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JAL-1503 update version in GPL header
[jalview.git] / help / html / features / seqfetch.html
diff --git a/help/html/features/seqfetch.html b/help/html/features/seqfetch.html
index de9eac9..212605e 100755 (executable)
--- a/help/html/features/seqfetch.html
+++ b/help/html/features/seqfetch.html
@@ -1,20 +1,21 @@
 <html>
 <!--
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  * 
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  * 
  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
+ *  
  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
 -->
 <head>
 <title>Sequence Fetcher</title>
 -->
 <head>
 <title>Sequence Fetcher</title>
@@ -23,24 +24,42 @@
 <p><strong>Sequence Fetcher</strong></p>
 <p>Jalview can retrieve sequences from certain databases using either the
 WSDBFetch service provided by the European Bioinformatics Institute, and, since Jalview 2.4, DAS servers capable of the <em>sequence</em> command (configured in <a href="dassettings.html">DAS settings</a>).</p>
 <p><strong>Sequence Fetcher</strong></p>
 <p>Jalview can retrieve sequences from certain databases using either the
 WSDBFetch service provided by the European Bioinformatics Institute, and, since Jalview 2.4, DAS servers capable of the <em>sequence</em> command (configured in <a href="dassettings.html">DAS settings</a>).</p>
-<img src="seqfetcher.gif" align="center" alt="The Jalview Sequence Fetcher Dialog Box">
-<p>The Sequence Fetcher dialog box can be opened via the &quot;File&quot; 
+       <img src="seqfetcher.gif" align="center"
+               alt="The Jalview Sequence Fetcher Dialog Box">
+       <p>The Sequence Fetcher dialog box can be opened via the &quot;File&quot; 
   menu on the main desktop in order to retrieve sequences as a new
   alignment, or opened via the &quot;File&quot; menu of an existing alignment
   menu on the main desktop in order to retrieve sequences as a new
   alignment, or opened via the &quot;File&quot; menu of an existing alignment
-  to import additional sequences. Please note, there will be a short delay when the sequence fetcher is first opened, 
+  to import additional sequences. There may be a short delay when the sequence fetcher is first opened, 
   whilst Jalview compiles the list of available sequence datasources from the 
   whilst Jalview compiles the list of available sequence datasources from the 
-  currently defined DAS server registry.</strong>
+  currently defined DAS server registry.
 </p>
 </p>
-<p>First, select the database you want to retrieve sequences from. Then, enter
+       <p>First, select the database you want to retrieve sequences from
+               by clicking the button labeled 'Select database retrieval source'. If
+               a database source is already selected, then the button's label will
+               change to show the currently selected database.</p>
+               <img src="selectfetchdb.gif" align="left" alt="Database selection dialog for fetching sequences (introduced in Jalview 2.8)">
+               <p>Since Jalview 2.8, the
+               available databases are shown as a tree in a popup dialog box. The
+               databases are ordered alphabetically, and if there are many sources
+               for the same type of sequence identifier, they will be grouped
+               together in a sub-branch branch labeled with the identifier.</p>
+       <p>Once you have selected the sequence database using the popup dialog box, enter
   one or more accession ids (as a semi-colon separated list), or press the 
   &quot;Example&quot; button to paste the example accession for the currently selected database into the retrieval box.
    Finally, press &quot;OK&quot; to initiate the retrieval.</p>
   one or more accession ids (as a semi-colon separated list), or press the 
   &quot;Example&quot; button to paste the example accession for the currently selected database into the retrieval box.
    Finally, press &quot;OK&quot; to initiate the retrieval.</p>
-<p>
+       <p><strong>Specifying chains for PDB IDs</strong>
   If you are retrieving sequences from the PDB, you can retrieve
   specific chains by appending a colon and the chain id to the PDB
   If you are retrieving sequences from the PDB, you can retrieve
   specific chains by appending a colon and the chain id to the PDB
-  id. For example :<br><pre> 1GAQ:A</pre><br>When retrieving from DAS sequence sources,
-  coordinate range arguments can be passed to the server using the standard DAS 
-  sequence command format (<strong>:&lt;start&gt;,&lt;end&gt;</strong>)</p>
+  id. For example :<br/><pre> 1GAQ:A</pre>
+  </p>
+   <p>
+    <strong>Only retrieving part of a sequence</strong> DAS sources
+    (indicated by a &quot;<em>(DAS)</em>&quot;) allow a range to be
+    specified in addition to a sequence ID. To retrieve 50 residues
+    starting at position 35 in UNIPROT sequence P73137 using the UNIPROT
+    DAS server, you would enter &quot;'P73137:35,84'.<br/><em>Full support for DAS range queries was introduced in Jalview 2.8</em>
+    </p>
+  
 <p>If you use the WSDBFetch sequence fetcher services (EMBL, Uniprot, PDB, PFAM, and RFAM)
    in work for publication, please cite:</p>
 <p>Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar 
 <p>If you use the WSDBFetch sequence fetcher services (EMBL, Uniprot, PDB, PFAM, and RFAM)
    in work for publication, please cite:</p>
 <p>Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar