JAL-2292 squashed bug that breaks feature mapping for different cased residues
[jalview.git] / test / jalview / io / JalviewExportPropertiesTests.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.io;
22
23 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
24
25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
26 import jalview.gui.AlignFrame;
27
28 import org.testng.annotations.AfterClass;
29 import org.testng.annotations.BeforeClass;
30 import org.testng.annotations.Test;
31
32 /**
33  * tests which verify that properties and preferences are correctly interpreted
34  * when exporting/importing data
35  * 
36  * @author jprocter
37  *
38  */
39 public class JalviewExportPropertiesTests
40 {
41
42   /**
43    * @throws java.lang.Exception
44    */
45   @BeforeClass(alwaysRun = true)
46   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
47   {
48     jalview.bin.Jalview.main(new String[] { "-props",
49         "test/jalview/io/testProps.jvprops" });
50   }
51
52   /**
53    * @throws java.lang.Exception
54    */
55   @AfterClass(alwaysRun = true)
56   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
57   {
58     jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
59
60   }
61
62   @Test(groups = { "Functional" })
63   public void testImportExportPeriodGaps() throws Exception
64   {
65     jalview.bin.Cache.setProperty("GAP_SYMBOL", ".");
66     assertTrue("Couldn't set gap character to '.'",
67             ".".equals("" + jalview.bin.Cache.getProperty("GAP_SYMBOL")));
68     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
69             "examples/uniref50.fa", FormatAdapter.FILE);
70     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
71     assertTrue("Didn't set the gap character correctly", af.getViewport()
72             .getAlignment().getSequenceAt(0).getCharAt(5) == '.');
73
74     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
75     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0), false);
76     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
77     sg.setStartRes(1);
78     sg.setEndRes(7);
79     af.getViewport().setSelectionGroup(sg);
80     String fseqs = new FormatAdapter(af.alignPanel).formatSequences(
81             "FASTA", af.alignPanel, true);
82     assertTrue("Couldn't find '.' in the exported region\n" + fseqs,
83             fseqs.indexOf(".") > -1);
84   }
85 }