] { 1.3f, 1.3f });
  72     sf.setValue("kd", "-2.6");
  73     assertEquals(fa.getMinMax("Pfam", "kd"), new float[] { -2.6f, 1.3f });
  74     Map<String, String> csq = new HashMap<>();
  75     csq.put("AF", "-3");
  76     sf.setValue("CSQ", csq);
  77     assertEquals(fa.getMinMax("Pfam", "CSQ", "AF"),
  78             new float[]
  79             { -3f, -3f });
  80     csq.put("AF", "4");
  81     sf.setValue("CSQ", csq);
  82     assertEquals(fa.getMinMax("Pfam", "CSQ", "AF"),
  83             new float[]
  84             { -3f, 4f });
  85   }
  86
  87   /**
  88    * Test the method that returns an attribute description, provided it is
  89    * recorded and unique
  90    */
  91   @Test
  92   public void testGetDescription()
  93   {
  94     FeatureAttributes fa = FeatureAttributes.getInstance();
  95     // with no description returns null
  96     assertNull(fa.getDescription("Pfam", "kd"));
  97     // with a unique description, returns that value
  98     fa.addDescription("Pfam", "desc1", "kd");
  99     assertEquals(fa.getDescription("Pfam", "kd"), "desc1");
 100     // with ambiguous description, returns null
 101     fa.addDescription("Pfam", "desc2", "kd");
 102     assertNull(fa.getDescription("Pfam", "kd"));
 103   }
 104
 105   @Test
 106   public void testDatatype()
 107   {
 108     FeatureAttributes fa = FeatureAttributes.getInstance();
 109     assertNull(fa.getDatatype("Pfam", "kd"));
 110     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("Pfam", "desc", 10, 20,
 111             "group");
 112     sf.setValue("kd", "-1");
 113     sf.setValue("domain", "Metal");
 114     sf.setValue("phase", "1");
 115     sf.setValue("phase", "reverse");
 116     assertEquals(fa.getDatatype("Pfam", "kd"), Datatype.Number);
 117     assertEquals(fa.getDatatype("Pfam", "domain"), Datatype.Character);
 118     assertEquals(fa.getDatatype("Pfam", "phase"), Datatype.Mixed);
 119   }
 120 }