test/jalview/io/JalviewExportPropertiesTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  24
  25 import org.testng.annotations.AfterClass;
  26 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  27 import org.testng.annotations.Test;
  28
  29 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  30 import jalview.gui.AlignFrame;
  31 import jalview.gui.Desktop;
  32 import jalview.gui.JvOptionPane;
  33
  34 /**
  35  * tests which verify that properties and preferences are correctly interpreted
  36  * when exporting/importing data
  37  *
  38  * @author jprocter
  39  *
  40  */
  41 public class JalviewExportPropertiesTests
  42 {
  43
  44   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  45   public void setUpJvOptionPane()
  46   {
  47     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  48     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  49   }
  50
  51   /**
  52    * @throws java.lang.Exception
  53    */
  54   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  55   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  56   {
  57     jalview.bin.Jalview
  58             .main(new String[]
  59             { "--props", "test/jalview/io/testProps.jvprops" });
  60   }
  61
  62   /**
  63    * @throws java.lang.Exception
  64    */
  65   @AfterClass(alwaysRun = true)
  66   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  67   {
  68     if (Desktop.instance != null)
  69       Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  70
  71   }
  72
  73   @Test(groups = { "Functional" })
  74   public void testImportExportPeriodGaps() throws Exception
  75   {
  76     jalview.bin.Cache.setProperty("GAP_SYMBOL", ".");
  77     assertTrue("Couldn't set gap character to '.'",
  78             ".".equals("" + jalview.bin.Cache.getProperty("GAP_SYMBOL")));
  79     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
  80             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
  81     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
  82     assertTrue("Didn't set the gap character correctly", af.getViewport()
  83             .getAlignment().getSequenceAt(0).getCharAt(5) == '.');
  84
  85     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
  86     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0), false);
  87     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
  88     sg.setStartRes(1);
  89     sg.setEndRes(7);
  90     af.getViewport().setSelectionGroup(sg);
  91     String fseqs = new FormatAdapter(af.alignPanel)
  92             .formatSequences(FileFormat.Fasta, af.alignPanel, true);
  93     assertTrue("Couldn't find '.' in the exported region\n" + fseqs,
  94             fseqs.indexOf(".") > -1);
  95   }
  96 }