fix for JAL-3765
[jalview.git] / doc / building.md
index ad19979..e8328d2 100644 (file)
@@ -26,7 +26,7 @@ java -jar getdown-launcher.jar . jalview
 The method here is described in terms of using a command line.  You can easily do this on linux or in a Terminal window in macOS.  You can do it in Windows.
 
 * Java 11 compliant JDK
-* gradle 5.2 or above
+* gradle 5.2 or above *(NB gradle 6.6 and above currently produces NullPointerExceptions during the build. This is non-fatal and does not affect the build. Use gradle 6.5.1 to avoid this)*
 * git
 
 > The versions and installation methods here are just suggestions (which we have tested 
@@ -536,7 +536,7 @@ We develop in Eclipse, and support settings to develop and save Jalview source c
 in our preferred style.  We also support running the Jalview application, debugging 
 and running tests with TestNG from within Eclipse.
 
-To get Jalview set up as a project in Eclipse, we recommend using at least the 2019-12 
+To get Jalview set up as a project in Eclipse, we recommend using at least the 2020-03
 version of Eclipse IDE for Java Developers which you can download from the Eclipse 
 website: <https://www.eclipse.org/downloads/>.  Since Eclipse 2020-03 you are encouraged to use the Eclipse Installer (see the Eclipse Downloads page).
 In the installer, when given a choice of packages for Eclipse you should choose the "Eclipse IDE for Enterprise Java Developers" package.
@@ -560,21 +560,21 @@ Search for and install:
 1. TestNG for Eclipse (optional -- only needed if you want to run tests from Eclipse)
 
 > At time of writing, TestNG for Eclipse does not show up in the Eclipse Marketplace 
-as the latest released version does not install in Eclipse 2019-03.
+as the latest released version does not install in Eclipse 2020-03.
 However, you can install a working release of TestNG for Eclipse by going to
 >
-Help->Install New Software...
+> Help->Install New Software...
 >
-and entering
+> and entering
 >
-`TestNG Release - https://dl.bintray.com/testng-team/testng-eclipse-release`
+> `TestNG Release - https://dl.bintray.com/testng-team/testng-eclipse-release`
 >
-into the *Work with* box and click on the *Add...* button.
+> into the *Work with* box and click on the *Add...* button.
 >
-Eclipse might pause for a bit with the word *Pending* in the table below at this point, but it will eventually list TestNG with 
+> Eclipse might pause for a bit with the word *Pending* in the table below at this point, but it will eventually list TestNG with 
 a selection box under the *Name* column.
 >
-Select *TestNG* and carry on through the 
+> Select *TestNG* and carry on through the 
 install process to install the TestNG plugin.
 
 After installing the plugins, check that Java 11 is set up in Eclipse as the default JRE (see section [Java 11 compliant JDK](#java-11-compliant-jdk)).
@@ -600,6 +600,14 @@ You can now import Jalview.
 
 If you have already downloaded Jalview using `git clone` then you can import this folder into Eclipse directly.
 
+__Before importing the cloned git repo you must create the Eclipse project files.__ You can do this by either running
+
+`gradle eclipse`
+
+or
+
+Unzipping the file `utils/eclipse/eclipse_startup_files.zip` in the base repo directory (`jalview`)
+
 It is important to import 
 Jalview as a Gradle project (not as a Java project), so go to