fix for JAL-3765
authorJim Procter <jprocter@issues.jalview.org>
Tue, 20 Oct 2020 16:13:33 +0000 (17:13 +0100)
committerJim Procter <jprocter@issues.jalview.org>
Wed, 28 Oct 2020 15:40:41 +0000 (15:40 +0000)
src/jalview/analysis/Finder.java

index c545c7f..d52e42a 100644 (file)
@@ -417,7 +417,7 @@ public class Finder implements FinderI
      * update residueIndex to next position after the start of the match
      * (findIndex returns a value base 1, columnIndex is held base 0)
      */
-    residueIndex += offset + 1;
+    residueIndex = searchPattern.matchedFrom()+1;
 
     /*
      * return false if the match is entirely in a hidden region