JAL-3599 Cater for macOS. ScheduledExecutor timeout implemented
[jalview.git] / test / jalview / io / JalviewExportPropertiesTests.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.io;
22
23 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
24
25 import org.testng.annotations.AfterClass;
26 import org.testng.annotations.BeforeClass;
27 import org.testng.annotations.Test;
28
29 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
30 import jalview.gui.AlignFrame;
31 import jalview.gui.Desktop;
32 import jalview.gui.JvOptionPane;
33
34 /**
35  * tests which verify that properties and preferences are correctly interpreted
36  * when exporting/importing data
37  * 
38  * @author jprocter
39  *
40  */
41 public class JalviewExportPropertiesTests
42 {
43
44   @BeforeClass(alwaysRun = true)
45   public void setUpJvOptionPane()
46   {
47     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
48     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
49   }
50
51   /**
52    * @throws java.lang.Exception
53    */
54   @BeforeClass(alwaysRun = true)
55   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
56   {
57     jalview.bin.Jalview
58             .main(new String[]
59             { "-props", "test/jalview/io/testProps.jvprops" });
60   }
61
62   /**
63    * @throws java.lang.Exception
64    */
65   @AfterClass(alwaysRun = true)
66   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
67   {
68     if (Desktop.instance != null)
69       Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
70
71   }
72
73   @Test(groups = { "Functional" })
74   public void testImportExportPeriodGaps() throws Exception
75   {
76     jalview.bin.Cache.setProperty("GAP_SYMBOL", ".");
77     assertTrue("Couldn't set gap character to '.'",
78             ".".equals("" + jalview.bin.Cache.getProperty("GAP_SYMBOL")));
79     AlignFrame af = new jalview.io.FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
80             "examples/uniref50.fa", DataSourceType.FILE);
81     assertTrue("Didn't read in the example file correctly.", af != null);
82     assertTrue("Didn't set the gap character correctly", af.getViewport()
83             .getAlignment().getSequenceAt(0).getCharAt(5) == '.');
84
85     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
86     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(0), false);
87     sg.addSequence(af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(1), false);
88     sg.setStartRes(1);
89     sg.setEndRes(7);
90     af.getViewport().setSelectionGroup(sg);
91     String fseqs = new FormatAdapter(af.alignPanel)
92             .formatSequences(FileFormat.Fasta, af.alignPanel, true);
93     assertTrue("Couldn't find '.' in the exported region\n" + fseqs,
94             fseqs.indexOf(".") > -1);
95   }
96 }