test/jalview/io/Jalview2xmlBase.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.bin.Jalview;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.gui.Desktop;
  28 import jalview.gui.JvOptionPane;
  29
  30 import java.util.Date;
  31
  32 import org.testng.annotations.AfterClass;
  33 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  34 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  35
  36 public class Jalview2xmlBase
  37 {
  38
  39   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  40   public void setUpJvOptionPane()
  41   {
  42     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  43     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  44   }
  45
  46   /**
  47    * @throws java.lang.Exception
  48    */
  49   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  50   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  51   {
  52     /*
  53      * use read-only test properties file
  54      */
  55     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  56
  57     Cache.initLogger();
  58
  59     /*
  60      * set news feed last read to a future time to ensure no
  61      * 'unread' news item is displayed
  62      */
  63     Date oneHourFromNow = new Date(System.currentTimeMillis() + 3600 * 1000);
  64     Cache.setDateProperty("JALVIEW_NEWS_RSS_LASTMODIFIED", oneHourFromNow);
  65
  66     Jalview.main(new String[] {});
  67   }
  68
  69   /**
  70    * @throws java.lang.Exception
  71    */
  72   @AfterClass(alwaysRun = true)
  73   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  74   {
  75     jalview.gui.Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
  76   }
  77
  78   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  79   public static void clearDesktop()
  80   {
  81     if (Desktop.getInstance() != null && Desktop.getFrames() != null
  82             && Desktop.getFrames().length > 0)
  83     {
  84       Desktop.getInstance().closeAll_actionPerformed(null);
  85     }
  86   }
  87
  88   public int countDsAnn(jalview.viewmodel.AlignmentViewport avp)
  89   {
  90     int numdsann = 0;
  91     for (SequenceI sq : avp.getAlignment().getDataset().getSequences())
  92     {
  93       if (sq.getAnnotation() != null)
  94       {
  95         for (AlignmentAnnotation dssa : sq.getAnnotation())
  96         {
  97           if (dssa.isValidStruc())
  98           {
  99             numdsann++;
 100           }
 101         }
 102       }
 103     }
 104     return numdsann;
 105   }
 106
 107 }