JAL-1988 JAL-3130 New jlinked JRE in jalview_java2 with modules. Still needs jaxws...
[jalview.git] / test / jalview / io / JalviewExportPropertiesTests.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.io;
22
23 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
24
25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
26 import jalview.gui.AlignFrame;
27 import jalview.gui.JvOptionPane;
28
29 import org.testng.annotations.AfterClass;
30 import org.testng.annotations.BeforeClass;
31 import org.testng.annotations.Test;
32
33 /**
34  * tests which verify that properties and preferences are correctly interpreted
35  * when exporting/importing data
36  * 
37  * @author jprocter
38  *
39  */
40 public class JalviewExportPropertiesTests
41 {
42
43   @BeforeClass(alwaysRun = true)
44   public void setUpJvOptionPane()
45   {
46     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
47     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
48   }
49
50   /**
51    * @throws java.lang.Exception
52    */
53   @BeforeClass(alwaysRun = true)
54   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
55   {
56     jalview.bin.Jalview.main(new String[] { "-props",
57         "test/jalview/io/testProps.jvprops" });
58   }
59
60   /**
61    * @throws java.lang.Exception
62    */
63   @AfterClass(alwaysRun = true)
64   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
65   {
66     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
67
68   }
69
70   @Test(groups = { "Functional" })
71   public void testImportExportPeriodGaps() throws Exception
72   {
73     jalview.bin.Cache.setProperty("GAP_SYMBOL", ".");
74     assertTrue("Couldn't set gap character to '.'",
75             ".".equals("" + jalview.bin.Cache.getProperty("GAP_SYMBOL")));
76     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
77             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
78     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
79     assertTrue("Didn't set the gap character correctly", af.getViewport()
80             .getAlignment().getSequenceAt(0).getCharAt(5) == '.');
81
82     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
83     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0), false);
84     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
85     sg.setStartRes(1);
86     sg.setEndRes(7);
87     af.getViewport().setSelectionGroup(sg);
88     String fseqs = new FormatAdapter(af.alignPanel).formatSequences(
89             FileFormat.Fasta, af.alignPanel, true);
90     assertTrue("Couldn't find '.' in the exported region\n" + fseqs,
91             fseqs.indexOf(".") > -1);
92   }
93 }