test/jalview/io/JalviewExportPropertiesTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  24
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.gui.AlignFrame;
  27
  28 import org.testng.annotations.AfterClass;
  29 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  30 import org.testng.annotations.Test;
  31
  32 /**
  33  * tests which verify that properties and preferences are correctly interpreted
  34  * when exporting/importing data
  35  *
  36  * @author jprocter
  37  *
  38  */
  39 public class JalviewExportPropertiesTests
  40 {
  41
  42   /**
  43    * @throws java.lang.Exception
  44    */
  45   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  46   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  47   {
  48     jalview.bin.Jalview.main(new String[] { "-props",
  49         "test/jalview/io/testProps.jvprops" });
  50   }
  51
  52   /**
  53    * @throws java.lang.Exception
  54    */
  55   @AfterClass(alwaysRun = true)
  56   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  57   {
  58     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
  59
  60   }
  61
  62   @Test(groups = { "Functional" })
  63   public void testImportExportPeriodGaps() throws Exception
  64   {
  65     jalview.bin.Cache.setProperty("GAP_SYMBOL", ".");
  66     assertTrue("Couldn't set gap character to '.'",
  67             ".".equals("" + jalview.bin.Cache.getProperty("GAP_SYMBOL")));
  68     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
  69             "examples/uniref50.fa", FormatAdapter.FILE);
  70     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
  71     assertTrue("Didn't set the gap character correctly", af.getViewport()
  72             .getAlignment().getSequenceAt(0).getCharAt(5) == '.');
  73
  74     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
  75     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0), false);
  76     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
  77     sg.setStartRes(1);
  78     sg.setEndRes(7);
  79     af.getViewport().setSelectionGroup(sg);
  80     String fseqs = new FormatAdapter(af.alignPanel).formatSequences(
  81             "FASTA", af.alignPanel, true);
  82     assertTrue("Couldn't find '.' in the exported region\n" + fseqs,
  83             fseqs.indexOf(".") > -1);
  84   }
  85 }